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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5nuc | ||||||
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タイトル | STAPHYLOCOCCAL NUCLEASE, 1-N-PENTANE THIOL DISULFIDE TO V23C VARIANT | ||||||
![]() | STAPHYLOCOCCAL NUCLEASE | ||||||
![]() | NUCLEASE / UNNATURAL AMINO ACID / HYDROLASE / ENDONUCLEASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() endonuclease activity, active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and producing 3'-phosphomonoesters / micrococcal nuclease / nucleic acid binding / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wynn, R. / Harkins, P.C. / Richards, F.M. / Fox, R.O. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Mobile unnatural amino acid side chains in the core of staphylococcal nuclease. 著者: Wynn, R. / Harkins, P.C. / Richards, F.M. / Fox, R.O. #1: ![]() タイトル: Interactions in Nonnative and Truncated Forms of Staphylococcal Nuclease as Indicated by Mutational Free Energy Changes 著者: Wynn, R. / Anderson, C.L. / Richards, F.M. / Fox, R.O. #2: ![]() タイトル: Unnatural Amino Acid Packing Mutants of Escherichia Coli Thioredoxin Produced by Combined Mutagenesis/Chemical Modification Techniques 著者: Wynn, R. / Richards, F.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 45.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 34.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16949.541 Da / 分子数: 1 / 変異: V23C, 1-N-PENTANE THIOL DISULFIDE / 由来タイプ: 組換発現 詳細: VARIANT FORMED BY CHEMICAL MODIFICATION OF SOLE CYSTEINE RESIDUE 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 化合物 | ChemComp-THP / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.68 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 8.15 詳細: 10 MM POTASSIUM PHOSPHATE, PH 8.15 PROTEIN CONCENTRATION = 2 MGS/ML MPD =21% T=4 DEGREES C, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法詳細: Loll, P.J., (1989) Proteins Struct. Funct. Genet., 5, 183. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 278.15 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年1月1日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→6 Å / Num. obs: 6914 / % possible obs: 87.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.06 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.19 Å / % possible all: 85.6 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.06 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 85.6 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1SNC 解像度: 2.1→6 Å / σ(F): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→6 Å
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Xplor file |
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