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- PDB-5o0z: Structure of laspartomycin C in complex with geranyl-phosphate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o0z
タイトルStructure of laspartomycin C in complex with geranyl-phosphate
要素Laspartomycin C
キーワードANTIBIOTIC (抗生物質) / antibiotic complex (抗生物質)
機能・相同性[(~{E})-3-methylhex-2-enyl] dihydrogen phosphate / 酢酸
機能・相同性情報
生物種Streptomyces viridochromogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.28 Å
データ登録者Vlieg, H.C. / Kleijn, L.H.J. / Martin, N.I. / Janssen, B.J.C.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
オランダ
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2017
タイトル: A High-Resolution Crystal Structure that Reveals Molecular Details of Target Recognition by the Calcium-Dependent Lipopeptide Antibiotic Laspartomycin C.
著者: Kleijn, L.H.J. / Vlieg, H.C. / Wood, T.M. / Sastre Torano, J. / Janssen, B.J.C. / Martin, N.I.
履歴
登録2017年5月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22018年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Laspartomycin C
B: Laspartomycin C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,29712
ポリマ－2,5332
非ポリマー76410
水30617
1
A: Laspartomycin C
B: Laspartomycin C
ヘテロ分子

A: Laspartomycin C
B: Laspartomycin C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,59424
ポリマ－5,0664
非ポリマー1,52920
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation19_666-x+5/4,-z+5/4,-y+5/41
Buried area2920 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area3910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.933, 56.933, 56.933
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number212
Space group name H-MP4332

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要素

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タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質・ペプチド Laspartomycin C


分子量: 1266.420 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Streptomyces viridochromogenes (バクテリア)

-
非ポリマー , 5種, 27分子

#2: 化合物 ChemComp-9GB / [(~{E})-3-methylhex-2-enyl] dihydrogen phosphate


分子量: 194.165 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H15O4P
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸 / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.62 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20 mM CaCl2 and 37.5% v/v MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.28→28.47 Å / Num. obs: 8650 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.4 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 15

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.28→40.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.98 / SU B: 1.383 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.035 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16506 435 5.1 %RANDOM
Rwork0.14503 ---
obs0.14605 8170 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.443 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.28→40.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数156 0 40 17 213
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.02188
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.02161
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8622.258246
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.852.982373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.499522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.217306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.1781512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr2.0780.220
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021202
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.0222
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.191.81895
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7681.68691
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3122.555112
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.3032.554113
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6262.31693
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.6022.3494
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.1553.329135
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.44225.513241
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.425.543241
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.7883341
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free33.60158
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded13.5995360
LS精密化 シェル解像度: 1.28→1.314 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 33 -
Rwork0.331 580 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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