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- PDB-5nqv: Structure of the Arabidopsis Thaliana TOPLESS N-terminal domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nqv
タイトルStructure of the Arabidopsis Thaliana TOPLESS N-terminal domain
要素
  • EAR motif of IAA27
  • Protein TOPLESS
キーワードTRANSCRIPTION / TOPLESS / Transcription Factor / Plant / Auxin
機能・相同性
機能・相同性情報


primary shoot apical meristem specification / xylem and phloem pattern formation / jasmonic acid mediated signaling pathway / response to auxin / auxin-activated signaling pathway / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity ...primary shoot apical meristem specification / xylem and phloem pattern formation / jasmonic acid mediated signaling pathway / response to auxin / auxin-activated signaling pathway / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
AUX/IAA protein / Topless family / AUX/IAA domain / AUX/IAA family / C-terminal to LisH motif. / CTLH, C-terminal LisH motif / C-terminal to LisH (CTLH) motif profile. / Lissencephaly type-1-like homology motif / PB1 domain profile. / PB1 domain ...AUX/IAA protein / Topless family / AUX/IAA domain / AUX/IAA family / C-terminal to LisH motif. / CTLH, C-terminal LisH motif / C-terminal to LisH (CTLH) motif profile. / Lissencephaly type-1-like homology motif / PB1 domain profile. / PB1 domain / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
L(+)-TARTARIC ACID / Protein TOPLESS / Auxin-responsive protein IAA27
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Nanao, M.H. / Arevalillo, M.R. / Vinos-Poyo, T. / Parcy, F. / Dumas, R.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structure of the Arabidopsis TOPLESS corepressor provides insight into the evolution of transcriptional repression.
著者: Martin-Arevalillo, R. / Nanao, M.H. / Larrieu, A. / Vinos-Poyo, T. / Mast, D. / Galvan-Ampudia, C. / Brunoud, G. / Vernoux, T. / Dumas, R. / Parcy, F.
履歴
登録2017年4月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein TOPLESS
B: Protein TOPLESS
C: Protein TOPLESS
D: Protein TOPLESS
E: EAR motif of IAA27
F: EAR motif of IAA27
G: EAR motif of IAA27
H: EAR motif of IAA27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,01318
ポリマ－105,8618
非ポリマー1,15310
水9,548530
1
A: Protein TOPLESS
C: Protein TOPLESS
E: EAR motif of IAA27
G: EAR motif of IAA27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,65710
ポリマ－52,9304
非ポリマー7276
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6520 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area20420 Å2
手法PISA
2
B: Protein TOPLESS
D: Protein TOPLESS
F: EAR motif of IAA27
H: EAR motif of IAA27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3578
ポリマ－52,9304
非ポリマー4264
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5720 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area20070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.100, 94.100, 298.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質
Protein TOPLESS / WUS-interacting protein 1


分子量: 25292.816 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: TPL, WSIP1, At1g15750, F7H2.9 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta De3 / 参照: UniProt: Q94AI7
#2: タンパク質・ペプチド
EAR motif of IAA27


分子量: 1172.310 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: Q9ZSY8*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 530 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Di-Ammonium tartrate 1.08 M pH 7 and 2% benzamidine-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→100 Å / Num. all: 96754 / Num. obs: 709778 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 7.33 % / Biso Wilson estimate: 39.07 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 13.12
反射 シェル解像度: 1.95→2.07 Å / 冗長度: 7.57 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 15208 / Num. unique obs: 115219 / CC1/2: 0.551 / Rsym value: 1.963 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSVERSION November 3, 2014データ削減
XSCALEVERSION November 3, 2014データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NQS

5nqs


解像度: 1.95→28.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.123 / SU Rfree Blow DPI: 0.117 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.115
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 4831 5 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.191 96694 98.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 50.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.4045 Å20 Å20 Å2
2---2.4045 Å20 Å2
3---4.8089 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.95→28.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6351 0 76 530 6957
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016539HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.938750HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2468SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes202HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes913HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6539HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.85
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.04
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion805SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7780SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.392 325 4.7 %
Rwork0.373 6588 -
all0.374 6913 -
obs--96.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.52570.4643-0.96420.0784-0.47331.2497-0.12870.1764-0.0615-0.03820.09590.03330.1278-0.07720.03270.0158-0.03620.0215-0.04050.0507-0.0473-13.7799-39.602338.9735
21.3095-0.59381.14890.6012-0.64562.2125-0.0474-0.21260.08060.05310.04660.009-0.2144-0.10070.0008-0.0284-0.04720.0239-0.01580.034-0.1056-19.9856-54.899387.8867
30.5068-0.0915-0.00111.8162-1.15851.3555-0.0301-0.10080.07370.38-0.0358-0.1277-0.02330.07590.06590.0704-0.0301-0.0479-0.05010.0394-0.159414.5273-34.840745.545
42.10020.562-0.69961.4198-0.57532.3647-0.11090.0785-0.2446-0.34960.0941-0.00890.3983-0.03060.01680.0494-0.0171-0.0031-0.15790.0015-0.16744.8013-70.375983.6448
50.46110.10170.05520.2910.07870.2135-0.00920.0294-0.0164-0.00930.0097-0.00710.0319-0.0376-0.00060.00760.00040.0418-0.0540.10830.0528-30.0289-43.774444.5596
60-0.02270.020-0.02280.00330.00020.00170.00040.0015-0.001-0.0041-0.00110.00180.0008-0.0028-0.0006-0.00250.00690.0001-0.002927.6938-45.022457.1014
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|2 - A|179 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|2 - B|179 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|-9 - C|180 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|2 - D|178 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|7 - E|16 }
6X-RAY DIFFRACTION6{ G|8 - G|11 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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