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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ov8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the human BRPF1 bromodomain in complex with BZ097 | ||||||
![]() | Peregrin | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / Bromodomain and PHD finger-containing protein 1(BRPF1) / monocytic leukemia zinc-finger (MOZ) / Inhibitor / transcription | ||||||
機能・相同性 | ![]() acetyltransferase activator activity / regulation of developmental process / regulation of hemopoiesis / MOZ/MORF histone acetyltransferase complex / histone acetyltransferase complex / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / HATs acetylate histones / chromatin remodeling / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II ...acetyltransferase activator activity / regulation of developmental process / regulation of hemopoiesis / MOZ/MORF histone acetyltransferase complex / histone acetyltransferase complex / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / HATs acetylate histones / chromatin remodeling / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhu, J. / Caflisch, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure-based discovery of selective BRPF1 bromodomain inhibitors. 著者: Zhu, J. / Zhou, C. / Caflisch, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 113.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 87.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5mwgC ![]() 5mwhC ![]() 5mwzC ![]() 5o4sC ![]() 5o4tC ![]() 5o55C ![]() 5o5aC ![]() 5o5fC ![]() 5o5hC ![]() 5owaC ![]() 6ekqC ![]() 4lc2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13703.698 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NO3 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.86 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M Bis-Tris Propane pH9, 10% EG, 0.15M NaNO3, 25% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00004 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→47.46 Å / Num. obs: 23018 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 18.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique obs: 1295 / CC1/2: 0.946 / % possible all: 93.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4LC2 解像度: 1.8→47.459 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 24.4
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→47.459 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -0.3765 Å / Origin y: 4.6258 Å / Origin z: 13.8105 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |