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- PDB-5ope: Robo1 Ig1-4 crystals form 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ope
タイトルRobo1 Ig1-4 crystals form 2
要素Roundabout homolog 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Neuronal receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


chemorepulsion involved in postnatal olfactory bulb interneuron migration / negative regulation of negative chemotaxis / Regulation of cortical dendrite branching / negative regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / LRR domain binding / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / heart induction / axon guidance receptor activity / Netrin-1 signaling / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway ...chemorepulsion involved in postnatal olfactory bulb interneuron migration / negative regulation of negative chemotaxis / Regulation of cortical dendrite branching / negative regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / LRR domain binding / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / heart induction / axon guidance receptor activity / Netrin-1 signaling / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / Regulation of commissural axon pathfinding by SLIT and ROBO / Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / SLIT2:ROBO1 increases RHOA activity / Roundabout signaling pathway / Inactivation of CDC42 and RAC1 / outflow tract septum morphogenesis / endocardial cushion formation / Signaling by ROBO receptors / pulmonary valve morphogenesis / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / cell migration involved in sprouting angiogenesis / Activation of RAC1 / aortic valve morphogenesis / axon midline choice point recognition / aorta development / positive regulation of axonogenesis / positive regulation of Rho protein signal transduction / ventricular septum morphogenesis / positive regulation of Notch signaling pathway / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / negative regulation of cell migration / positive regulation of MAP kinase activity / : / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / nervous system development / cell adhesion / neuron projection / axon / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / cell surface / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Roundabout homologue 1 / : / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type ...Roundabout homologue 1 / : / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Roundabout homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Aleksandrova, N. / Gutsche, I. / Kandiah, E. / Avilov, S.V. / Petoukhov, M.V. / Seiradake, E. / McCarthy, A.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Robo1 Forms a Compact Dimer-of-Dimers Assembly.
著者: Aleksandrova, N. / Gutsche, I. / Kandiah, E. / Avilov, S.V. / Petoukhov, M.V. / Seiradake, E. / McCarthy, A.A.
履歴
登録2017年8月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22018年5月2日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
Item: _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all
改定 1.32018年8月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set / Item: _pdbx_related_exp_data_set.data_reference
改定 1.42024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Roundabout homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9812
ポリマ－42,8861
非ポリマー951
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area21960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.457, 99.134, 247.175
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Roundabout homolog 1 / Deleted in U twenty twenty / H-Robo-1


分子量: 42886.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ROBO1, DUTT1 / プラスミド: pTT3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y6N7
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.5 % / 解説: Plate like morphology
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 0.5 M ammonium phosphate, 100 mM Na Critrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9395 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月13日 / 詳細: Toroidal mirror
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9395 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 17779 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 52.6 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rpim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 4.9 / Num. measured all: 61677
反射 シェル解像度: 2.5→2.7 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1772 / CC1/2: 0.53 / Rpim(I) all: 0.58 / % possible all: 82.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSOct 2015データ削減
Aimless1.9.31データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
MxCuBEデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5o5g

5o5g


解像度: 2.54→28.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.864 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.794 / SU R Cruickshank DPI: 0.362 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.394 / SU Rfree Blow DPI: 0.282 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.277
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 897 5.06 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.215 17735 97.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 56.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.0034 Å20 Å20 Å2
2--11.5677 Å20 Å2
3----23.5711 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.39 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.54→28.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2164 0 5 133 2302
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0092772HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.153799HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d883SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes490HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2772HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.59
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.03
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion393SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2800SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.54→2.7 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3177 124 4.96 %
Rwork0.2489 2375 -
all0.2524 2499 -
obs--86.71 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -14.938 Å / Origin y: 0.1155 Å / Origin z: 43.6112 Å
111213212223313233
T0.1453 Å20.0405 Å2-0.2102 Å2--0.1076 Å2-0.055 Å2---0.0516 Å2
L0.0727 °2-0.2707 °2-0.0554 °2-1.256 °20.2982 °2--0.4188 °2
S0.0807 Å °0.0371 Å °-0.0418 Å °-0.2126 Å °-0.05 Å °0.0113 Å °0.1645 Å °0.0861 Å °-0.0307 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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