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- PDB-5odo: Crystal Structure of the Oleate hydratase of Rhodococcus erythropolis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5odo
タイトルCrystal Structure of the Oleate hydratase of Rhodococcus erythropolis
要素Isomerase
キーワードLYASE / Hydratase / Rossmann fold / FAD binding / fatty acid / immune system
機能・相同性oleate hydratase activity / Oleate hydratase / MCRA family / isomerase activity / FAD binding / fatty acid metabolic process / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / FORMIC ACID / Isomerase
機能・相同性情報
生物種Rhodococcus erythropolis DN1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Driller, R. / Lorenzen, J. / Waldow, A. / Qoura, F. / Brueck, T. / Loll, B.
引用ジャーナル: Chemcatchem / 年: 2017
タイトル: Rhodococcus erythropolis Oleate Hydratase: a New Member in the Oleate Hydratase Family Tree - Biochemical and Structural Studies.
著者: Lorenzen, J. / Driller, R. / Waldow, A. / Quora, F. / Loll, B. / Brueck, T.
履歴
登録2017年7月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isomerase
B: Isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,93920
ポリマ－132,0622
非ポリマー87718
水7,728429
1
A: Isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,56211
ポリマ－66,0311
非ポリマー53110
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,3789
ポリマ－66,0311
非ポリマー3468
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)261.747, 261.747, 127.304
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Isomerase


分子量: 66031.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodococcus erythropolis DN1 (バクテリア)
遺伝子: N601_10635 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: T5I9M6*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 429 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.19 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM Bis-Tris/HCl 300 mM Magnesium formate 5% (v/v) glycerol
PH範囲: 5.5 - 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.98141 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月21日
放射モノクロメーター: SI111-DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98141 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→50 Å / Num. obs: 75230 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 22.2 % / Net I/σ(I): 13.66

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ia5

4ia5


解像度: 2.64→49.466 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.96
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2202 2097 2.79 %
Rwork0.1891 --
obs0.19 75185 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.64→49.466 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8534 0 54 429 9017
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0118867
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84212003
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0335267
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581284
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051564
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6401-2.70150.35021350.31944748X-RAY DIFFRACTION99
2.7015-2.7690.35341380.29164805X-RAY DIFFRACTION100
2.769-2.84390.34161380.27954811X-RAY DIFFRACTION100
2.8439-2.92760.29951380.27284797X-RAY DIFFRACTION100
2.9276-3.02210.30231390.2544828X-RAY DIFFRACTION100
3.0221-3.13010.26361380.25274815X-RAY DIFFRACTION100
3.1301-3.25540.31081390.23134828X-RAY DIFFRACTION100
3.2554-3.40350.26771390.22174839X-RAY DIFFRACTION100
3.4035-3.58290.22141390.1984861X-RAY DIFFRACTION100
3.5829-3.80730.19771400.17584853X-RAY DIFFRACTION100
3.8073-4.10110.20731400.15884899X-RAY DIFFRACTION100
4.1011-4.51360.16891410.13544888X-RAY DIFFRACTION100
4.5136-5.16610.17821410.13424928X-RAY DIFFRACTION100
5.1661-6.50640.17791430.15984988X-RAY DIFFRACTION100
6.5064-49.47420.14851490.15815200X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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