[日本語] English
万見
- PDB-5ovi: Ras guanine nucleotide exchange factor SOS1 (Rem-cdc25) in comple... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ovi
タイトルRas guanine nucleotide exchange factor SOS1 (Rem-cdc25) in complex with small molecule inhibitor BAY-293 (compound 23)
要素Son of sevenless homolog 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Guanine exchange factor / GEF / inhibitor / SOS1
機能・相同性
機能・相同性情報


midbrain morphogenesis / regulation of pro-B cell differentiation / vitellogenesis / pericardium morphogenesis / cardiac atrium morphogenesis / heart trabecula morphogenesis / regulation of T cell differentiation in thymus / GTPase complex / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / Interleukin-15 signaling ...midbrain morphogenesis / regulation of pro-B cell differentiation / vitellogenesis / pericardium morphogenesis / cardiac atrium morphogenesis / heart trabecula morphogenesis / regulation of T cell differentiation in thymus / GTPase complex / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / Interleukin-15 signaling / Activation of RAC1 / blood vessel morphogenesis / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / Regulation of KIT signaling / epidermal growth factor receptor binding / leukocyte migration / regulation of T cell proliferation / NRAGE signals death through JNK / roof of mouth development / eyelid development in camera-type eye / Fc-epsilon receptor signaling pathway / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / B cell homeostasis / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / SOS-mediated signalling / RET signaling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / hair follicle development / SHC1 events in ERBB4 signaling / Signalling to RAS / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / SHC-related events triggered by IGF1R / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Signal attenuation / Interleukin receptor SHC signaling / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / Schwann cell development / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / SHC-mediated cascade:FGFR2 / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by FGFR4 in disease / SHC-mediated cascade:FGFR1 / Erythropoietin activates RAS / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / Tie2 Signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / Signaling by FGFR2 in disease / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / RAC1 GTPase cycle / EGFR Transactivation by Gastrin / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / myelination / Signaling by FGFR1 in disease / GRB2 events in ERBB2 signaling / NCAM signaling for neurite out-growth / SHC1 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / FCERI mediated Ca+2 mobilization / Insulin receptor signalling cascade / GTPase activator activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / molecular condensate scaffold activity / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / response to ischemia / FCERI mediated MAPK activation / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / B cell receptor signaling pathway / axon guidance / Constitutive Signaling by EGFRvIII / Signaling by ERBB2 ECD mutants / Signaling by ERBB2 KD Mutants / epidermal growth factor receptor signaling pathway / multicellular organism growth / Signaling by SCF-KIT / cytokine-mediated signaling pathway / SH3 domain binding / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / G alpha (12/13) signalling events / insulin receptor signaling pathway / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants / DAP12 signaling / regulation of cell population proliferation / RAF/MAP kinase cascade / Potential therapeutics for SARS / Ras protein signal transduction / protein heterodimerization activity / neuronal cell body
類似検索 - 分子機能
Son of sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 1 / Son of sevenless (SoS) protein Chain: S domain 1 / Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2 / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. ...Son of sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 1 / Son of sevenless (SoS) protein Chain: S domain 1 / Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2 / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like small GTPases / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Histone-fold / PH-like domain superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AXH / Son of sevenless homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Hillig, R.C. / Sautier, B. / Schroeder, J. / Moosmayer, D. / Hilpmann, A. / Stegmann, C.M. / Briem, H. / Boemer, U. / Weiske, J. / Badock, V. ...Hillig, R.C. / Sautier, B. / Schroeder, J. / Moosmayer, D. / Hilpmann, A. / Stegmann, C.M. / Briem, H. / Boemer, U. / Weiske, J. / Badock, V. / Petersen, K. / Kahmann, J. / Wegener, D. / Bohnke, N. / Eis, K. / Graham, K. / Wortmann, L. / von Nussbaum, F. / Bader, B.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: Discovery of potent SOS1 inhibitors that block RAS activation via disruption of the RAS-SOS1 interaction.
著者: Hillig, R.C. / Sautier, B. / Schroeder, J. / Moosmayer, D. / Hilpmann, A. / Stegmann, C.M. / Werbeck, N.D. / Briem, H. / Boemer, U. / Weiske, J. / Badock, V. / Mastouri, J. / Petersen, K. / ...著者: Hillig, R.C. / Sautier, B. / Schroeder, J. / Moosmayer, D. / Hilpmann, A. / Stegmann, C.M. / Werbeck, N.D. / Briem, H. / Boemer, U. / Weiske, J. / Badock, V. / Mastouri, J. / Petersen, K. / Siemeister, G. / Kahmann, J.D. / Wegener, D. / Bohnke, N. / Eis, K. / Graham, K. / Wortmann, L. / von Nussbaum, F. / Bader, B.
履歴
登録2017年8月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Son of sevenless homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,0115
ポリマ－57,3771
非ポリマー6354
水5,296294
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area620 Å2
ΔGint9 kcal/mol
Surface area24710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.476, 84.281, 175.285
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Son of sevenless homolog 1 / SOS-1


