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万見
- PDB-5ov3: Structure of the RbBP5 beta-propeller domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ov3
タイトルStructure of the RbBP5 beta-propeller domain
要素(Retinoblastoma-binding protein 5) x 2
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / WD40 beta-propeller
機能・相同性
機能・相同性情報


Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / PKMTs methylate histone lysines / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Neddylation / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / histone methyltransferase complex / MLL1 complex ...Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / PKMTs methylate histone lysines / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Neddylation / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / histone methyltransferase complex / MLL1 complex / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / response to estrogen / histone binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA damage response / nucleolus / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Retinoblastoma-binding protein 5/Swd1 / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Retinoblastoma-binding protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Mittal, A. / Zhang, Y. / Gamblin, S.J. / Wilson, J.R.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Francis Crick InstituteFC001078 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: The structure of the RbBP5 beta-propeller domain reveals a surface with potential nucleic acid binding sites.
著者: Mittal, A. / Hobor, F. / Zhang, Y. / Martin, S.R. / Gamblin, S.J. / Ramos, A. / Wilson, J.R.
履歴
登録2017年8月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoblastoma-binding protein 5
B: Retinoblastoma-binding protein 5
C: Retinoblastoma-binding protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,9945
ポリマ－85,6493
非ポリマー3442
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5470 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area27600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.809, 71.897, 178.269
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Retinoblastoma-binding protein 5 / RBBP-5


分子量: 42494.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rbbp5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8BX09
#2: タンパク質・ペプチド Retinoblastoma-binding protein 5 / RBBP-5


分子量: 659.708 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Ambiguous fragment from either chain A or B / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rbbp5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8BX09
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.06 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1M MES (pH 6.5), 40 % PEG 200

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→71.9 Å / Num. obs: 27559 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.3 % / Net I/σ(I): 12.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XL2

2xl2


解像度: 2.45→66.678 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.23
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 1407 5.11 %
Rwork0.1959 --
obs0.1995 27559 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→66.678 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5093 0 23 37 5153
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095222
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0417083
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1383116
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062805
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006901
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.53760.34511460.29442530X-RAY DIFFRACTION98
2.5376-2.63920.3811520.2782558X-RAY DIFFRACTION100
2.6392-2.75930.36761310.2512576X-RAY DIFFRACTION100
2.7593-2.90480.28921460.23232579X-RAY DIFFRACTION100
2.9048-3.08680.34521340.23182591X-RAY DIFFRACTION100
3.0868-3.32510.27541350.20592606X-RAY DIFFRACTION100
3.3251-3.65970.28161460.18952607X-RAY DIFFRACTION100
3.6597-4.18920.2091430.17842640X-RAY DIFFRACTION100
4.1892-5.27770.26991230.15482674X-RAY DIFFRACTION100
5.2777-66.70310.2381510.19562791X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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