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- PDB-5ocq: Crystal structure of the complex of the kappa-carrageenase from P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ocq
タイトルCrystal structure of the complex of the kappa-carrageenase from Pseudoalteromonas carrageenovora with an oligotetrasaccharide of kappa-carrageenan
要素Kappa-carrageenase
キーワードHYDROLASE / Glycoside hydrolase / kappa-carrageenase / beta jellyroll / marine carbohydrase
機能・相同性
機能・相同性情報


kappa-carrageenase / kappa-carrageenase activity / carbohydrate metabolic process / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 16, active site / Glycosyl hydrolases family 16 active sites. / : / Glycosyl hydrolases family 16 / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / Bacterial Ig-like domain (group 2) / Bacterial Ig-like domain 2 / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Bacterial Ig-like domain, group 2 ...Glycoside hydrolase, family 16, active site / Glycosyl hydrolases family 16 active sites. / : / Glycosyl hydrolases family 16 / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / Bacterial Ig-like domain (group 2) / Bacterial Ig-like domain 2 / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Bacterial Ig-like domain, group 2 / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Kappa-carrageenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudoalteromonas carrageenovora (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Czjzek, M. / Leroux, C. / Bernard, T. / Matard-Mann, M. / Jeudy, A. / Michel, G.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural insights into marine carbohydrate degradation by family GH16 kappa-carrageenases.
著者: Matard-Mann, M. / Bernard, T. / Leroux, C. / Barbeyron, T. / Larocque, R. / Prechoux, A. / Jeudy, A. / Jam, M. / Nyvall Collen, P. / Michel, G. / Czjzek, M.
履歴
登録2017年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / diffrn_radiation_wavelength ...chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_chem_comp_identifier / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02024年11月6日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kappa-carrageenase
B: Kappa-carrageenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9036
ポリマ－65,9372
非ポリマー1,9664
水10,539585
1
A: Kappa-carrageenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9513
ポリマ－32,9691
非ポリマー9832
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Kappa-carrageenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9513
ポリマ－32,9691
非ポリマー9832
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.608, 67.364, 158.399
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Kappa-carrageenase


分子量: 32968.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudoalteromonas carrageenovora (バクテリア)
遺伝子: cgkA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P43478, kappa-carrageenase
#2: 多糖 3,6-anhydro-alpha-D-galactopyranose-(1-3)-4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose-(1-4)-3,6-anhydro-alpha- ...3,6-anhydro-alpha-D-galactopyranose-(1-3)-4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose-(1-4)-3,6-anhydro-alpha-D-galactopyranose-(1-3)-4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 790.674 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
[][<C12O12S1>]{[(1+1)][b-D-Galp4SO3]{[(3+1)]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 585 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.0 M sodium citrate, 100 mM cacodylate pH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→79 Å / Num. obs: 74710 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 10.966 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.182 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Num. unique obs: 25328 / Rsym value: 0.155 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DYP

1dyp


解像度: 1.7→34.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 1.424 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.079 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16575 3733 5 %RANDOM
Rwork0.13572 ---
obs0.13727 70361 99.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 13.086 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.7→34.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4493 0 128 585 5206
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0194842
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024352
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3781.9366585
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.537310058
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4165552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.64824.204245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.17815783
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0191525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2430.2694
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.025383
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021194
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4361.0482202
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4311.0472201
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1321.5642750
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.1351.5652751
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6031.3042640
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.5971.3022638
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.8211.8573830
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.7639.8145574
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.3249.1185310
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.211 293 -
Rwork0.148 5101 -
obs--99.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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