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- PDB-5ovq: Crystal Structure of the peroxiredoxin (AhpC2) from the Hyperther... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ovq
タイトルCrystal Structure of the peroxiredoxin (AhpC2) from the Hyperthermophilic bacteria Aquifex aeolicus VF
要素(Peroxiredoxin) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


thioredoxin-dependent peroxiredoxin activity / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / cell redox homeostasis / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peroxiredoxin, TDXH subfamily / 1-Cys peroxiredoxin / : / Peroxiredoxin, AhpC-type / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain ...Peroxiredoxin, TDXH subfamily / 1-Cys peroxiredoxin / : / Peroxiredoxin, AhpC-type / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / Peroxiredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Warkentin, E. / Peng, G.
引用
ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / : 2018
タイトル: Structural properties of the peroxiredoxin AhpC2 from the hyperthermophilic eubacterium Aquifex aeolicus.
著者: Liu, W. / Liu, A. / Gao, H. / Wang, Q. / Wang, L. / Warkentin, E. / Rao, Z. / Michel, H. / Peng, G.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the peroxiredoxin (AhpC2) from the Hyperthermophilic bacteria Aquifex aeolicus VF
著者: Liu, W. / Wang, L. / Warkentin, E. / Peng, G. / Michel, H.
履歴
登録2017年8月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxiredoxin
B: Peroxiredoxin
C: Peroxiredoxin
D: Peroxiredoxin
E: Peroxiredoxin
F: Peroxiredoxin
G: Peroxiredoxin
H: Peroxiredoxin
I: Peroxiredoxin
J: Peroxiredoxin
K: Peroxiredoxin
L: Peroxiredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)305,75723
ポリマ-304,96412
非ポリマー79311
28,0851559
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, verified by electron microscopy.
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area49180 Å2
ΔGint-311 kcal/mol
Surface area87640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.100, 141.500, 143.000
Angle α, β, γ (deg.)61.00, 79.40, 80.90
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))
21(chain B and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))
31(chain C and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))
41(chain D and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))
51(chain E and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))
61(chain F and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))
71(chain G and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))
81(chain H and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))
91(chain I and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))
101(chain J and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))
111(chain K and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))
121(chain L and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUGLYGLY(chain A and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))AA6 - 106 - 10
12PROPROPHEPHE(chain A and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))AA12 - 7912 - 79
13HISHISVALVAL(chain A and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))AA81 - 22281 - 222
21LEULEUGLYGLY(chain B and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))BB6 - 106 - 10
22PROPROPHEPHE(chain B and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))BB12 - 7912 - 79
23HISHISVALVAL(chain B and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))BB81 - 22281 - 222
31LEULEUGLYGLY(chain C and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))CC6 - 106 - 10
32PROPROPHEPHE(chain C and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))CC12 - 7912 - 79
33HISHISVALVAL(chain C and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))CC81 - 22281 - 222
41LEULEUGLYGLY(chain D and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))DD6 - 106 - 10
42PROPROPHEPHE(chain D and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))DD12 - 7912 - 79
43HISHISVALVAL(chain D and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))DD81 - 22281 - 222
51LEULEUGLYGLY(chain E and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))EE6 - 106 - 10
52PROPROPHEPHE(chain E and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))EE12 - 7912 - 79
53HISHISVALVAL(chain E and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))EE81 - 22281 - 222
61LEULEUGLYGLY(chain F and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))FF6 - 106 - 10
62PROPROPHEPHE(chain F and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))FF12 - 7912 - 79
63HISHISVALVAL(chain F and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))FF81 - 22281 - 222
71LEULEUGLYGLY(chain G and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))GG6 - 106 - 10
72PROPROPHEPHE(chain G and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))GG12 - 7912 - 79
73HISHISVALVAL(chain G and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))GG81 - 22281 - 222
81LEULEUGLYGLY(chain H and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))HH6 - 106 - 10
82PROPROPHEPHE(chain H and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))HH12 - 7912 - 79
83HISHISVALVAL(chain H and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))HH81 - 22281 - 222
91LEULEUGLYGLY(chain I and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))II6 - 106 - 10
92PROPROPHEPHE(chain I and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))II12 - 7912 - 79
93HISHISVALVAL(chain I and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))II81 - 22281 - 222
101LEULEUGLYGLY(chain J and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))JJ6 - 106 - 10
102PROPROPHEPHE(chain J and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))JJ12 - 7912 - 79
103HISHISVALVAL(chain J and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))JJ81 - 22281 - 222
111LEULEUGLYGLY(chain K and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))KK6 - 106 - 10
112PROPROPHEPHE(chain K and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))KK12 - 7912 - 79
113HISHISVALVAL(chain K and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))KK81 - 22281 - 222
121LEULEUGLYGLY(chain L and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))LL6 - 106 - 10
122PROPROPHEPHE(chain L and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))LL12 - 7912 - 79
123HISHISVALVAL(chain L and (resid 6 through 10 or resid 12 through 79 or resid 81 through 222))LL81 - 22281 - 222

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要素

#1: タンパク質
Peroxiredoxin


分子量: 25455.107 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア)
参照: UniProt: O67024, peroxiredoxin
#2: タンパク質
Peroxiredoxin


