PDB-5ow0: Crystal structure of an electron transfer flavoprotein from Geoba...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ow0

タイトル

Crystal structure of an electron transfer flavoprotein from Geobacter metallireducens

要素

Electron transfer flavoprotein, alpha subunit
Electron transfer flavoprotein, beta subunit

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / anaerobic / toluene metabolism / FAD / AMP / flavoprotein

機能・相同性

機能・相同性情報

fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA dehydrogenase / flavin adenine dinucleotide binding / electron transfer activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacter metallireducens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Essen, L.-O. / Vogt, M.S. / Heider, J. / Koelzer, S. / Peschke, P. / Chowdhury, N.P. / Schuehle, K. / Kleinsorge, D.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2019
タイトル: Structural and functional characterization of an electron transfer flavoprotein involved in toluene degradation in strictly anaerobic bacteria.
著者: Vogt, M.S. / Schuhle, K. / Kolzer, S. / Peschke, P. / Chowdhury, N.P. / Kleinsorge, D. / Buckel, W. / Essen, L.O. / Heider, J.

履歴

登録	2017年8月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年9月11日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / struct Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.formula_weight / _struct.title
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ow0.cif.gz	329.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ow0.ent.gz	272.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ow0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/5ow0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/5ow0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2dkd-2 2dkd-1 2dkc-2 6yjv-2 5nag-2 2dka-1 5gs5-1 5na5-2 5nae-2 5na5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#263 - 2021年11月
アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase)
類似性 (1)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

B: Electron transfer flavoprotein, beta subunit

A: Electron transfer flavoprotein, alpha subunit

ヘテロ分子

59.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.730, 72.750, 133.881
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Electron transfer flavoprotein, beta subunit 分子量: 27615.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacter metallireducens (strain GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210) (バクテリア) 株: GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210 / 遺伝子: etfB-5, Gmet_1525 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q39VG5
#2: タンパク質	Electron transfer flavoprotein, alpha subunit 分子量: 30881.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacter metallireducens (strain GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210) (バクテリア) 株: GS-15 / ATCC 53774 / DSM 7210 / 遺伝子: etfA-5, Gmet_1526 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q39VG4
#3: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / コメント: AMP*YM
#4: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 738 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.01 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Mother liquor: 15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M HEPES, pH 7.5 mixed equal volumes of 10 mg/ml EtfAB in 300 mM NaCl, 20 mM HEPES, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97929 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→44.63 Å / Num. obs: 59506 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.8 % / B_iso Wilson estimate: 17.44 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.092 / R_pim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.584 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique obs: 5846 / CC_1/2: 0.918 / R_pim(I) all: 0.25 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.7→43.736 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.68

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1674	2970	5 %
R_work	0.1364	-	-
obs	0.138	59434	99.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→43.736 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4053	0	76	738	4867

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	4252
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.539	5790
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.524	1606
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	690
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	736

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7279	0.2134	162	0.196	2624	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7279-1.7577	0.2483	107	0.1763	2676	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7577-1.7896	0.1989	139	0.1708	2636	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7896-1.8241	0.1912	122	0.1666	2684	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8241-1.8613	0.1897	141	0.1569	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8613-1.9018	0.1941	161	0.1551	2627	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9018-1.946	0.1528	134	0.1449	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
1.946-1.9947	0.1892	128	0.1428	2645	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9947-2.0486	0.1857	155	0.14	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0486-2.1089	0.1656	134	0.1347	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1089-2.177	0.1535	137	0.1354	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.177-2.2548	0.1632	127	0.1308	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2548-2.345	0.1799	157	0.1294	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.345-2.4517	0.1531	127	0.1323	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4517-2.581	0.1858	143	0.1405	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.581-2.7427	0.1949	164	0.1393	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7427-2.9544	0.1921	125	0.144	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9544-3.2516	0.1622	139	0.1385	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2516-3.7219	0.1572	153	0.1247	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7219-4.6884	0.1288	133	0.1108	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6884-43.7501	0.1545	182	0.1367	2883	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3551	-1.9859	0.0455	4.606	-0.2842	1.1213	0.0566	0.1048	0.0206	-0.3331	-0.0513	0.0623	-0.0414	-0.1116	0.0016	0.125	-0.0187	-0.0305	0.1289	-0.006	0.0849	31.8199	30.9963	74.5179
2	4.6039	-6.0522	-3.1204	8.2894	3.6166	3.3563	0.1221	-0.154	0.2708	-0.3536	0.0743	-0.4339	-0.0914	0.2333	-0.1703	0.1704	-0.0166	0.031	0.1599	-0.0174	0.1758	50.0584	24.6161	76.2034
3	1.0447	0.1288	0.0236	1.3964	0.1509	1.2547	-0.0254	0.0224	-0.0983	-0.0474	0.016	-0.0273	0.1102	0.0552	0.0065	0.1273	0.0034	0.0135	0.1089	-0.0059	0.1326	40.4602	19.8182	81.4183
4	3.6094	-0.4656	1.4468	8.4613	2.424	4.1467	-0.1261	-0.1116	0.0155	0.2662	0.1435	-0.325	-0.0028	0.2134	-0.0274	0.0966	-0.0031	0.0206	0.1829	0.0102	0.098	51.4879	26.095	91.7234
5	1.4887	0.3046	-1.625	0.5397	-0.7629	2.387	-0.0898	0.3419	-0.0361	-0.3086	0.1232	-0.0954	0.1228	-0.0823	-0.0508	0.1691	0.0571	0.0019	0.1657	-0.0066	0.1955	44.579	22.9609	67.9239
6	1.0298	1.4205	-0.2019	4.6344	-0.6226	0.4239	-0.0261	0.0389	0.1265	-0.159	0.0607	0.1394	-0.0244	-0.061	-0.0369	0.12	0.0081	0.0079	0.1524	-0.0006	0.1142	32.2061	53.3631	81.9087
7	1.2548	-0.5661	0.4352	0.9782	-0.5325	1.9217	-0.1387	-0.1842	-0.0296	0.1825	0.118	-0.0005	-0.0382	-0.0035	0.0209	0.1479	0.0085	0.0076	0.1434	0.0126	0.1239	35.0405	30.5555	103.8824
8	1.5873	-2.5592	1.0113	5.1518	-1.8331	0.6883	-0.3411	-0.0639	0.3956	0.7105	0.2312	-1.0697	-0.3664	0.147	0.0937	0.2956	-0.0206	-0.0778	0.2627	-0.0504	0.2833	53.4555	41.787	95.4413
9	1.5988	0.1109	-0.0983	2.4951	-0.5105	1.1678	0.0229	0.0047	0.0735	-0.0462	0.0261	-0.1872	-0.0636	0.0972	-0.04	0.1072	-0.0126	0.006	0.0979	-0.0187	0.0919	44.6568	53.2794	80.5803

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 1 through 36 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 37 through 53 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 54 through 157 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 158 through 175 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 176 through 203 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 204 through 251 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 1 through 157 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 158 through 177 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 178 through 294 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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