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- PDB-5occ: Crystal structure of CD32b (Fc Gamma Receptor IIb) in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5occ
タイトルCrystal structure of CD32b (Fc Gamma Receptor IIb) in complex with Human IgG1 Fab fragment (6G08)
要素
  • 6G08 Fab Light Chain
  • 6G08 Fab heavy chain
  • Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor II-b
キーワードIMMUNE SYSTEM / cd32b / Complex / Fab / mAb
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of type I hypersensitivity / negative regulation of antibody-dependent cellular cytotoxicity / immune effector process / follicular dendritic cell activation / immune complex clearance by monocytes and macrophages / regulation of B cell antigen processing and presentation / regulation of immune complex clearance by monocytes and macrophages / regulation of endoplasmic reticulum stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus ...negative regulation of type I hypersensitivity / negative regulation of antibody-dependent cellular cytotoxicity / immune effector process / follicular dendritic cell activation / immune complex clearance by monocytes and macrophages / regulation of B cell antigen processing and presentation / regulation of immune complex clearance by monocytes and macrophages / regulation of endoplasmic reticulum stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of humoral immune response / negative regulation of neutrophil activation / negative regulation of dendritic cell antigen processing and presentation / negative regulation of B cell receptor signaling pathway / negative regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / low-affinity IgG receptor activity / follicular B cell differentiation / negative regulation of cytotoxic T cell degranulation / negative regulation of immunoglobulin production / cellular response to molecule of bacterial origin / negative regulation of dendritic cell differentiation / regulation of dendritic spine maintenance / negative regulation of B cell activation / IgG receptor activity / regulation of adaptive immune response / mature B cell differentiation involved in immune response / negative regulation of macrophage activation / Fc-gamma receptor signaling pathway / negative regulation of immune response / regulation of signaling receptor activity / negative regulation of phagocytosis / antibody-dependent cellular cytotoxicity / IgG binding / negative regulation of cytokine production / phagocytosis, engulfment / negative regulation of interleukin-10 production / regulation of innate immune response / negative regulation of B cell proliferation / immunoglobulin mediated immune response / phagocytosis / positive regulation of phagocytosis / cerebellum development / receptor-mediated endocytosis / positive regulation of JNK cascade / response to bacterium / defense response / cellular response to amyloid-beta / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of tumor necrosis factor production / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / amyloid-beta binding / cell body / dendritic spine / cell surface receptor signaling pathway / inflammatory response / external side of plasma membrane / protein-containing complex binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold ...Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor II-b
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Tews, I. / Orr, C.
引用ジャーナル: Biophys. J. / 年: 2018
タイトル: Evaluating Anti-CD32b F(ab) Conformation Using Molecular Dynamics and Small-Angle X-Ray Scattering.
著者: Sutton, E.J. / Bradshaw, R.T. / Orr, C.M. / Frendeus, B. / Larsson, G. / Teige, I. / Cragg, M.S. / Tews, I. / Essex, J.W.
履歴
登録2017年6月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_PDB_caveat.text / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor II-b
H: 6G08 Fab heavy chain
L: 6G08 Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5518
ポリマ－65,6263
非ポリマー9255
水1,892105
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6630 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area27220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.230, 75.020, 134.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor II-b / IgG Fc receptor II-b / CDw32 / Fc-gamma RII-b / FcRII-b


分子量: 19713.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Crystal structure does not resolve residues 1-10, 32-36. Residue 44 modelled as ALA due to lack of density.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FCGR2B, CD32, FCG2, IGFR2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / Variant (発現宿主): EBNA / 参照: UniProt: P31994

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 6G08 Fab heavy chain


分子量: 23091.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / Variant (発現宿主): EBNA
#3: 抗体 6G08 Fab Light Chain


分子量: 22820.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Terminal serine is not resolved in resolved in electron density
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / Variant (発現宿主): EBNA

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糖 , 2種, 2分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 108分子

#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: PO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M MES, 0.01M Zinc Chloride, 20% PEG 6000, pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→134.95 Å / Num. obs: 23884 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 9.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.5→134.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 24.589 / SU ML: 0.248 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.466 / ESU R Free: 0.294 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26077 1281 5.1 %RANDOM
Rwork0.19229 ---
obs0.19585 23884 99.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.578 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.81 Å20 Å20 Å2
2--3.17 Å20 Å2
3---0.64 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→134.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4513 0 59 105 4677
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0194689
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024135
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1781.966396
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.15439686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3375596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.29324.804179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.70415713
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5581514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2725
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0215191
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02892
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3432.2372396
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3312.2352395
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2863.3482988
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2863.352989
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7772.3612293
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.7772.3612293
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.5553.473409
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.24726.0174911
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.24825.9694906
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 99 -
Rwork0.331 1707 -
obs--98.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3595-1.3693-0.42191.635-0.44392.6726-0.03340.1875-0.1403-0.29040.1653-0.54190.24840.5999-0.13180.33730.00520.14620.6079-0.14490.543914.542624.9952-55.46
20.69470.173-0.6391.095-1.44143.9315-0.08680.03910.073-0.1277-0.08890.09590.12390.07570.17570.03450.0382-0.02840.1401-0.00960.1260.351622.4698-17.9496
30.60310.2525-1.23010.4037-0.74784.8996-0.01320.10250.2062-0.05930.06850.1190.1401-0.437-0.05530.01450.0060.00220.20020.00410.1441-16.460928.3334-16.4602
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A52 - 303
2X-RAY DIFFRACTION2H1 - 222
3X-RAY DIFFRACTION3L1 - 216

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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