分子量: 25384.029 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア)
参照: UniProt: O67024, peroxiredoxin
#3: 化合物
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子量: 72.106 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1559 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.81 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M Tris-HCI, pH 8.5, 1.4 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 306783 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2.48 / Num. unique obs: 45076 / CC1/2: 0.845 / % possible all: 94.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3W6G
解像度: 1.8→19.987 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 31.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2143 15324 5 %
Rwork0.1855 --
obs0.1869 306553 96.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.987 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21154 0 55 1559 22768
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00621845
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90129792
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1913009
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063254
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083815
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDRmsタイプ
11A12752X-RAY DIFFRACTION6.417TORSIONAL
12B12752X-RAY DIFFRACTION6.417TORSIONAL
13C12752X-RAY DIFFRACTION6.417TORSIONAL
14D12752X-RAY DIFFRACTION6.417TORSIONAL
15E12752X-RAY DIFFRACTION6.417TORSIONAL
16F12752X-RAY DIFFRACTION6.417TORSIONAL
17G12752X-RAY DIFFRACTION6.417TORSIONAL
18H12752X-RAY DIFFRACTION6.417TORSIONAL
19I12752X-RAY DIFFRACTION6.417TORSIONAL
110J12752X-RAY DIFFRACTION6.417TORSIONAL
111K12752X-RAY DIFFRACTION6.417TORSIONAL
112L12752X-RAY DIFFRACTION6.417TORSIONAL
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.82040.35645030.339559X-RAY DIFFRACTION94
1.8204-1.84180.31434930.3039362X-RAY DIFFRACTION94
1.8418-1.86430.34774940.29049384X-RAY DIFFRACTION94
1.8643-1.88790.31645090.28589705X-RAY DIFFRACTION95
1.8879-1.91270.2994980.27869531X-RAY DIFFRACTION95
1.9127-1.93890.3125030.26019561X-RAY DIFFRACTION95
1.9389-1.96650.29155160.25299788X-RAY DIFFRACTION96
1.9665-1.99590.2885020.23769535X-RAY DIFFRACTION96
1.9959-2.0270.26895110.23029710X-RAY DIFFRACTION96
2.027-2.06020.26095120.22839728X-RAY DIFFRACTION96
2.0602-2.09570.24165070.21139627X-RAY DIFFRACTION96
2.0957-2.13380.25515170.21869834X-RAY DIFFRACTION96
2.1338-2.17480.25685060.21419600X-RAY DIFFRACTION97
2.1748-2.21910.24535160.20689797X-RAY DIFFRACTION96
2.2191-2.26730.23565110.19899717X-RAY DIFFRACTION97
2.2673-2.320.23185140.19099799X-RAY DIFFRACTION97
2.32-2.37790.22735100.19059679X-RAY DIFFRACTION97
2.3779-2.44210.23795170.1869844X-RAY DIFFRACTION97
2.4421-2.51380.22735120.18589706X-RAY DIFFRACTION97
2.5138-2.59480.20535170.1799824X-RAY DIFFRACTION97
2.5948-2.68730.22445190.18859869X-RAY DIFFRACTION97
2.6873-2.79460.21385100.18079688X-RAY DIFFRACTION97
2.7946-2.92150.22355190.18769856X-RAY DIFFRACTION97
2.9215-3.0750.20265150.1749794X-RAY DIFFRACTION98
3.075-3.26680.19435180.17289826X-RAY DIFFRACTION98
3.2668-3.51780.18985180.16639852X-RAY DIFFRACTION98
3.5178-3.86950.18395160.16349791X-RAY DIFFRACTION97
3.8695-4.42420.16825070.14489631X-RAY DIFFRACTION96
4.4242-5.55410.16815180.15429856X-RAY DIFFRACTION98
5.5541-19.98790.19395160.17059776X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1425-0.081-0.06290.79170.28810.68580.00950.0117-0.0305-0.14740.0025-0.0444-0.1165-0.00520.00890.0538-0.0268-0.02410.2682-0.01870.243899.6335-3.556-44.8959
20.2041-0.00290.00020.691-0.78471.6987-0.0498-0.0156-0.04960.25620.02930.02390.0881-00.0270.51170.05220.05050.20590.0050.223687.1835-6.16776.594
30.2962-0.2108-0.10292.13740.52070.5512-0.0014-0.05030.03-0.29590.0298-0.09510.14880.0606-0.02460.53340.0250.0650.23890.01480.2223111.285-47.8626-71.6741
40.28750.1939-0.42761.0125-1.08661.8416-0.0180.03660.0202-0.2461-0.0435-0.10590.0026-0.00240.05360.60160.03670.04130.23030.01610.2385110.4925-94.6865-46.9074
50.4505-0.3682-0.50630.88710.71081.4769-0.0704-0.0468-0.01110.21970.00120.0929-0.0031-0.00290.07140.52360.01240.03640.20870.01420.219897.6272-97.23384.5603
60.2673-0.2551-0.06971.38120.16870.2257-0.04490.0254-0.02560.25590.05860.1042-0.0882-0.0228-0.02080.9420.06740.06720.29210.02420.301185.9314-52.98231.3343
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and (resid 7 through 220 )) or (chain 'B' and (resid 7 through 220 ))
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'C' and (resid 7 through 220 )) or (chain 'D' and (resid 7 through 220 ))
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'E' and (resid 7 through 220 )) or (chain 'F' and (resid 7 through 220 ))
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'G' and (resid 7 through 220 )) or (chain 'H' and (resid 7 through 220 ))
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'I' and (resid 7 through 220 )) or (chain 'J' and (resid 7 through 220 ))
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'K' and (resid 7 through 220 )) or (chain 'L' and (resid 7 through 220 ))

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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