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万見
- PDB-5o4u: The flagellin of Pyrococcus furiosus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o4u
タイトルThe flagellin of Pyrococcus furiosus
要素Flagellin
キーワードCELL ADHESION / archaellar flagellum glycoprotein helical filament
機能・相同性archaeal-type flagellum / Flagellin, archaea / Archaebacterial flagellin / Flagellin/pilin, N-terminal / archaeal or bacterial-type flagellum-dependent cell motility / structural molecule activity / membrane / Flagellin
機能・相同性情報
生物種Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Daum, B. / Vonck, J.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Structure and organisation of the archaellum machinery.
著者: Bertram Daum / Janet Vonck / Annett Bellack / Paushali Chaudhury / Robert Reichelt / Sonja-Verena Albers / Reinhard Rachel / Werner Kühlbrandt /
要旨: The archaellum is the macromolecular machinery that Archaea use for propulsion or surface adhesion, enabling them to proliferate and invade new territories. The molecular composition of the ...The archaellum is the macromolecular machinery that Archaea use for propulsion or surface adhesion, enabling them to proliferate and invade new territories. The molecular composition of the archaellum and of the motor that drives it appears to be entirely distinct from that of the functionally equivalent bacterial flagellum and flagellar motor. Yet, the structure of the archaellum machinery is scarcely known. Using combined modes of electron cryo-microscopy (cryoEM), we have solved the structure of the archaellum filament at 4.2 Å resolution and visualise the architecture and organisation of its motor complex . This allows us to build a structural model combining the archaellum and its motor complex, paving the way to a molecular understanding of archaeal swimming motion.
履歴
登録2017年5月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_software
Item: _em_software.fitting_id / _em_software.name / _em_software.version
改定 1.22017年8月30日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.details / _em_software.name
改定 1.32018年3月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.42019年2月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: em_admin / pdbx_data_processing_status ...em_admin / pdbx_data_processing_status / pdbx_database_proc / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _em_admin.last_update
改定 1.52019年10月23日Group: Data collection / Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB
改定 1.62019年12月4日Group: Data collection / カテゴリ: em_imaging_optics
Item: _em_imaging_optics.energyfilter_name / _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width
改定 1.72024年5月15日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-3746
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3746
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flagellin
B: Flagellin
C: Flagellin
D: Flagellin
E: Flagellin
F: Flagellin
G: Flagellin
H: Flagellin
I: Flagellin
J: Flagellin
K: Flagellin
L: Flagellin
M: Flagellin
N: Flagellin
O: Flagellin
P: Flagellin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)356,53416
ポリマ－356,53416
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area79060 Å2
ΔGint-619 kcal/mol
Surface area110060 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
Flagellin


分子量: 22283.350 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌) / 参照: UniProt: A0A0B4ZYM1

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: archaellum / タイプ: COMPLEX / 詳細: helical fragment of the archaellum / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 0.0217 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 詳細: blotting for 7-10 seconds

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL 3200FSC
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 30000 X / 倍率（補正後）: 44642 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3000 nm / Cs: 4.2 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER
撮影平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 297
電子光学装置エネルギーフィルター名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_2356: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1EMAN粒子像選択Helixboxer, 4712 helices selected
2RELION2粒子像選択74823 overlapping segments
5CTFFIND4CTF補正
8Coot0.8.6モデルフィッティング
12RELION2分類
13RELION2３次元再構成
20PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
らせん対称回転角度/サブユニット: 108 ° / 軸方向距離/サブユニット: 5.5 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 74823
3次元再構成解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 13965 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築PDB-ID: 5TFY

5tfy


PDB chain-ID: A / Accession code: 5TFY / 詳細: Some built de novo, some based on 5TFY / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00724896
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.16833904
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.1720192
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0784192
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0074320

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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