PDB-5ot0: The thermostable L-asparaginase from Thermococcus kodakarensis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ot0

タイトル

The thermostable L-asparaginase from Thermococcus kodakarensis

要素

L-asparaginase

キーワード

HYDROLASE / Thermostable / homodimer / Leukaemia

機能・相同性

機能・相同性情報

asparaginase / asparaginase activity / amino acid metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermococcus kodakarensis (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.18 Å

データ登録者

Guo, J. / Coker, A.R. / Wood, S.P. / Cooper, J.B. / Rashid, N. / Chohan, S.M. / Akhtar, M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017
タイトル: Structure and function of the thermostable L-asparaginase from Thermococcus kodakarensis.
著者: Guo, J. / Coker, A.R. / Wood, S.P. / Cooper, J.B. / Chohan, S.M. / Rashid, N. / Akhtar, M.

履歴

登録	2017年8月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年11月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ot0.cif.gz	772.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ot0.ent.gz	655.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ot0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ot0_validation.pdf.gz	515.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ot0_full_validation.pdf.gz	572.5 KB	表示
XML形式データ	5ot0_validation.xml.gz	73.7 KB	表示
CIF形式データ	5ot0_validation.cif.gz	99.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/5ot0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/5ot0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1wlsS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2nql-d 1ihd-d 4bi9-2 4hnc-d 1djo-d 4r2n-1 1pm2-d 5b5u-1 1mrr-d 6yf4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: L-asparaginase

B: L-asparaginase

C: L-asparaginase

D: L-asparaginase

E: L-asparaginase

F: L-asparaginase

ヘテロ分子

215 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: L-asparaginase

B: L-asparaginase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
72 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: L-asparaginase

D: L-asparaginase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: L-asparaginase

F: L-asparaginase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.740, 70.960, 107.730
Angle α, β, γ (deg.)	72.13, 76.22, 87.83
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 328 / Label seq-ID: 1 - 328

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	L-asparaginase 分子量: 35715.996 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1) (古細菌) 株: ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1 / 遺伝子: TK1656 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5JIW4
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.3 % 解説: The crystal was a pentahedron composed of two equilateral triangular- and three rectangular-faces. Each side of the equilateral triangle is approximately 250 microns and the width of the ...解説: The crystal was a pentahedron composed of two equilateral triangular- and three rectangular-faces. Each side of the equilateral triangle is approximately 250 microns and the width of the rectangle is approximately 60 microns.
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 0.09 M NPS, 0.1 M buffer system 2, pH 6.5-7.0, 28.5% (v/v) EDO_P8K from the Morpheus kit PH範囲: 6.5-7.0

結晶

マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.3 %
解説: The crystal was a pentahedron composed of two equilateral triangular- and three rectangular-faces. Each side of the equilateral triangle is approximately 250 microns and the width of the ...

結晶化

温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 0.09 M NPS, 0.1 M buffer system 2, pH 6.5-7.0, 28.5% (v/v) EDO_P8K from the Morpheus kit
PH範囲: 6.5-7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.18→99.58 Å / Num. obs: 98478 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 50 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.06 / R_rim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 10.06
反射シェル	解像度: 2.18→2.26 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 1.2 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 9841 / CC_1/2: 0.59 / R_pim(I) all: 0.75 / R_rim(I) all: 1.4 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1WLS

1wls

解像度: 2.18→68.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 18.688 / SU ML: 0.202 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.3 / ESU R Free: 0.203 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22391	4896	5 %	RANDOM
R_work	0.19379	-	-	-
obs	0.19536	93578	97.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.078 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.46 Å²	1.33 Å²	1.14 Å²
2-	-	0.01 Å²	-0.57 Å²
3-	-	-	0.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.18→68.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15042	0	64	223	15329

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.019	15424
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	14967
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.105	1.988	20928
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.14	3	34563
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.279	5	1976
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.071	23.056	625
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.715	15	2649
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.013	15	140
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.138	0.2	2439
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	17055
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	3043
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.447	3.028	7880
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.446	3.027	7879
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.885	4.532	9843
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.885	4.533	9844
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.773	3.367	7544
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.773	3.367	7544
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.342	4.91	11079
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.747	36.428	16555
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.747	36.428	16556
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	19740	0.09
1	2	B	19740	0.09
2	1	A	19972	0.09
2	2	C	19972	0.09
3	1	A	19866	0.09
3	2	D	19866	0.09
4	1	A	19858	0.09
4	2	E	19858	0.09
5	1	A	19456	0.11
5	2	F	19456	0.11
6	1	B	19642	0.1
6	2	C	19642	0.1
7	1	B	20124	0.07
7	2	D	20124	0.07
8	1	B	19548	0.1
8	2	E	19548	0.1
9	1	B	19448	0.11
9	2	F	19448	0.11
10	1	C	19894	0.09
10	2	D	19894	0.09
11	1	C	19690	0.11
11	2	E	19690	0.11
12	1	C	19382	0.12
12	2	F	19382	0.12
13	1	D	19644	0.1
13	2	E	19644	0.1
14	1	D	19392	0.11
14	2	F	19392	0.11
15	1	E	19272	0.12
15	2	F	19272	0.12

LS精密化シェル

解像度: 2.18→2.237 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.331	350	-
R_work	0.303	6943	-
obs	-	-	97.51 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6689	1.3545	-0.4937	2.9297	-0.8423	1.5874	-0.1376	0.3668	-0.2246	-0.2965	-0.0051	-0.2177	0.1952	0.0429	0.1428	0.272	-0.1796	-0.0636	0.2431	0.0941	0.1234	-24.5518	12.8621	-25.339
2	3.0007	2.1109	-1.0736	3.0652	-1.2573	1.4956	0.3469	0.0707	0.5834	0.3057	-0.0075	0.9303	-0.1037	-0.0889	-0.3393	0.3198	-0.2417	0.0104	0.2661	0.15	0.5075	-49.9248	11.2558	-11.2935
3	1.4233	0.9842	-0.2161	4.5863	-0.763	1.6555	0.0682	-0.0511	0.0904	0.731	0.1648	0.3393	-0.0353	0.0125	-0.2331	0.3145	-0.1388	-0.0548	0.2338	0.1736	0.1925	-10.4831	27.2323	15.3908
4	1.521	0.7612	-0.2972	3.7172	-0.7567	1.4015	-0.0692	0.1416	0.3851	0.193	0.3976	0.6059	-0.192	-0.0853	-0.3284	0.3113	-0.1815	-0.057	0.2422	0.2533	0.4343	-7.6495	52.3635	1.2848
5	2.6305	0.4376	0.0616	2.6149	-1.1394	3.7734	0.0102	0.215	-0.2729	-0.5539	-0.1914	-0.2394	0.2924	0.5738	0.1812	0.4783	-0.1297	-0.0452	0.313	0.1663	0.1789	-16.9396	41.0327	-56.6085
6	3.3704	0.7439	-0.6575	2.1647	-0.9999	1.9945	0.3173	-0.082	0.6033	-0.0744	-0.6032	-0.9131	-0.5646	0.9028	0.2859	0.6893	-0.4649	0.0436	0.8747	0.4328	0.7755	3.6398	61.1739	-53.806

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 557
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 547
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 535
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 546
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 525
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 513

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新型コロナ情報

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