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万見
- PDB-5o7j: Structural insights into the periplasmic sensor domain of the Gac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o7j
タイトルStructural insights into the periplasmic sensor domain of the GacS histidine kinase controlling biofilm formation in Pseudomonas aeruginosa
要素Histidine kinase
キーワードSIGNALING PROTEIN / Periplasmic detection domain / Histidine-Kinase / GacS / Biofilm
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of secondary metabolite biosynthetic process / positive regulation of cell motility / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Histidine kinase BarA, N-terminal / Single cache domain 4 / Histidine Phosphotransfer domain / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / HPT domain superfamily / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. ...Histidine kinase BarA, N-terminal / Single cache domain 4 / Histidine Phosphotransfer domain / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / HPT domain superfamily / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
histidine kinase / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Ali-Ahmad, A. / Bornet, O. / Fadel, F. / Bourne, Y. / Vincent, F. / Guerlesquin, F. / Sebban-Kreuzer, C.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research Agency フランス
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural and functional insights into the periplasmic detector domain of the GacS histidine kinase controlling biofilm formation in Pseudomonas aeruginosa.
著者: Ali-Ahmad, A. / Fadel, F. / Sebban-Kreuzer, C. / Ba, M. / Pelissier, G.D. / Bornet, O. / Guerlesquin, F. / Bourne, Y. / Bordi, C. / Vincent, F.
履歴
登録2017年6月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histidine kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3751
ポリマ－16,3751
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9710 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Histidine kinase


分子量: 16375.362 Da / 分子数: 1 / 断片: periplasmic detection domain, UNP residues 54-180 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: gacS, PAMH19_4268 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0A8RMX6, UniProt: G3XD98*PLUS, histidine kinase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H TOCSY
121isotropic12D 1H-1H NOESY
131isotropic12D 1H-15N HSQC
142isotropic13D 1H-15N NOESY
152isotropic23D HNHA
161isotropic12D 1H-15N HSQC
172isotropic12D 1H-13C HSQC
182isotropic23D HNCO
192isotropic23D HCACO
1102isotropic23D HNCA
1142isotropic23D HN(CO)CA
1132isotropic23D HN(CA)CB
1122isotropic23D CBCA(CO)NH
1112isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1162isotropic23D 1H-13C NOESY
1152isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
1172isotropic12D CBCACO

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.8 mM [U-99% 15N] GacS periplasmic detection domain, 150 mM sodium chloride, 50 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O15N_GacS90% H2O/10% D2O
solution20.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] GacS periplasmic detection domain, 50 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O13N-15N_GacS90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMGacS periplasmic detection domain[U-99% 15N]1
150 mMsodium chloridenatural abundance1
50 mMsodium phosphatenatural abundance1
0.8 mMGacS periplasmic detection domain[U-99% 13C; U-99% 15N]2
50 mMsodium phosphatenatural abundance2
150 mMsodium chloridenatural abundance2
試料状態イオン強度: 0.2 M / Label: 1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Varian Uniform NMR SystemVarianUniform NMR System8502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2Bruker Biospin解析
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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