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- PDB-5od2: Crystal structure of ADP-dependent glucokinase from Methanocaldoc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5od2
タイトルCrystal structure of ADP-dependent glucokinase from Methanocaldococcus jannaschii
要素Bifunctional ADP-specific glucokinase/phosphofructokinase
キーワードTRANSFERASE / sugar metabolism / protein-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ADP-specific phosphofructokinase / ADP-specific phosphofructokinase activity / phosphofructokinase activity / ADP-specific glucose/glucosamine kinase / ADP-specific glucokinase activity / fructose metabolic process / glycolytic process / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ADP-specific phosphofructokinase, archaeal / Adenosine kinase, small domain - #20 / ADP-specific phosphofructokinase/glucokinase, archaeal / ADP-specific phosphofructokinase/glucokinase / ADP-specific Phosphofructokinase/Glucokinase conserved region / ADP-dependent kinase (ADPK) domain profile. / Adenosine kinase, small domain / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase ...ADP-specific phosphofructokinase, archaeal / Adenosine kinase, small domain - #20 / ADP-specific phosphofructokinase/glucokinase, archaeal / ADP-specific phosphofructokinase/glucokinase / ADP-specific Phosphofructokinase/Glucokinase conserved region / ADP-dependent kinase (ADPK) domain profile. / Adenosine kinase, small domain / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5ID / alpha-D-glucopyranose / PHOSPHATE ION / Bifunctional ADP-specific glucokinase/phosphofructokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Wisniewska, M. / Tokarz, P. / Grudnik, P.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
National Science CentreUMO-2015/19/D/NZ1/02009 ポーランド
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of ADP-dependent glucokinase from Methanocaldococcus jannaschii in complex with 5-iodotubercidin reveals phosphoryl transfer mechanism.
著者: Tokarz, P. / Wisniewska, M. / Kaminski, M.M. / Dubin, G. / Grudnik, P.
履歴
登録2017年7月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional ADP-specific glucokinase/phosphofructokinase
B: Bifunctional ADP-specific glucokinase/phosphofructokinase
C: Bifunctional ADP-specific glucokinase/phosphofructokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,09015
ポリマ－159,0153
非ポリマー2,07512
水12,412689
1
A: Bifunctional ADP-specific glucokinase/phosphofructokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6975
ポリマ－53,0051
非ポリマー6924
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Bifunctional ADP-specific glucokinase/phosphofructokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6975
ポリマ－53,0051
非ポリマー6924
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Bifunctional ADP-specific glucokinase/phosphofructokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6975
ポリマ－53,0051
非ポリマー6924
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.565, 154.565, 50.483
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGAA6 - 4603 - 457
21ARGARGBB6 - 4603 - 457
12METMETAA6 - 4613 - 458
22METMETCC6 - 4613 - 458
13ARGARGBB6 - 4603 - 457
23ARGARGCC6 - 4603 - 457

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 ABC

#1: タンパク質 Bifunctional ADP-specific glucokinase/phosphofructokinase / ADP-GK / ADP-GK/PFK / ADP-Pfk / ADP-dependent glucokinase / ADP-dependent phosphofructokinase


分子量: 53005.062 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌)
遺伝子: pfkC, glkA, MJ1604 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q58999, ADP-specific phosphofructokinase, ADP-specific glucose/glucosamine kinase
#2: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 698分子

#3: 化合物 ChemComp-5ID / (2R,3R,4S,5R)-2-(4-AMINO-5-IODO-7H-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-7-YL)-5-(HYDROXYMETHYL)TETRAHYDROFURAN-3,4-DIOL / 5-IODOTUBERCIDIN / 5-ヨ-ドツベルシジン


分子量: 392.150 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H13IN4O4
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 689 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium chloride 0.1 M BIS-TRIS, pH 5.5 25 % PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→47.24 Å / Num. obs: 93701 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.84 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 8.71
反射 シェル解像度: 1.98→2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.89 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DRW

3drw


解像度: 1.98→47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 4.949 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.165 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 4558 4.9 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.188 89122 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 25.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å20.08 Å20 Å2
2--0.16 Å20 Å2
3----0.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11079 0 114 689 11882
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.01911385
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.0211151
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7391.99115350
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.473325772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.12251367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.00425.17528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.063152191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7851551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1470.21743
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212506
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.022411
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A602800.08
12B602800.08
21A592520.1
22C592520.1
31B593340.1
32C593340.1
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2.03 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 294 -
Rwork0.274 6660 -
obs--99.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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