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- PDB-5o0t: CRYSTAL STRUCTURE OF TRANS-MEMBRANE DOMAIN OF Cylindrospermum sta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o0t
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF TRANS-MEMBRANE DOMAIN OF Cylindrospermum stagnale NADPH-OXIDASE 5 (NOX5)
要素Putative ferric reductase
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Reactive Oxygen Species / Oxidative Stress / Redox Biology
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide-generating NAD(P)H oxidase activity / NADPH oxidase complex / superoxide anion generation / defense response / nucleotide binding / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ferric reductase, NAD binding domain / : / Ferric reductase NAD binding domain / FAD-binding 8 / FAD-binding domain / Ferric reductase transmembrane component-like domain / Ferric reductase like transmembrane component / EF-hand domain pair / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain ...Ferric reductase, NAD binding domain / : / Ferric reductase NAD binding domain / FAD-binding 8 / FAD-binding domain / Ferric reductase transmembrane component-like domain / Ferric reductase like transmembrane component / EF-hand domain pair / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
DECANE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / EICOSANE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Putative ferric reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Cylindrospermum stagnale PCC 7417 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Magnani, F. / Nenci, S. / Mattevi, A.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Italian Ministry for Science and EducationPRIN2015-20152TE5PK_004 イタリア
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Crystal structures and atomic model of NADPH oxidase.
著者: Magnani, F. / Nenci, S. / Millana Fananas, E. / Ceccon, M. / Romero, E. / Fraaije, M.W. / Mattevi, A.
履歴
登録2017年5月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative ferric reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,59017
ポリマ－23,4681
非ポリマー3,12216
水1,13563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6790 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area12100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.371, 74.570, 85.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Putative ferric reductase


分子量: 23467.914 Da / 分子数: 1 / 変異: Q207G, K208S, T410A, K411A, E412E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cylindrospermum stagnale PCC 7417 (バクテリア)
遺伝子: Cylst_1289 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RP+ / 参照: UniProt: K9WT99

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非ポリマー , 7種, 79分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-LFA / EICOSANE / LIPID FRAGMENT / イコサン


分子量: 282.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H42
#5: 化合物 ChemComp-D10 / DECANE / デカン


分子量: 142.282 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.5
詳細: csTM was concentrated to 25 mg-ml and mixed with monoolein (1-oleoyl-rac-glycerol) in a 2:3 protein to lipid ratio using two coupled syringes (Hamilton) at 20 C. The in meso mix was dispensed ...詳細: csTM was concentrated to 25 mg-ml and mixed with monoolein (1-oleoyl-rac-glycerol) in a 2:3 protein to lipid ratio using two coupled syringes (Hamilton) at 20 C. The in meso mix was dispensed manually using a Hamilton syringe coupled to a repetitive dispenser onto a sandwich plate in 120 nl bolus overlaid by 1 microl of precipitant solution. Crystals grew 30% PEG300, 100 mM Li2SO4, 100 mM MES-KOH pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99997 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99997 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→44.6 Å / Num. obs: 20900 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.981 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.05→2.11 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.597 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 1634 / CC1/2: 0.429 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→44.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 6.986 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.144 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22094 971 4.7 %RANDOM
Rwork0.18529 ---
obs0.18696 19905 96.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 38.363 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.68 Å20 Å20 Å2
2--1.29 Å2-0 Å2
3----1.96 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.05→44.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1650 0 205 63 1918
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0191912
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021920
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.662.0412586
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98634376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.845205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.70722.42466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.0215268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.297155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2271
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022012
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02477
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4162.475823
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4152.481824
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1373.7011027
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.1383.7031028
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3493.2221089
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3493.2221089
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.6824.5711560
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.37730.3922257
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.37630.4252258
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 74 -
Rwork0.241 1461 -
obs--97.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.25980.0819-0.22113.0219-4.80597.67570.02570.0446-0.06990.010.14630.1227-0.023-0.2478-0.1720.0871-0.041-0.01510.06330.03260.0832-6.022-13.7712.123
21.9199-0.5559-1.50950.87370.82973.374-0.0080.1644-0.1369-0.05810.01760.0789-0.0278-0.0703-0.00950.0070.0067-0.00230.1138-0.02210.0756-0.961-3.36-8.929
36.14761.1136-0.95236.0031-2.03294.85290.0269-0.2081-0.13570.2107-0.01410.13270.04150.0839-0.01280.05670.00860.06920.0980.00720.0959-13.6452.60117.394
41.9082-0.1754-1.73090.90560.01793.34140.02370.0234-0.0812-0.00910.0195-0.0614-0.01130.2541-0.04320.00260.0080.00930.1194-0.01010.07387.3181.085-4.577
50.75920.00920.17960.3001-0.31535.0375-0.04970.02970.12350.01830.0176-0.0766-0.2910.25820.03210.0679-0.031-0.02860.04210.01710.06167.31711.1522.329
62.8289-2.9026-3.67343.85324.32796.61920.07420.1598-0.1108-0.0484-0.10.1295-0.2408-0.02140.02580.06570.05440.02420.13440.0380.1051-14.14411.6684.266

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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