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万見
- PDB-5olc: Crystal structure of the 3,6-anhydro-D-galactonate cycloisomerase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5olc
タイトルCrystal structure of the 3,6-anhydro-D-galactonate cycloisomerase from Zobellia galactanivorans
要素Galactonate dehydratase
キーワードISOMERASE / cycloisomerase / enolase superfamily / 3 / 6-anhydro-D-galactonate / carrageenan
機能・相同性
機能・相同性情報


galactonate dehydratase / galactonate dehydratase activity / amino acid catabolic process
類似検索 - 分子機能
Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 1. / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, conserved site / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain ...Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 1. / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, conserved site / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Galactonate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Zobellia galactanivorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Michel, G. / Czjzek, M. / Jam, M.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-14-CE19-0020-01 フランス
French National Research AgencyANR-10-BTBR-04 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Carrageenan catabolism is encoded by a complex regulon in marine heterotrophic bacteria.
著者: Ficko-Blean, E. / Prechoux, A. / Thomas, F. / Rochat, T. / Larocque, R. / Zhu, Y. / Stam, M. / Genicot, S. / Jam, M. / Calteau, A. / Viart, B. / Ropartz, D. / Perez-Pascual, D. / Correc, G. / ...著者: Ficko-Blean, E. / Prechoux, A. / Thomas, F. / Rochat, T. / Larocque, R. / Zhu, Y. / Stam, M. / Genicot, S. / Jam, M. / Calteau, A. / Viart, B. / Ropartz, D. / Perez-Pascual, D. / Correc, G. / Matard-Mann, M. / Stubbs, K.A. / Rogniaux, H. / Jeudy, A. / Barbeyron, T. / Medigue, C. / Czjzek, M. / Vallenet, D. / McBride, M.J. / Duchaud, E. / Michel, G.
履歴
登録2017年7月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galactonate dehydratase
B: Galactonate dehydratase
C: Galactonate dehydratase
D: Galactonate dehydratase
E: Galactonate dehydratase
F: Galactonate dehydratase
G: Galactonate dehydratase
H: Galactonate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)359,30113
ポリマ－359,1808
非ポリマー1225
水1,65792
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25700 Å2
ΔGint-145 kcal/mol
Surface area91290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.840, 154.070, 150.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.38, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Galactonate dehydratase / 3 / 6-anhydro-D-galactonate isomerase


分子量: 44897.438 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zobellia galactanivorans (バクテリア)
遺伝子: dgoD, zobellia_3156 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G0L7B8, galactonate dehydratase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.28 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Optimized conditions were a 1:1 ratio of 0.2 M tri potassium citrate, 20% PEG 3350 to 25 mg/ml ZGAL_3156.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→49.17 Å / Num. obs: 93118 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 79.39 Å2 / CC1/2: 0.978 / Net I/σ(I): 3.97
反射 シェル解像度: 2.79→2.87 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.87 / CC1/2: 0.473 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HPN

4hpn


解像度: 2.79→49.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.86 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.832 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 1.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.913 / SU Rfree Blow DPI: 0.345 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.361
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 4656 5 %RANDOM
Rwork0.231 ---
obs0.233 93114 98.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 68.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--25.4971 Å20 Å216.8867 Å2
2--13.7987 Å20 Å2
3---11.6984 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.79→49.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21809 0 5 92 21906
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0122257HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1930171HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d7623SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes514HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3179HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it22257HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd4SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.58
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion23.36
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2960SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact26040SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.79→2.86 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 293 4.99 %
Rwork0.255 5573 -
all0.257 5866 -
obs--84.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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