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- PDB-5odw: Structure of the FpvAI-pyocin S2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5odw
タイトルStructure of the FpvAI-pyocin S2 complex
要素
  • Ferripyoverdine receptor
  • Pyocin-S2
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Antimicrobial protein / membrane protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pyoverdine biosynthetic process / cytolysis / siderophore-iron import into cell / siderophore uptake transmembrane transporter activity / cell outer membrane / signaling receptor activity / endonuclease activity / killing of cells of another organism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / defense response to bacterium ...pyoverdine biosynthetic process / cytolysis / siderophore-iron import into cell / siderophore uptake transmembrane transporter activity / cell outer membrane / signaling receptor activity / endonuclease activity / killing of cells of another organism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / defense response to bacterium / signaling receptor binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Pyocin S killer protein / S-type Pyocin / Secretin and TonB N terminus short domain / Colicin/pyocin, DNase domain superfamily / Colicin/Pyocin-S2, DNase domain / Secretin/TonB, short N-terminal domain / Secretin and TonB N terminus short domain / TonB-dependent receptor, plug domain / Pyosin/cloacin translocation domain / Pyosin/cloacin translocation domain superfamily ...Pyocin S killer protein / S-type Pyocin / Secretin and TonB N terminus short domain / Colicin/pyocin, DNase domain superfamily / Colicin/Pyocin-S2, DNase domain / Secretin/TonB, short N-terminal domain / Secretin and TonB N terminus short domain / TonB-dependent receptor, plug domain / Pyosin/cloacin translocation domain / Pyosin/cloacin translocation domain superfamily / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / TonB-dependent receptor, beta-barrel domain / TonB-dependent receptor, conserved site / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 2. / TonB-dependent siderophore receptor / Maltoporin; Chain A / HNH nucleases / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent Receptor Plug Domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / HNH nuclease / His-Me finger superfamily / Beta Complex / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ferripyoverdine receptor / Pyocin-S2
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者White, P. / Joshi, A. / Kleanthous, C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust201505/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Exploitation of an iron transporter for bacterial protein antibiotic import.
著者: White, P. / Joshi, A. / Rassam, P. / Housden, N.G. / Kaminska, R. / Goult, J.D. / Redfield, C. / McCaughey, L.C. / Walker, D. / Mohammed, S. / Kleanthous, C.
履歴
登録2017年7月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferripyoverdine receptor
B: Ferripyoverdine receptor
C: Pyocin-S2
D: Pyocin-S2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,05314
ポリマ－231,0924
非ポリマー96110
水00
1
A: Ferripyoverdine receptor
C: Pyocin-S2
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking, Cross-links observed at interfacial residues, gel filtration, Proteins co-elute in single peak, isothermal titration calorimetry, High affinity binding constant, mass ...根拠: cross-linking, Cross-links observed at interfacial residues, gel filtration, Proteins co-elute in single peak, isothermal titration calorimetry, High affinity binding constant, mass spectrometry, Observed mass by native ESI-MS agrees with predicted mass
  • 116 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,0267
ポリマ－115,5462
非ポリマー4805
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4140 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area40280 Å2
手法PISA
2
B: Ferripyoverdine receptor
D: Pyocin-S2
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking, Cross-links observed at interfacial residues, gel filtration, Proteins co-elute in single peak, isothermal titration calorimetry, High affinity binding constant, mass ...根拠: cross-linking, Cross-links observed at interfacial residues, gel filtration, Proteins co-elute in single peak, isothermal titration calorimetry, High affinity binding constant, mass spectrometry, Observed mass by native ESI-MS agrees with predicted mass
  • 116 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,0267
ポリマ－115,5462
非ポリマー4805
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4130 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area39410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.524, 209.390, 215.845
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Ferripyoverdine receptor


分子量: 91260.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
Cell: Bacterial / 遺伝子: fpvA, PA2398 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): TNE012 / 参照: UniProt: P48632
#2: タンパク質 Pyocin-S2 / Killer protein


分子量: 24285.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
遺伝子: pys2, PA1150 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q06584, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.37 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.350 M ammonium sulphate, 13.5% (w/v) PEG3350, 0.050 M sodium acetate pH 4.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8729 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月4日
放射モノクロメーター: Silicon 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8729 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→47.97 Å / Num. obs: 63709 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 60.22 Å2 / CC1/2: 0.965 / Rmerge(I) obs: 0.347 / Rpim(I) all: 0.236 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 1.701 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 4490 / CC1/2: 0.412 / Rpim(I) all: 1.059 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDS0.52データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2W16

2w16


解像度: 2.8→47.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.867 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.808 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 1.263 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.978 / SU Rfree Blow DPI: 0.346 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.358
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 3094 4.86 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.214 63709 98.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-16.6565 Å20 Å20 Å2
2---8.4365 Å20 Å2
3----8.2199 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.41 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→47.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15038 0 50 0 15088
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0115427HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.220924HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5281SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes429HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2237HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it15427HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.98
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.88
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1963SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact16242SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 231 4.9 %
Rwork0.242 4488 -
all0.245 4719 -
obs--99.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7495-0.79140.14214.4498-0.61837.09350.02840.19510.1565-0.4711-0.06320.20860.24680.31210.0348-0.09470.0092-0.0201-0.11370.021-0.0597-29.2105-19.3939-59.608
20.6078-0.21710.09250.4451-0.05120.3531-0.0357-0.11820.02750.08590.02050.0241-0.0235-0.0660.0152-0.074-0.01580.0151-0.0769-0.0247-0.0686-23.883-40.4287-29.2064
31.001-2.4937-0.64631.39740.6230.30770.04230.04320.10290.1064-0.13-0.18430.06590.11360.0876-0.1109-0.07270.071-0.0091-0.01220.0484-15.3232-54.6856-86.3756
40.57950.0384-0.0880.33040.01860.1974-0.03720.0348-0.09870.01220.041-0.03610.0297-0.0357-0.0038-0.06610.0046-0.0051-0.0829-0.0156-0.0336-23.5542-79.0892-61.1248
51.381-0.6089-0.21991.6258-0.48580-0.0275-0.0544-0.00390.2020.00850.05050.11810.04430.0190.201-0.0451-0.02890.06090.07810.0491-29.3634-69.555910.5683
60.06010.9728-1.19411.7213-2.79523.55450.0173-0.0566-0.0624-0.02710.19190.25550.0871-0.2202-0.20920.05740.00860.0264-0.01050.1531-0.1092-37.7823-79.123710.8282
75.8911-0.62051.494800.04010.5838-0.0210.183-0.04130.2010.01810.0440.1878-0.02990.0029-0.0829-0.0086-0.06980.11090.05450.1983-20.9107-114.358-25.8692
80.1662-0.64650.95772.8187-3.00282.5823-0.0043-0.0215-0.1010.1601-0.0603-0.01010.02590.04810.06450.02640.0123-0.026-0.10990.1096-0.0261-13.1333-112.897-15.4848
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|45 - 124}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|125 - 815}
3X-RAY DIFFRACTION3{B|54 - 116}
4X-RAY DIFFRACTION4{B|125 - 815}
5X-RAY DIFFRACTION5{C|11 - 34}
6X-RAY DIFFRACTION6{C|35 - 99}
7X-RAY DIFFRACTION7{D|11 - 34}
8X-RAY DIFFRACTION8{D|35 - 206}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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