分子量: 57376.637 Da / 分子数: 1 / 変異: Q560G, E561A, E562M, K563A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07889
#2: 化合物 ChemComp-AXH / 6,7-dimethoxy-2-methyl-~{N}-[(1~{R})-1-[4-[2-(methylaminomethyl)phenyl]thiophen-2-yl]ethyl]quinazolin-4-amine


分子量: 448.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H28N4O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein concentration 30.7 mg/ml. Protein buffer 25 Millimolar TRIS-HCL PH 7.5, 50 millimolar NaCl, 1 millimolar DTT. Reservoir 0.1 M TRIS pH 8.5, 25 % (w/v) PEG 3350. CRYO BUFFER WAS ...詳細: Protein concentration 30.7 mg/ml. Protein buffer 25 Millimolar TRIS-HCL PH 7.5, 50 millimolar NaCl, 1 millimolar DTT. Reservoir 0.1 M TRIS pH 8.5, 25 % (w/v) PEG 3350. CRYO BUFFER WAS RESERVOIR SUPPLEMENTED WITH 2 MILLIMOLAR INHIBITOR (FROM 100 MILLIMOLAR DMSO STOCK) AND 15 % (v/v) ETHYLENE GLYCOL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→48.02 Å / Num. all: 112189 / Num. obs: 30220 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.71 % / Biso Wilson estimate: 41.9 Å2 / CC1/2: 0.984 / Rsym value: 0.14 / Net I/σ(I): 5.75
反射 シェル解像度: 2.2→2.33 Å / 冗長度: 3.79 % / Mean I/σ(I) obs: 1.54 / Num. unique obs: 4836 / CC1/2: 0.674 / Rsym value: 0.644 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSVERSION Nov 1, 2016データ削減
XDSVERSION Nov 1, 2016データスケーリング
MOLREPversion 11.0.02位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ii0

2ii0


解像度: 2.2→48.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 13.937 / SU ML: 0.181 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.286 / ESU R Free: 0.216 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24932 1511 5 %RANDOM
Rwork0.21062 ---
obs0.21255 28708 98.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 42.192 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.69 Å20 Å2-0 Å2
2---2.09 Å20 Å2
3---0.4 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→48.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3870 0 44 294 4208
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0194066
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023930
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.121.9795505
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8823.0019041
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.945478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.16723.768207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.53215748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0191535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2593
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214496
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02934
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4942.7881877
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4952.7861876
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5746.2522344
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5746.2552345
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7273.0432189
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.7273.0432189
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.9716.6833154
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.7617.4844847
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.75917.4884848
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 108 -
Rwork0.289 2067 -
obs--99.18 %
精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 0 Å / Origin y: 0 Å / Origin z: 0 Å / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)
10.9237-0.49270.30193.1759-1.84941.60880.12070.2509-0.0235-0.9412-0.3833-0.45930.59230.38390.26260.34080.14070.14260.23880.06140.0849
20.6096-0.12220.12522.0625-1.22561.00350.02570.33710.2124-0.5677-0.1845-0.1580.18310.07610.15880.24380.08770.01450.33440.12320.0895
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A566 - 745
2X-RAY DIFFRACTION2A753 - 1044

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る