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- PDB-5owq: Human STK10 bound to dovitinib -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5owq
タイトルHuman STK10 bound to dovitinib
要素Serine/threonine-protein kinase 10
キーワードTRANSFERASE / Kinase / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


lymphocyte aggregation / regulation of lymphocyte migration / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / specific granule membrane / protein autophosphorylation / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction ...lymphocyte aggregation / regulation of lymphocyte migration / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / specific granule membrane / protein autophosphorylation / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / nuclear body / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / Neutrophil degranulation / protein homodimerization activity / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase 10, catalytic domain / Polo kinase kinase / : / Polo kinase kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...Serine/threonine-protein kinase 10, catalytic domain / Polo kinase kinase / : / Polo kinase kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-38O / Serine/threonine-protein kinase 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Szklarz, M. / von Delft, F. / Bountra, C. / Knapp, S. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C. / Elkins, J.M.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human STK10 bound to dovitinib
著者: Elkins, J.M.
履歴
登録2017年9月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase 10
B: Serine/threonine-protein kinase 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,3824
ポリマ－68,5972
非ポリマー7852
水00
1
A: Serine/threonine-protein kinase 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6912
ポリマ－34,2991
非ポリマー3921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serine/threonine-protein kinase 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6912
ポリマ－34,2991
非ポリマー3921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2800 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area25700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.570, 50.400, 114.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 32 - 316 / Label seq-ID: 17 - 301

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase 10 / Lymphocyte-oriented kinase


分子量: 34298.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STK10, LOK / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3)
参照: UniProt: O94804, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-38O / 4-amino-5-fluoro-3-[5-(4-methylpiperazin-1-yl)-1H-benzimidazol-2-yl]quinolin-2(1H)-one / Dovitinib / ドビチニブ


分子量: 392.429 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H21FN6O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.91 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M sodium formate, 15%(w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→57.19 Å / Num. obs: 16619 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 2.8 % / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.86 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2672 / CC1/2: 0.692 / % possible all: 91.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: STK10

解像度: 2.7→57.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 50.88 / SU ML: 0.443 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 6.612 / ESU R Free: 0.433 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30495 838 5.1 %RANDOM
Rwork0.26322 ---
obs0.26535 15674 90.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 54.895 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.44 Å20 Å21.36 Å2
2---0.89 Å2-0 Å2
3----1.82 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.7→57.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3843 0 58 0 3901
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0193990
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023690
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6931.9635440
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.062.9818525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3465499
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.96425.166151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.04415638
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.7141514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2634
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214392
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02732
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8171.7682026
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8171.7682025
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4952.6472515
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.4952.6482516
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8582.051964
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.8592.0541965
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.5353.0552926
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.86922.4944387
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.86922.5234388
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 14820 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.05 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 43 -
Rwork0.409 1153 -
obs--89.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.2907-0.69881.13826.4747-1.95450.82120.0523-0.0561-0.5269-0.1832-0.4305-1.70.04890.35690.37820.76690.06730.21260.5510.04090.601214.0939.51853.047
22.0970.8059-0.96152.8066-1.60793.5116-0.03280.36450.2332-0.24380.11520.0165-0.0336-0.1558-0.08240.46620.00870.23290.06390.04760.1491-5.26511.07439.575
32.57054.26361.44168.96750.05097.23960.4972-0.5835-0.31661.5981-0.6601-0.9777-0.41450.62120.16290.71560.09960.02440.7246-0.08050.446734.49238.02820.018
42.04271.1124-1.02943.4038-1.62623.5407-0.11150.0069-0.0522-0.0860.23460.20980.2575-0.4365-0.12310.4355-0.03420.22710.11250.02430.151213.85335.8768.865
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 112
2X-RAY DIFFRACTION2A113 - 317
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 112
4X-RAY DIFFRACTION4B113 - 317

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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