PDB-5oas: Crystal structure of malate synthase G from Pseudomonas aeruginos...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5oas

タイトル

Crystal structure of malate synthase G from Pseudomonas aeruginosa in apo form.

要素

Malate synthase G

キーワード

TRANSFERASE / GLYOXYLATE SHUNT

機能・相同性

機能・相同性情報

malate synthase / malate synthase activity / glyoxylate catabolic process / glyoxylate cycle / tricarboxylic acid cycle / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.62 Å

データ登録者

McVey, A.C. / Welch, M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Structural and Functional Characterization of Malate Synthase G from Opportunistic Pathogen Pseudomonas aeruginosa.
著者: McVey, A.C. / Medarametla, P. / Chee, X. / Bartlett, S. / Poso, A. / Spring, D.R. / Rahman, T. / Welch, M.

履歴

登録	2017年6月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2018年12月19日	Group: Advisory / Data collection / Derived calculations カテゴリ: pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.3	2019年10月16日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.4	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5oas.cif.gz	323.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5oas.ent.gz	260.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5oas.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/5oas ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/5oas	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1n8iS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6axe-1 3sad-d 1p7t-1 6axe-2 6axb-d 5vfb-1 3eu5-d 5h8p-d 5c9u-d 4gto-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Malate synthase G

ヘテロ分子

80.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.171, 81.197, 137.574
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Malate synthase G 分子量: 79128.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: glcB, PA0482 Variant: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I636, malate synthase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 691 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.03 % / 解説: Orthorhombic
結晶化	温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 4000 ammonium sulfate glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.62→69.962 Å / Num. obs: 95973 / % possible obs: 94.19 % / Observed criterion σ(F): 1.35 / 冗長度: 5.8 % / B_iso Wilson estimate: 19.6 Å² / Net I/σ(I): 11.75

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1N8I

1n8i

解像度: 1.62→69.926 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.01

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1934	4713	4.91 %
R_work	0.167	-	-
obs	0.1683	95973	94.19 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.62→69.926 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5555	0	86	691	6332

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5724
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.897	7719
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.49	3429
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	860
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1017

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6198-1.6382	0.3488	88	0.343	1954	X-RAY DIFFRACTION	61
1.6382-1.6575	0.3186	96	0.3326	2104	X-RAY DIFFRACTION	65
1.6575-1.6777	0.3041	111	0.3252	2267	X-RAY DIFFRACTION	72
1.6777-1.6989	0.3339	136	0.3162	2459	X-RAY DIFFRACTION	77
1.6989-1.7213	0.3239	142	0.3084	2585	X-RAY DIFFRACTION	81
1.7213-1.7449	0.2809	133	0.2956	2768	X-RAY DIFFRACTION	87
1.7449-1.7698	0.3089	136	0.2752	2925	X-RAY DIFFRACTION	91
1.7698-1.7962	0.3288	165	0.2579	3030	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7962-1.8243	0.3088	155	0.2399	3180	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8243-1.8542	0.2644	147	0.217	3169	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8542-1.8862	0.2255	147	0.2126	3227	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8862-1.9205	0.2484	192	0.1898	3170	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9205-1.9574	0.2145	151	0.1881	3186	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9574-1.9974	0.2166	207	0.1792	3174	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9974-2.0408	0.2211	169	0.1729	3223	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0408-2.0883	0.2011	179	0.1682	3156	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0883-2.1405	0.1949	166	0.1579	3214	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1405-2.1984	0.1856	191	0.1575	3189	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1984-2.2631	0.1795	170	0.1534	3207	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2631-2.3361	0.2114	158	0.1597	3231	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3361-2.4196	0.2051	154	0.1539	3228	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4196-2.5165	0.1848	180	0.155	3226	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5165-2.6311	0.1845	165	0.1525	3250	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6311-2.7698	0.1821	173	0.144	3233	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7698-2.9433	0.1673	160	0.1429	3238	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9433-3.1706	0.18	177	0.1397	3275	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1706-3.4896	0.1488	152	0.1443	3284	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4896-3.9946	0.1564	177	0.1362	3300	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9946-5.0325	0.1498	157	0.135	3329	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0325-69.9916	0.1849	179	0.1805	3479	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 38.9589 Å / Origin y: 74.9668 Å / Origin z: 49.8051 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1468 Å²	-0.0524 Å²	-0.0219 Å²	-	0.1325 Å²	0.0064 Å²	-	-	0.1098 Å²
L	0.5803 °²	-0.0723 °²	0.0124 °²	-	0.6762 °²	0.0359 °²	-	-	0.5211 °²
S	-0.024 Å °	0.0639 Å °	-0.0056 Å °	-0.0911 Å °	0.0228 Å °	-0.0441 Å °	-0.1369 Å °	0.0917 Å °	-0.0035 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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