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- PDB-5oap: Solution NMR structure of DREB2A(255-272) bound to RCD1-RST -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oap
タイトルSolution NMR structure of DREB2A(255-272) bound to RCD1-RST
要素DREB2A
キーワードTRANSCRIPTION / plant protein / transcription factor / folding upon binding / IDP
機能・相同性
機能・相同性情報


heat acclimation / response to water deprivation / response to UV-B / response to hydrogen peroxide / response to heat / cellular response to hypoxia / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
AP2/ERF domain superfamily / AP2/ERF domain profile. / DNA-binding domain in plant proteins such as APETALA2 and EREBPs / AP2 domain / AP2/ERF domain / DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DREB2A / Dehydration-responsive element-binding protein 2A
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Bugge, K. / Staby, L. / Skriver, K. / Kragelund, B.B.
資金援助 デンマーク, 2件
組織認可番号国
Danish Research Councils4181-00344 デンマーク
Novo Nordisk Foundation デンマーク
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Structure of Radical-Induced Cell Death1 Hub Domain Reveals a Common alpha alpha-Scaffold for Disorder in Transcriptional Networks.
著者: Bugge, K. / Staby, L. / Kemplen, K.R. / O'Shea, C. / Bendsen, S.K. / Jensen, M.K. / Olsen, J.G. / Skriver, K. / Kragelund, B.B.
履歴
登録2017年6月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年5月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年6月19日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DREB2A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,0571
ポリマ－2,0571
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, Kd=120 nM
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area1980 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド DREB2A


分子量: 2057.134 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Residues 255-272
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: AXX17_At5g04900 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A178UP08, UniProt: O82132*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic43D HNHA
121isotropic32D 1H-15N HSQC
1111isotropic33D HNCO
1121isotropic33D HN(CA)CO
131isotropic33D HN(CA)CB
151isotropic33D CBCA(CO)NH
191isotropic43D 1H-15N NOESY
181isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
171isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
161isotropic22D 1H-15N HSQC
1101isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1240 uM [U-13C; U-15N] DREB2A, 240 uM RCD1-RST, 0.2 mg/mL sodium azide, 0.7 mM DSS, 90% H2O/10% D2O13C15N_190% H2O/10% D2O
solution2200 uM [U-15N] DREB2A, 200 uM RCD1-RST, 0.2 mg/mL sodium azide, 0.7 mM DSS, 90% H2O/10% D2O15N_190% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
240 uMDREB2A[U-13C; U-15N]1
240 uMRCD1-RSTnatural abundance1
0.2 mg/mLsodium azidenatural abundance1
0.7 mMDSSnatural abundance1
200 uMDREB2A[U-15N]2
200 uMRCD1-RSTnatural abundance2
0.2 mg/mLsodium azidenatural abundance2
0.7 mMDSSnatural abundance2
試料状態詳細: 100 mM NaCl / イオン強度: 100 mM NaCl mM / Label: Conditions_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7502
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6003
Varian INOVAVarianINOVA7504

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解析

NMR software
名称開発者分類
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
VNMRVariancollection
TopSpinBruker Biospincollection
CcpNmr AnalysisCCPNデータ解析
PROCHECK / PROCHECK-NMRLaskowski and MacArthurgeometry optimization
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
Xplor-NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 7
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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