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- PDB-5nux: Thermus scotoductus SA-01 Ene-reductase double mutant TsER_C25D_I67T -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nux
タイトルThermus scotoductus SA-01 Ene-reductase double mutant TsER_C25D_I67T
要素Chromate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Ene-reductase Old yellow enzyme C25D_I67T
機能・相同性
機能・相同性情報


NADPH dehydrogenase activity / FMN binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
NADPH dehydrogenase YqjM-like / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Chromate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus scotoductus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Opperman, D.J. / Hoebenreich, S. / Nett, N.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
State of HesseLOEWE research cluster SynChemBio ドイツ
引用ジャーナル: Mol Catal / 年: 2021
タイトル: A robust and stereocomplementary panel of ene-reductase variants for gram-scale asymmetric hydrogenation
著者: Nett, N. / Duewel, S. / Schmermund, L. / Benary, G.E. / Ranaghan, K. / Mulholland, A. / Opperman, D.J. / Hoebenreich, S.
履歴
登録2017年5月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromate reductase
B: Chromate reductase
C: Chromate reductase
D: Chromate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,9288
ポリマ－152,1034
非ポリマー1,8254
水5,621312
1
A: Chromate reductase
ヘテロ分子

A: Chromate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,9644
ポリマ－76,0522
非ポリマー9132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area4220 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area24900 Å2
手法PISA
2
B: Chromate reductase
ヘテロ分子

B: Chromate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,9644
ポリマ－76,0522
非ポリマー9132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area4250 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area24610 Å2
手法PISA
3
D: Chromate reductase
ヘテロ分子

C: Chromate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,9644
ポリマ－76,0522
非ポリマー9132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
手法PISA
4
C: Chromate reductase
ヘテロ分子

D: Chromate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,9644
ポリマ－76,0522
非ポリマー9132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area4270 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area24740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.680, 101.200, 104.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.240, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121

-
要素

#1: タンパク質
Chromate reductase


分子量: 38025.766 Da / 分子数: 4 / 変異: C25D I67T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus scotoductus (バクテリア)
遺伝子: chrR / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: B0JDW3
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.67 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 15% v/v 2-propanol, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 10% w/v Polyethylene glycol 10,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→101.2 Å / Num. obs: 83126 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.113 / Rsym value: 0.093 / Net I/av σ(I): 5.9 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
2.3-2.4230.7360.80.5080.8980.73699.7
2.42-2.5730.4611.30.3170.5610.46199.7
2.57-2.753.10.2892.20.1940.3490.28999.9
2.75-2.9730.1873.50.130.2280.18799.8
2.97-3.253.10.1165.70.0780.140.11699.9
3.25-3.643.20.0748.90.0490.0890.07499.9
3.64-4.23.10.05411.70.0370.0660.05499.9
4.2-5.143.10.05211.70.0350.0630.05299.9
5.14-7.2730.06890.0460.0830.06899.9
7.27-90.16430.04111.10.0290.0510.04199.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.61 Å90.16 Å
Translation6.61 Å90.16 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HF3

3hf3


解像度: 2.3→101.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 6.945 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.196
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2229 4084 4.9 %RANDOM
Rwork0.1819 ---
obs0.1839 79009 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 126.4 Å2 / Biso mean: 47.544 Å2 / Biso min: 18.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å20 Å2-0.11 Å2
2---0.19 Å20 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→101.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10700 0 124 312 11136
Biso mean--32.22 40.84 -
残基数----1392
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01911147
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0210870
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5582.00415196
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.974324919
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.27551400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.23121.787470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.014151757
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.50415129
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.21666
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02112562
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022539
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 275 -
Rwork0.295 5822 -
all-6097 -
obs--99.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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