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- PDB-5ohx: Structure of active cystathionine B-synthase from Apis mellifera -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ohx
タイトルStructure of active cystathionine B-synthase from Apis mellifera
要素Cystathionine beta-synthase
キーワードLYASE / CBS / Transsulfuration / Hydrogen sulfide / H2S / homocystinuria / S-adenosylmethionine / AdoMet
機能・相同性
機能・相同性情報


cystathionine beta-synthase / cysteine biosynthetic process via cystathionine / cystathionine beta-synthase activity / cysteine biosynthetic process from serine / pyridoxal phosphate binding / heme binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cystathionine beta-synthase / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / : / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / CBS domain superfamily / Rossmann fold ...Cystathionine beta-synthase / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / : / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / CBS domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Cystathionine beta-synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Apis mellifera (セイヨウミツバチ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Gimenez-Mascarell, P. / Majtan, T. / Oyenarte, I. / Ereno-Orbea, J. / Majtan, J. / Kraus, J.P. / Klaudiny, J. / Martinez-Cruz, L.A.
引用ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of cystathionine beta-synthase from honeybee Apis mellifera.
著者: Gimenez-Mascarell, P. / Majtan, T. / Oyenarte, I. / Ereno-Orbea, J. / Majtan, J. / Klaudiny, J. / Kraus, J.P. / Martinez-Cruz, L.A.
履歴
登録2017年7月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22019年10月9日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_Rsym_value ..._reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_Rsym_value / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs / _reflns_shell.pdbx_Rsym_value
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cystathionine beta-synthase
B: Cystathionine beta-synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,2996
ポリマ－112,5712
非ポリマー1,7274
水00
1
A: Cystathionine beta-synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1493
ポリマ－56,2861
非ポリマー8642
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cystathionine beta-synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1493
ポリマ－56,2861
非ポリマー8642
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.143, 96.099, 180.684
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cystathionine beta-synthase


分子量: 56285.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Apis mellifera (セイヨウミツバチ)
遺伝子: AmCBS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2V0C9
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C34H32FeN4O4
由来: (組換発現) Apis mellifera (セイヨウミツバチ)
遺伝子: AmCBS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H10NO6P
由来: (組換発現) Apis mellifera (セイヨウミツバチ)
遺伝子: AmCBS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.97 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 10% PEG 6000, 100 mM HEPES pH 7.5, 5% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→49.4 Å / Num. obs: 25365 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.2 % / Rsym value: 0.154 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 3.2→3.3 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.693

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PC2

3pc2


解像度: 3.2→49.36 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.21
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2313 1287 5.07 %
Rwork0.1968 --
obs0.1986 25365 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→49.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7578 0 116 0 7694
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037875
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12810696
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.3794739
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461202
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051342
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.32810.30431360.28442635X-RAY DIFFRACTION100
3.3281-3.47950.3441420.25282632X-RAY DIFFRACTION100
3.4795-3.66290.26911450.22772637X-RAY DIFFRACTION100
3.6629-3.89230.25351550.21552643X-RAY DIFFRACTION100
3.8923-4.19270.2291480.19522655X-RAY DIFFRACTION100
4.1927-4.61440.19821310.17412678X-RAY DIFFRACTION100
4.6144-5.28140.20941420.17282686X-RAY DIFFRACTION100
5.2814-6.65150.22231420.19312715X-RAY DIFFRACTION100
6.6515-49.36590.17551460.15762797X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.5378 Å / Origin y: -38.1071 Å / Origin z: -30.3865 Å
111213212223313233
T0.3043 Å2-0.0041 Å2-0.0502 Å2-0.3869 Å20.0134 Å2--0.3169 Å2
L0.8819 °20.1764 °20.3636 °2-1.1286 °20.6604 °2--1.8989 °2
S0.0998 Å °0.159 Å °-0.2104 Å °-0.2367 Å °0.0752 Å °-0.05 Å °0.0208 Å °0.2511 Å °-0.1399 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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