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- PDB-5o6c: Crystal Structure of a threonine-selective RCR E3 ligase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o6c
タイトルCrystal Structure of a threonine-selective RCR E3 ligase
要素E3 ubiquitin-protein ligase MYCBP2
キーワードLIGASE / RING Zinc binding threonine E3 ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


RCR-type E3 ubiquitin transferase / regulation of axon guidance / regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / branchiomotor neuron axon guidance / central nervous system projection neuron axonogenesis / neuromuscular process / regulation of cytoskeleton organization / protein K48-linked ubiquitination / axon guidance / guanyl-nucleotide exchange factor activity ...RCR-type E3 ubiquitin transferase / regulation of axon guidance / regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / branchiomotor neuron axon guidance / central nervous system projection neuron axonogenesis / neuromuscular process / regulation of cytoskeleton organization / protein K48-linked ubiquitination / axon guidance / guanyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of protein ubiquitination / circadian regulation of gene expression / negative regulation of protein catabolic process / small GTPase binding / ubiquitin protein ligase activity / regulation of protein localization / microtubule cytoskeleton / protein ubiquitination / axon / intracellular membrane-bounded organelle / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PHR / PHR domain superfamily / PHR domain / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 2. / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation, RCC1 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile. / APC10/DOC domain / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) ...PHR / PHR domain superfamily / PHR domain / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 2. / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation, RCC1 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile. / APC10/DOC domain / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / DOC domain profile. / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / Filamin/ABP280 repeat profile. / Filamin/ABP280 repeat-like / Ring finger domain / Ring finger / Galactose-binding-like domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Immunoglobulin E-set / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase MYCBP2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Pao, K.-C. / Rafie, K.Z. / van Aalten, D. / Virdee, S.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_UU_12016/8 英国
Wellcome Trust110061 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Activity-based E3 ligase profiling uncovers an E3 ligase with esterification activity.
著者: Pao, K.C. / Wood, N.T. / Knebel, A. / Rafie, K. / Stanley, M. / Mabbitt, P.D. / Sundaramoorthy, R. / Hofmann, K. / van Aalten, D.M.F. / Virdee, S.
履歴
登録2017年6月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年5月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase MYCBP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1097
ポリマ－29,7161
非ポリマー3926
水4,630257
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area14540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.578, 82.578, 103.303
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase MYCBP2 / Myc-binding protein 2 / Pam/highwire/rpm-1 protein / Protein associated with Myc / RING-type E3 ...Myc-binding protein 2 / Pam/highwire/rpm-1 protein / Protein associated with Myc / RING-type E3 ubiquitin transferase MYCBP2


分子量: 29716.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYCBP2, KIAA0916, PAM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75592, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.63 % / 解説: Bipyramidal
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 23.3 mM Na2HPO4 23.3 mM (NH4)2SO4 23.3 mM NaNO3 18 % PEG500 MME 9 % PEG20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.2823 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2823 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→40 Å / Num. obs: 40007 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 18.3 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.404 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 93.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.75→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 1.927 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.083 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1957 823 2.1 %RANDOM
Rwork0.17192 ---
obs0.17245 39140 99.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 28.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å2-0.09 Å20 Å2
2---0.18 Å20 Å2
3---0.59 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.75→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1980 0 6 257 2243
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0192063
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021905
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9621.9662775
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9793.0094376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4475252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.62522.91796
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.66615339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8891516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2289
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212311
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02485
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5172.571008
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5062.5661007
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3053.841257
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3123.8441258
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8622.9361055
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.8622.9391056
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.8984.2491518
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.35521.6672526
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.3221.1852417
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 49 -
Rwork0.263 2726 -
obs--94.16 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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