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万見
- PDB-5o2m: p130Cas SH3 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o2m
タイトルp130Cas SH3 domain
要素Breast cancer anti-estrogen resistance 1
キーワードSTRUCTURE FROM CYANA 3.97 (構造) / SH3 domain (SH3ドメイン) / p130Cas
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen receptor-mediated signaling pathway / endothelin receptor signaling pathway / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / ruffle ...antigen receptor-mediated signaling pathway / endothelin receptor signaling pathway / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / ruffle / positive regulation of endothelial cell migration / cell chemotaxis / Downstream signal transduction / integrin-mediated signaling pathway / actin filament organization / regulation of cell growth / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / B cell receptor signaling pathway / epidermal growth factor receptor signaling pathway / VEGFA-VEGFR2 Pathway / SH3 domain binding / 遊走 / マイクロフィラメント / insulin receptor signaling pathway / lamellipodium / T cell receptor signaling pathway / regulation of apoptotic process / 細胞接着 / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / 神経繊維 / 細胞分裂 / focal adhesion / protein kinase binding / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / BCAR1, SH3 domain / Serine rich protein interaction domain / CAS family, C-terminal / CAS family / CAS, serine rich four helix bundle domain superfamily / Serine rich protein interaction domain / Crk-Associated Substrate C-terminal domain / SH3ドメイン / Src homology 3 domains ...: / BCAR1, SH3 domain / Serine rich protein interaction domain / CAS family, C-terminal / CAS family / CAS, serine rich four helix bundle domain superfamily / Serine rich protein interaction domain / Crk-Associated Substrate C-terminal domain / SH3ドメイン / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン
類似検索 - ドメイン・相同性
Breast cancer anti-estrogen resistance protein 1 / Breast cancer anti-estrogen resistance 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Hexnerova, R. / Veverka, V.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural characterization of CAS SH3 domain selectivity and regulation reveals new CAS interaction partners.
著者: Gemperle, J. / Hexnerova, R. / Lepsik, M. / Tesina, P. / Dibus, M. / Novotny, M. / Brabek, J. / Veverka, V. / Rosel, D.
履歴
登録2017年5月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22019年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_nmr_spectrometer / Item: _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Breast cancer anti-estrogen resistance 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0531
ポリマ－9,0531
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6320 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)40 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Breast cancer anti-estrogen resistance 1 / CAS SH3 domain


分子量: 9053.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCAR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6P5Z4, UniProt: P56945*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D HN(CA)CB
131isotropic13D CBCA(CO)NH
141isotropic23D 1H-15N NOESY
151isotropic23D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 25 mM sodium phosphate, 1 M TCEP, 90% H2O/10% D2O / Label: 1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
25 mMsodium phosphatenatural abundance1
1 MTCEPnatural abundance1
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: 1 / pH: 7.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8502

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
YASARAKrieger精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 40

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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