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- PDB-5nvi: Crystal structure of murine neuroglobin under 50 bar argon pressure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nvi
タイトルCrystal structure of murine neuroglobin under 50 bar argon pressure
要素Neuroglobin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / globin / oxygen transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


Intracellular oxygen transport / GDP-dissociation inhibitor activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / oxygen transport / oxygen carrier activity / oxygen binding / cellular response to hydrogen peroxide / neuron projection development / cellular response to hypoxia ...Intracellular oxygen transport / GDP-dissociation inhibitor activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / oxygen transport / oxygen carrier activity / oxygen binding / cellular response to hydrogen peroxide / neuron projection development / cellular response to hypoxia / perikaryon / response to hypoxia / mitochondrial matrix / heme binding / negative regulation of apoptotic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ARGON / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Neuroglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Colloc'h, N. / Prange, T.
引用ジャーナル: Biophys. J. / 年: 2017
タイトル: Mapping Hydrophobic Tunnels and Cavities in Neuroglobin with Noble Gas under Pressure.
著者: Colloc'h, N. / Carpentier, P. / Montemiglio, L.C. / Vallone, B. / Prange, T.
履歴
登録2017年5月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.32018年2月21日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / struct / Item: _audit_author.name / _struct.title
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuroglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3874
ポリマ－16,6351
非ポリマー7523
水2,108117
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1510 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area8110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.198, 89.198, 115.348
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-411-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Neuroglobin


分子量: 16634.871 Da / 分子数: 1 / 変異: C55S C120S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ngb / プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ER97
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-AR / ARGON / アルゴン


分子量: 39.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ar
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M MES, 10 % dioxane

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月23日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→64.184 Å / Num. obs: 22951 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 18.9 Å2 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.093 / Rsym value: 0.084 / Net I/av σ(I): 2.4 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
1.6-1.695.40.4431.60.190.4860.44399.5
1.69-1.795.40.2992.20.130.3290.29999.5
1.79-1.915.40.1923.20.0840.2120.19299.4
1.91-2.075.50.1333.90.060.1480.13399.1
2.07-2.265.50.14.50.0440.110.198.1
2.26-2.535.50.09140.040.1010.09197.4
2.53-2.925.50.0974.30.0440.1080.09796.7
2.92-3.585.30.0754.50.0350.0840.07595.3
3.58-5.065.50.06550.030.0720.06592.5
5.06-22.1055.60.0694.50.0330.0780.06987.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ収集
SCALA3.3.22データスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MOSFLMデータ削減
REFMAC5.8.0135位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Q1F

1q1f


解像度: 1.6→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 1.612 / SU ML: 0.058 / SU R Cruickshank DPI: 0.0912 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.094
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2299 1048 4.6 %RANDOM
Rwork0.1931 ---
obs0.1947 21899 97.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 87.42 Å2 / Biso mean: 29.194 Å2 / Biso min: 11.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å20.08 Å20 Å2
2--0.16 Å20 Å2
3----0.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1172 0 49 117 1338
Biso mean--20.66 45.55 -
残基数----148
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0191281
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021202
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5952.0231747
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.86232761
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8885147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.51821.57957
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.91915216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4941515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2185
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211420
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02317
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 85 -
Rwork0.218 1628 -
all-1713 -
obs--99.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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