PDB-5nrz: Cys-Gly dipeptidase GliJ in complex with Mn2+

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nrz

タイトル

Cys-Gly dipeptidase GliJ in complex with Mn2+

要素

Dipeptidase gliJ

キーワード

HYDROLASE / carboxypeptidase / dipeptidase / gliotoxin biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

gliotoxin biosynthetic process / membrane dipeptidase / symbiont-mediated suppression of host immune response / mycotoxin biosynthetic process / dipeptidase activity / metallodipeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus fumigatus Af293 (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Groll, M. / Huber, E.M.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Gliotoxin Biosynthesis: Structure, Mechanism, and Metal Promiscuity of Carboxypeptidase GliJ.
著者: Marion, A. / Groll, M. / Scharf, D.H. / Scherlach, K. / Glaser, M. / Sievers, H. / Schuster, M. / Hertweck, C. / Brakhage, A.A. / Antes, I. / Huber, E.M.

履歴

登録	2017年4月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nrz.cif.gz	177.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nrz.ent.gz	139.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5nrz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/5nrz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/5nrz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5lwzC 5lx0SC 5lx1C 5lx4C 5lx7C 5nrtC 5nruC 5nrxC 5nryC 5ns1C 5ns2C 5ns5C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ns5-1 5nrt-1 5lwz-1 5ns2-1 5lx1-1 5nry-1 2vav-1 5eff-d 2vat-1 4wvb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Dipeptidase gliJ

ヘテロ分子

45.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dipeptidase gliJ

ヘテロ分子

A: Dipeptidase gliJ

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
90.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.270, 98.270, 106.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Dipeptidase gliJ / Gliotoxin biosynthesis protein J 分子量: 45008.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus Af293 (カビ) / 遺伝子: gliJ, AFUA_6G09650 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4WMJ8, membrane dipeptidase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 5% isopropanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.89031 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.89031 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→45 Å / Num. obs: 71550 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 13.9
反射シェル	解像度: 2.05→2.15 Å / R_merge(I) obs: 0.485 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5LX0

5lx0

解像度: 2.05→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 7.31 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.262 / ESU R Free: 0.123 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19205	1868	5 %	RANDOM
R_work	0.16226	-	-	-
obs	0.16373	35491	99.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.14 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.9 Å²	0.45 Å²	0 Å²
2-	-	0.9 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.05→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3007	0	11	301	3319

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	3074
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2870
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.072	1.954	4157
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.896	3	6622
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.509	5	382
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.534	23.161	155
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.527	15	536
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.222	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	464
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3449
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	640
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.153	4.107	1525
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.945	4.107	1524
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.369	6.153	1905
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.459	6.155	1906
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.141	4.481	1549
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.141	4.481	1549
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.31	6.584	2252
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.399	49.387	3423
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.024	48.571	3346
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.476	3	5942
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	24.242	5	183
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	5.879	5	6011

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.102 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.26	132	-
R_work	0.242	2517	-
obs	-	-	99.03 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -14.2271 Å / Origin y: 67.9959 Å / Origin z: 16.6766 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0132 Å²	-0.0075 Å²	0.0022 Å²	-	0.0218 Å²	0.0032 Å²	-	-	0.002 Å²
L	0.008 °²	-0.0271 °²	0.0071 °²	-	0.1397 °²	-0.0152 °²	-	-	0.0396 °²
S	-0.0052 Å °	0.0021 Å °	-0.0023 Å °	0.0036 Å °	0.0096 Å °	0.0081 Å °	0.0101 Å °	-0.0092 Å °	-0.0044 Å °

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)