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- PDB-5om1: Structure of the A2A-StaR2-bRIL562-Compound 4e complex at 2.1A ob... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5om1
タイトルStructure of the A2A-StaR2-bRIL562-Compound 4e complex at 2.1A obtained from in meso soaking experiments (1 hour soak).
要素Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor A2a
キーワードMEMBRANE PROTEIN / G-Protein Coupled Receptor / Adenosine 2a receptor / 7 TM integral membrane protein / thermostabilizing mutations
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / response to purine-containing compound / sensory perception / positive regulation of urine volume ...positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / response to purine-containing compound / sensory perception / positive regulation of urine volume / NGF-independant TRKA activation / Surfactant metabolism / synaptic transmission, dopaminergic / : / inhibitory postsynaptic potential / negative regulation of vascular permeability / synaptic transmission, cholinergic / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / positive regulation of glutamate secretion / blood circulation / response to caffeine / intermediate filament / eating behavior / presynaptic active zone / alpha-actinin binding / membrane depolarization / regulation of calcium ion transport / asymmetric synapse / axolemma / : / cellular defense response / prepulse inhibition / phagocytosis / response to amphetamine / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / excitatory postsynaptic potential / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / neuron projection morphogenesis / regulation of mitochondrial membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / positive regulation of long-term synaptic potentiation / locomotory behavior / central nervous system development / astrocyte activation / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / positive regulation of protein secretion / apoptotic signaling pathway / electron transport chain / positive regulation of apoptotic signaling pathway / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / vasodilation / blood coagulation / cell-cell signaling / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / postsynaptic membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / periplasmic space / electron transfer activity / calmodulin binding / response to xenobiotic stimulus / inflammatory response / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / glutamatergic synapse / lipid binding / apoptotic process / dendrite / heme binding / protein-containing complex binding / regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Adenosine A2A receptor / Adenosine receptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / OLEIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Chem-T4E / Soluble cytochrome b562 / Adenosine receptor A2a
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Rucktooa, P. / Cheng, R.K.Y. / Segala, E. / Geng, T. / Errey, J.C. / Brown, G.A. / Cooke, R. / Marshall, F.H. / Dore, A.S.
資金援助1件
組織認可番号国
European Union115366
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Towards high throughput GPCR crystallography: In Meso soaking of Adenosine A2A Receptor crystals.
著者: Rucktooa, P. / Cheng, R.K.Y. / Segala, E. / Geng, T. / Errey, J.C. / Brown, G.A. / Cooke, R.M. / Marshall, F.H. / Dore, A.S.
履歴
登録2017年7月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor A2a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,20534
ポリマ－48,0681
非ポリマー10,13733
水2,468137
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Monomeric peak on size exclusion chromatography.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9120 Å2
ΔGint14 kcal/mol
Surface area21370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.537, 179.854, 140.323
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor A2a / Cytochrome b-562


分子量: 48067.824 Da / 分子数: 1
変異: A54L; T88A; R107A; K122A; L202A; L235A; V239A; S277A; N154A,A54L; T88A; R107A; K122A; L202A; L235A; V239A; S277A; N154A,A54L; T88A; R107A; K122A; L202A; L235A; V239A; S277A; N154A,A54L; T88A; ...変異: A54L; T88A; R107A; K122A; L202A; L235A; V239A; S277A; N154A,A54L; T88A; R107A; K122A; L202A; L235A; V239A; S277A; N154A,A54L; T88A; R107A; K122A; L202A; L235A; V239A; S277A; N154A,A54L; T88A; R107A; K122A; L202A; L235A; V239A; S277A; N154A,A54L; T88A; R107A; K122A; L202A; L235A; V239A; S277A; N154A,A54L; T88A; R107A; K122A; L202A; L235A; V239A; S277A; N154A
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: ADORA2A, ADORA2, cybC / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P29274, UniProt: P0ABE7

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非ポリマー , 7種, 170分子

#2: 化合物 ChemComp-T4E / 4-(3-amino-5-phenyl-1,2,4-triazin-6-yl)-2-chlorophenol / 4-(3-アミノ-5-フェニル-1,2,4-トリアジン-6-イル)-2-クロロフェノ-ル


分子量: 298.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H11ClN4O
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#5: 化合物
ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#6: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.6 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: Crystal growth: 0.l M tri-sodium citrate pH 5.3-5.4, 0.05 M sodium thiocyanate, 29-32% PEG400, 2% (v/v) 2,5-hexanediol and 0.5 mM theophylline Compound 4e was added to the mother liquor to a ...詳細: Crystal growth: 0.l M tri-sodium citrate pH 5.3-5.4, 0.05 M sodium thiocyanate, 29-32% PEG400, 2% (v/v) 2,5-hexanediol and 0.5 mM theophylline Compound 4e was added to the mother liquor to a concentration of 0.005 mM for the soaking experiments.
PH範囲: 5.3-5.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月30日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→33.83 Å / Num. obs: 29886 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rpim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 1.355 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2394 / CC1/2: 0.524 / Rpim(I) all: 0.564 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12rc2_2821: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MZJ

5mzj


解像度: 2.1→33.83 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.09 / 位相誤差: 20.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2097 2792 4.95 %
Rwork0.1882 --
obs0.1892 29854 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→33.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2998 0 571 137 3706
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023718
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9234952
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4281918
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035543
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003596
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.13620.32381470.29972616X-RAY DIFFRACTION100
2.1362-2.1750.31191330.29422721X-RAY DIFFRACTION100
2.175-2.21690.28881610.27712665X-RAY DIFFRACTION100
2.2169-2.26210.24061430.26092642X-RAY DIFFRACTION100
2.2621-2.31130.24161140.2522741X-RAY DIFFRACTION100
2.3113-2.3650.28531440.23582679X-RAY DIFFRACTION100
2.365-2.42420.26731320.2252698X-RAY DIFFRACTION100
2.4242-2.48970.23691930.21372643X-RAY DIFFRACTION100
2.4897-2.56290.24861210.2082670X-RAY DIFFRACTION100
2.5629-2.64560.22481370.19432699X-RAY DIFFRACTION100
2.6456-2.74010.19071370.1882637X-RAY DIFFRACTION100
2.7401-2.84980.20791760.17632706X-RAY DIFFRACTION100
2.8498-2.97940.21941620.17662634X-RAY DIFFRACTION100
2.9794-3.13640.19481260.18442632X-RAY DIFFRACTION100
3.1364-3.33270.2231210.18012755X-RAY DIFFRACTION100
3.3327-3.58980.15741370.16622708X-RAY DIFFRACTION100
3.5898-3.95060.16231320.15442670X-RAY DIFFRACTION100
3.9506-4.52110.17841340.14942675X-RAY DIFFRACTION100
4.5211-5.69170.20621260.17072709X-RAY DIFFRACTION100
5.6917-33.83410.18551160.17852696X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1080.1032-0.2491.8752-0.11821.39210.00260.00060.1078-0.085-0.00730.0097-0.18250.06470.01290.1632-0.0016-0.00930.2042-0.0110.125222.0769186.779317.7251
21.8254-1.7116-1.4647.05952.2824.96150.0281-0.2824-0.6356-0.3361-0.03130.2636-0.0531-0.0248-0.03970.42920.08610.00930.36050.07060.8282-0.8489234.663320.0374
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and (resseq -1:208 or resseq 219:305 or resseq 1210))
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and (resseq 1001:1106))

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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