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- PDB-5o9b: Solution NMR structure of human GATA2 C-terminal zinc finger domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o9b
タイトルSolution NMR structure of human GATA2 C-terminal zinc finger domain
要素Endothelial transcription factor GATA-2
キーワードTRANSCRIPTION / GATA / Transcription factor / Haematopoeisis
機能・相同性
機能・相同性情報


semicircular canal development / regulation of forebrain neuron differentiation / commitment of neuronal cell to specific neuron type in forebrain / ventral spinal cord interneuron differentiation / cell differentiation in hindbrain / regulation of primitive erythrocyte differentiation / eosinophil fate commitment / GABAergic neuron differentiation / urogenital system development / negative regulation of macrophage differentiation ...semicircular canal development / regulation of forebrain neuron differentiation / commitment of neuronal cell to specific neuron type in forebrain / ventral spinal cord interneuron differentiation / cell differentiation in hindbrain / regulation of primitive erythrocyte differentiation / eosinophil fate commitment / GABAergic neuron differentiation / urogenital system development / negative regulation of macrophage differentiation / thyroid-stimulating hormone-secreting cell differentiation / glandular epithelial cell maturation / negative regulation of brown fat cell differentiation / negative regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / negative regulation of neural precursor cell proliferation / hematopoietic stem cell homeostasis / positive regulation of megakaryocyte differentiation / vascular wound healing / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of mast cell degranulation / positive regulation of phagocytosis, engulfment / cell fate determination / neuron maturation / definitive hemopoiesis / C2H2 zinc finger domain binding / inner ear morphogenesis / negative regulation of neuroblast proliferation / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / response to lipid / cochlea development / negative regulation of Notch signaling pathway / fat cell differentiation / central nervous system neuron development / somatic stem cell population maintenance / cell fate commitment / neuroblast proliferation / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / embryonic placenta development / hematopoietic progenitor cell differentiation / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / brown fat cell differentiation / phagocytosis / positive regulation of phagocytosis / homeostasis of number of cells within a tissue / positive regulation of neuron differentiation / positive regulation of erythrocyte differentiation / transcription coregulator binding / neuron migration / transcription coactivator binding / positive regulation of miRNA transcription / Transcriptional regulation of granulopoiesis / positive regulation of angiogenesis / sequence-specific double-stranded DNA binding / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / chromatin binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription factor, GATA-2/3 / Transcription factor GATA / GATA-type zinc finger domain. / GATA-type zinc finger domain profile. / zinc finger binding to DNA consensus sequence [AT]GATA[AG] / GATA zinc finger / Zinc finger, GATA-type / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Endothelial transcription factor GATA-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Nurmohamed, S.S. / Broadhurst, R.W. / May, G. / Enver, T.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Leuka 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Solution NMR structure of human GATA2 C-terminal zinc finger domain
著者: Nurmohamed, S.S. / Broadhurst, R.W. / May, G. / Enver, T.
履歴
登録2017年6月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endothelial transcription factor GATA-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7662
ポリマ－7,7011
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5140 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Endothelial transcription factor GATA-2 / GATA-binding protein 2


分子量: 7700.792 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GATA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23769
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic23D 1H-15N NOESY
121isotropic23D 1H-13C NOESY
131isotropic13D HNCA
141isotropic13D HN(CA)CB
151isotropic13D CBCA(CO)NH
181isotropic13D HNCO
171isotropic13D HBHA(CO)NH
161isotropic13D 1H-15N TOCSY
191isotropic22D 1H-15N HSQC
1101isotropic22D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 10 mg/L [U-99% 13C; U-99% 15N] GATA2 Zinc Finger 2, 90% H2O/10% D2O
Label: GATA2_CF / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 10 mg/L / 構成要素: GATA2 Zinc Finger 2 / Isotopic labeling: [U-99% 13C; U-99% 15N]
試料状態イオン強度: 150 mM / Label: 13C_15N / pH: 7 / 圧: 1 Pa / 温度: 273 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRX500BrukerDRX5005001
Bruker DRX800BrukerDRX8008002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
CcpNmr Analysis2.4.1CCPNchemical shift assignment
CcpNmr Analysis2.4.1CCPNpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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