PDB-5p5q: Automated refinement of diffraction data obtained from an endothi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5p5q

タイトル

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 251

要素

endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / fragment screening / method development / aspartic protease

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.284 Å

Model details

All 364 structures of this series were generated by an automated refinement pipeline and, thus, not ...

データ登録者

Schiebel, J. / Heine, A. / Klebe, G.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
著者: Schiebel, J. / Krimmer, S.G. / Rower, K. / Knorlein, A. / Wang, X. / Park, A.Y. / Stieler, M. / Ehrmann, F.R. / Fu, K. / Radeva, N. / Krug, M. / Huschmann, F.U. / Glockner, S. / Weiss, M.S. / ...

履歴

登録	2016年6月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月10日	Group: Database references
改定 1.2	2017年1月11日	Group: Database references
改定 1.3	2018年2月21日	Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_deposit_group / Item: _pdbx_deposit_group.group_type
改定 1.4	2021年11月17日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_deposit_group Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_deposit_group.group_description

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5p5q.cif.gz	179.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5p5q.ent.gz	151.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5p5q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5p5q_validation.pdf.gz	402.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5p5q_full_validation.pdf.gz	402.3 KB	表示
XML形式データ	5p5q_validation.xml.gz	14.1 KB	表示
CIF形式データ	5p5q_validation.cif.gz	21.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/5p5q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/5p5q	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002001 (364エントリ) 5oyq 5oyr 5oys 5oyt 5oyu 5oyv 5oyw 5oyx 5oyy 5oyz
タイトル	High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
タイプ	undefined
解説	High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.

-
関連構造データ

関連構造データ	4y5lS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5oza-d 5p52-d 5p2b-d 5p8p-d 5p1k-d 5p3x-d 5p1r-d 5p5l-d 5p6e-d 5r3d-d 5p5i-d 5rd7-d 5oz2-d 5r3j-d 5p1n-d 5p1b-d 5p7s-d 5p10-d 5p1e-d 5p7h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: endothiapepsin

33.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.340, 73.230, 52.770
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.310, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	endothiapepsin 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.69 % / Mosaicity: 0.2 °
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000; crystal obtained by streak-seeding and soaked with 90 mM of fragment 251 with the SMILES code C[C@H]1C[C@H]1C(=O)NCC1=CC=C(C=C1)N1CCCC1=O

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91841 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.284→42.79 Å / Num. all: 82272 / Num. obs: 82272 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 10.32 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.058 / R_sym value: 0.05 / Net I/av σ(I): 7.75 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 282021

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.28-1.35	3.5	0.225	3.2	41814	11970	0.138	0.265	0.225	4.9	99.1
1.35-1.44	3.3	0.172	4	36700	11281	0.109	0.205	0.172	6	98.8
1.44-1.53	3.5	0.132	5.3	36866	10655	0.082	0.156	0.132	7.9	99.5
1.53-1.66	3.4	0.102	6.7	33609	9919	0.064	0.121	0.102	9.8	99.2
1.66-1.82	3.3	0.076	8.7	30668	9157	0.048	0.091	0.076	12.3	99.1
1.82-2.03	3.6	0.057	11.3	29384	8264	0.035	0.067	0.057	17	99.4
2.03-2.34	3.4	0.045	13.5	24600	7304	0.028	0.054	0.045	20.6	99.4
2.34-2.87	3.6	0.042	14.3	22604	6209	0.025	0.049	0.042	23.7	99.4
2.87-4.06	3.4	0.036	14.7	16430	4822	0.022	0.043	0.036	28.1	99.7
4.06-42.789	3.5	0.035	15	9346	2691	0.021	0.041	0.035	29.9	99.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4 Å	42.79 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
PHASER	2.5.7	位相決定
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4Y5L

4y5l

解像度: 1.284→41.181 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 10.66 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: All 364 structures of this series were generated by an automated refinement pipeline and, thus, not refined to full convergence (e.g. since no manual (re-)building was performed, fragments ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1403	4110	5 %	RANDOM
R_work	0.121	78134	-	-
obs	0.1219	82244	99.25 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 47.21 Å² / B_iso mean: 13.0221 Å² / B_iso min: 6.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.284→41.181 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2369	0	0	225	2594
B_iso mean	-	-	-	23.99	-
残基数	-	-	-	-	330

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2426
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2	3329
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	399
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	424
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.749	783

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.284-1.2991	0.1505	126	0.1282	2676	2802	99
1.2991-1.3149	0.1329	166	0.1211	2633	2799	99
1.3149-1.3316	0.1597	139	0.113	2739	2878	99
1.3316-1.3491	0.144	141	0.1123	2640	2781	99
1.3491-1.3676	0.1586	124	0.1092	2747	2871	99
1.3676-1.3871	0.1287	151	0.1056	2653	2804	99
1.3871-1.4078	0.1227	137	0.1055	2657	2794	99
1.4078-1.4298	0.1334	137	0.0991	2706	2843	99
1.4298-1.4533	0.1279	147	0.0987	2661	2808	99
1.4533-1.4783	0.1317	131	0.0954	2669	2800	100
1.4783-1.5052	0.1274	163	0.0969	2693	2856	100
1.5052-1.5342	0.1257	141	0.0895	2689	2830	100
1.5342-1.5655	0.1225	133	0.093	2715	2848	99
1.5655-1.5995	0.1162	131	0.09	2699	2830	99
1.5995-1.6367	0.1148	133	0.0907	2675	2808	99
1.6367-1.6777	0.1207	106	0.0954	2720	2826	99
1.6777-1.723	0.1237	145	0.0957	2658	2803	99
1.723-1.7737	0.1366	133	0.0977	2715	2848	100
1.7737-1.831	0.1104	166	0.0976	2694	2860	100
1.831-1.8964	0.1043	159	0.0995	2654	2813	99
1.8964-1.9724	0.1113	152	0.0993	2726	2878	100
1.9724-2.0621	0.1127	142	0.1013	2680	2822	99
2.0621-2.1708	0.1238	160	0.0999	2668	2828	99
2.1708-2.3068	0.1233	141	0.1109	2701	2842	100
2.3068-2.4849	0.1261	139	0.1168	2724	2863	100
2.4849-2.735	0.1456	151	0.129	2711	2862	99
2.735-3.1306	0.1377	126	0.136	2707	2833	99
3.1306-3.9437	0.1633	141	0.1512	2729	2870	100
3.9437-41.2019	0.2141	149	0.1813	2795	2944	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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