PDB-5p1x: Automated refinement of diffraction data obtained from an endothi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5p1x

タイトル

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 116

要素

endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / fragment screening / method development / aspartic protease

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.196 Å

Model details

All 364 structures of this series were generated by an automated refinement pipeline and, thus, not ...

データ登録者

Schiebel, J. / Heine, A. / Klebe, G.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
著者: Schiebel, J. / Krimmer, S.G. / Rower, K. / Knorlein, A. / Wang, X. / Park, A.Y. / Stieler, M. / Ehrmann, F.R. / Fu, K. / Radeva, N. / Krug, M. / Huschmann, F.U. / Glockner, S. / Weiss, M.S. / ...

履歴

登録	2016年6月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月10日	Group: Database references
改定 1.2	2017年1月11日	Group: Database references
改定 1.3	2018年2月21日	Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_deposit_group / Item: _pdbx_deposit_group.group_type
改定 1.4	2021年11月17日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_deposit_group Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_deposit_group.group_description
改定 1.5	2024年10月23日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5p1x.cif.gz	185.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5p1x.ent.gz	148.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5p1x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5p1x_validation.pdf.gz	406.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5p1x_full_validation.pdf.gz	406.8 KB	表示
XML形式データ	5p1x_validation.xml.gz	14.5 KB	表示
CIF形式データ	5p1x_validation.cif.gz	22 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/5p1x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/5p1x	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002001 (364エントリ) 5oyq 5oyr 5oys 5oyt 5oyu 5oyv 5oyw 5oyx 5oyy 5oyz
タイトル	High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
タイプ	undefined
解説	High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.

-
関連構造データ

関連構造データ	4y5lS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5oz3-d 5p32-d 5p3g-d 5ozr-d 5p3z-d 5p4q-d 5p69-d 5p6a-d 5p01-d 5p54-d 5p0e-d 5oze-d 5p6v-d 5p89-d 5p34-d 5p6f-d 5p6p-d 5p0n-d 5p06-d 5ozg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: endothiapepsin

33.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.319, 73.102, 52.796
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.480, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	endothiapepsin 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.55 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000; crystal obtained by streak-seeding and soaked with 90 mM of fragment 116 with the SMILES code OC(=O)C1=CC=CC=C1SC[C@H]1CCCO1

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91841 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.2→42.726 Å / Num. obs: 101126 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.107 % / B_iso Wilson estimate: 9.5 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.056 / R_rim(I) all: 0.065 / Χ²: 0.96 / Net I/σ(I): 15.8 / Num. measured all: 415383

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.2-1.27		0.575	2.32	59684	16475	15471	0.73	0.671	93.9
1.27-1.36		0.423	3.29	62055	15524	15482	0.842	0.491	99.7
1.36-1.46		0.266	5.29	59331	14443	14416	0.931	0.307	99.8
1.46-1.6		0.16	8.7	55113	13270	13245	0.975	0.184	99.8
1.6-1.79		0.096	14.2	50398	12049	12020	0.99	0.11	99.8
1.79-2.07		0.051	24.96	44828	10627	10611	0.997	0.058	99.8
2.07-2.53		0.035	36.15	38061	9033	8996	0.998	0.04	99.6
2.53-3.58		0.026	47.41	29515	6993	6983	0.999	0.029	99.9
	3.58	0.019	58.32	16398	3923	3902	0.999	0.022	99.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4 Å	42.73 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
PHENIX		精密化
PHASER	2.5.7	位相決定
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4Y5L

4y5l

解像度: 1.196→36.551 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 13.52 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: All 364 structures of this series were generated by an automated refinement pipeline and, thus, not refined to full convergence (e.g. since no manual (re-)building was performed, fragments ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1484	5056	5 %	RANDOM
R_work	0.1339	96067	-	-
obs	0.1346	101123	98.92 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 45.49 Å² / B_iso mean: 12.7911 Å² / B_iso min: 5.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.196→36.551 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2369	0	0	259	2628
B_iso mean	-	-	-	23.82	-
残基数	-	-	-	-	330

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2426
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.183	3329
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	399
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	424
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.605	783

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.1958-1.2093	0.2398	120	0.2275	2273	2393	71
1.2093-1.2236	0.2536	171	0.2114	3252	3423	100
1.2236-1.2385	0.2235	169	0.2115	3204	3373	100
1.2385-1.2542	0.2099	170	0.192	3244	3414	100
1.2542-1.2707	0.1984	169	0.1794	3198	3367	100
1.2707-1.2881	0.1986	169	0.1765	3225	3394	100
1.2881-1.3065	0.178	171	0.165	3236	3407	100
1.3065-1.326	0.212	169	0.1566	3212	3381	100
1.326-1.3467	0.1633	169	0.152	3206	3375	100
1.3467-1.3688	0.1998	169	0.1472	3223	3392	100
1.3688-1.3924	0.1649	169	0.1387	3206	3375	100
1.3924-1.4177	0.1447	171	0.1295	3249	3420	100
1.4177-1.445	0.1835	168	0.1289	3193	3361	100
1.445-1.4745	0.1456	172	0.1241	3275	3447	100
1.4745-1.5065	0.1497	170	0.1167	3230	3400	100
1.5065-1.5416	0.1519	170	0.1064	3213	3383	100
1.5416-1.5801	0.1365	169	0.1048	3219	3388	100
1.5801-1.6229	0.1356	171	0.0984	3247	3418	100
1.6229-1.6706	0.1213	170	0.0999	3237	3407	100
1.6706-1.7245	0.1238	169	0.0998	3201	3370	100
1.7245-1.7862	0.1328	171	0.1017	3246	3417	100
1.7862-1.8577	0.1197	169	0.1057	3221	3390	100
1.8577-1.9422	0.1359	172	0.1052	3264	3436	100
1.9422-2.0446	0.1262	171	0.1076	3247	3418	100
2.0446-2.1727	0.1117	170	0.1092	3226	3396	100
2.1727-2.3404	0.1164	170	0.1182	3237	3407	100
2.3404-2.5759	0.1308	170	0.131	3236	3406	100
2.5759-2.9485	0.1534	172	0.141	3273	3445	100
2.9485-3.7142	0.1545	172	0.1507	3263	3435	100
3.7142-36.5681	0.1582	174	0.1619	3311	3485	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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