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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oic
タイトルInhA (T2A mutant) complexed with (4-((1H-pyrazol-1-yl)methyl)phenyl)methanol
要素Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
キーワードOXIDOREDUCTASE / Inhibitor / complex / fragment based drug discovery / tuberculosis
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
[4-(pyrazol-1-ylmethyl)phenyl]methanol / 2-ETHOXYETHANOL / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Convery, M.A.
引用ジャーナル: ChemMedChem / 年: 2018
タイトル: Screening of a Novel Fragment Library with Functional Complexity against Mycobacterium tuberculosis InhA.
著者: Prati, F. / Zuccotto, F. / Fletcher, D. / Convery, M.A. / Fernandez-Menendez, R. / Bates, R. / Encinas, L. / Zeng, J. / Chung, C.W. / De Dios Anton, P. / Mendoza-Losana, A. / Mackenzie, C. / ...著者: Prati, F. / Zuccotto, F. / Fletcher, D. / Convery, M.A. / Fernandez-Menendez, R. / Bates, R. / Encinas, L. / Zeng, J. / Chung, C.W. / De Dios Anton, P. / Mendoza-Losana, A. / Mackenzie, C. / Green, S.R. / Huggett, M. / Barros, D. / Wyatt, P.G. / Ray, P.C.
履歴
登録2017年7月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 2.02024年5月8日Group: Atomic model / Data collection / Database references
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6476
ポリマ－28,5251
非ポリマー1,1225
水7,170398
1
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,58724
ポリマ－114,0994
非ポリマー4,48820
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_553y,x,-z-4/31
crystal symmetry operation10_663-y+1,-x+1,-z-4/31
Buried area21870 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area32930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.270, 97.270, 139.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-486-

HOH

21A-759-

HOH

31A-792-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / Enoyl-ACP reductase / FAS-II enoyl-ACP reductase / NADH-dependent 2-trans-enoyl-ACP reductase


分子量: 28524.754 Da / 分子数: 1 / 変異: T2A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: inhA, Rv1484, MTCY277.05 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P9WGR1, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-9VQ / [4-(pyrazol-1-ylmethyl)phenyl]methanol


分子量: 188.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ETX / 2-ETHOXYETHANOL / 2-エトキシエタノ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 35-42% Ethoxyethanol and 0.1M Mes pH 6.5 - 6.8. 5% glycerol used as cryoprotectant. Crystals were soaked to obtain ligand complex.
PH範囲: 6.5-6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→72.17 Å / Num. obs: 32910 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 22.88 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 1.87→2.05 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.731 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 7730 / CC1/2: 0.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BUSTER位相決定
精密化解像度: 1.87→36.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.108 / SU Rfree Blow DPI: 0.103 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.094
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.182 1671 5.09 %RANDOM
Rwork0.151 ---
obs0.152 32859 99.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.4827 Å20 Å20 Å2
2---4.4827 Å20 Å2
3---8.9654 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.17 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.87→36.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1989 0 76 398 2463
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012160HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.982946HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d743SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes46HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes337HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2160HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.7
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.22
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion284SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2984SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.87→1.93 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 170 5.76 %
Rwork0.213 2780 -
all0.217 2950 -
obs--99.8 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 45.1998 Å / Origin y: 47.6875 Å / Origin z: -88.1343 Å
111213212223313233
T-0.0558 Å2-0.0023 Å2-0.0157 Å2-0.0265 Å20.0069 Å2---0.0284 Å2
L0.3873 °20.0121 °20.0869 °2-0.2797 °2-0.0582 °2--0.5539 °2
S-0.0362 Å °0.002 Å °0.0374 Å °0.0137 Å °0.0026 Å °-0.0642 Å °-0.0569 Å °0.1858 Å °0.0336 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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