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- PDB-5no9: NLPPya in complex with mannosamine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5no9
タイトルNLPPya in complex with mannosamine
要素25 kDa protein elicitor
キーワードTOXIN / Actinoporin-like proteins / Nep1-like proteins / Complex with hexose
機能・相同性Necrosis inducing protein / Necrosis inducing protein (NPP1) / killing of cells of another organism / metal ion binding / 2-amino-2-deoxy-alpha-D-mannopyranose / 25 kDa protein elicitor
機能・相同性情報
生物種Pythium aphanidermatum (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Podobnik, M. / Anderluh, G. / Lenarcic, T.
資金援助 スロベニア, 2件
組織認可番号国
Slovenian Research AgencyJ1-7515 スロベニア
Slovenian Research AgencyP1-0391 スロベニア
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Eudicot plant-specific sphingolipids determine host selectivity of microbial NLP cytolysins.
著者: Lenarcic, T. / Albert, I. / Bohm, H. / Hodnik, V. / Pirc, K. / Zavec, A.B. / Podobnik, M. / Pahovnik, D. / Zagar, E. / Pruitt, R. / Greimel, P. / Yamaji-Hasegawa, A. / Kobayashi, T. / ...著者: Lenarcic, T. / Albert, I. / Bohm, H. / Hodnik, V. / Pirc, K. / Zavec, A.B. / Podobnik, M. / Pahovnik, D. / Zagar, E. / Pruitt, R. / Greimel, P. / Yamaji-Hasegawa, A. / Kobayashi, T. / Zienkiewicz, A. / Gomann, J. / Mortimer, J.C. / Fang, L. / Mamode-Cassim, A. / Deleu, M. / Lins, L. / Oecking, C. / Feussner, I. / Mongrand, S. / Anderluh, G. / Nurnberger, T.
履歴
登録2017年4月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月10日Group: Structure summary / カテゴリ: entity / Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 25 kDa protein elicitor
B: 25 kDa protein elicitor
C: 25 kDa protein elicitor
D: 25 kDa protein elicitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,8089
ポリマ－96,5314
非ポリマー2765
水14,520806
1
A: 25 kDa protein elicitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1572
ポリマ－24,1331
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 25 kDa protein elicitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1572
ポリマ－24,1331
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: 25 kDa protein elicitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1572
ポリマ－24,1331
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: 25 kDa protein elicitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3363
ポリマ－24,1331
非ポリマー2032
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)115.026, 122.284, 121.138
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-567-

HOH

21B-600-

HOH

31D-593-

HOH

41D-594-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
25 kDa protein elicitor


分子量: 24132.787 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pythium aphanidermatum (真核生物)
遺伝子: SD21-1 / プラスミド: pET21c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9SPD4
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 糖 ChemComp-95Z / 2-amino-2-deoxy-alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannosamine / 2-amino-2-deoxy-alpha-D-mannose / 2-amino-2-deoxy-D-mannose / 2-amino-2-deoxy-mannose / α-D-マンノサミン


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 179.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13NO5
識別子タイププログラム
DManpNaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpNIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManNSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 806 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: PEG 4000 MgCl2 Tris Glycerol Methanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: liquid nitrogen
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月16日
詳細: a vertical collimating mirror, a double-crystal Si(111) monochromator, a bendable focussing mirror
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→36.586 Å / Num. obs: 85931 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.68 % / Biso Wilson estimate: 20.96 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rrim(I) all: 0.117 / Χ2: 0.975 / Net I/σ(I): 11.63
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.75-1.856.7110.8052.19135580.8090.87198.3
1.85-1.986.5430.4933.64129330.9160.53699.6
1.98-2.146.6820.2946.2120990.9620.31999.7
2.14-2.346.980.1869.57111740.9840.299.8
2.34-2.626.7680.13812.33101420.990.1599.9
2.62-3.026.2570.09416.5989560.9940.10399.9
3.02-3.76.990.06424.6576460.9970.06999.9
3.7-5.216.4760.05629.5659790.9970.06199.9
5.21-36.5866.6060.05429.5434440.9970.05999.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.34 Å43.03 Å
Translation6.34 Å43.03 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEVERSION March 1, 2015データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX1.11.1精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSVERSION March 1, 2015データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GNU truncated

3gnu


解像度: 1.75→36.586 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.85
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2031 1995 2.32 %
Rwork0.1745 --
obs0.1752 85899 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 72.63 Å2 / Biso mean: 24.0616 Å2 / Biso min: 11.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→36.586 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6417 0 16 806 7239
Biso mean--60.22 30.15 -
残基数----829
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066621
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8089020
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051947
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061179
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.0734262
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7475-1.79120.27391350.27795764589997
1.7912-1.83970.28661220.23845940606299
1.8397-1.89380.24871620.2195906606899
1.8938-1.95490.24391340.20525971610599
1.9549-2.02480.26971400.207159256065100
2.0248-2.10580.21911540.188359826136100
2.1058-2.20170.21741310.173259836114100
2.2017-2.31770.20491520.177159576109100
2.3177-2.46290.22661390.177160126151100
2.4629-2.6530.2091380.184360086146100
2.653-2.91990.20261490.179260346183100
2.9199-3.34220.20871420.164860626204100
3.3422-4.20980.17121450.146661026247100
4.2098-36.59370.16081520.154962586410100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -22.177 Å / Origin y: -31.7584 Å / Origin z: -29.5598 Å
111213212223313233
T0.1366 Å2-0.0037 Å20.0088 Å2-0.1457 Å20.0045 Å2--0.1443 Å2
L0.0197 °2-0.0327 °20.006 °2-0.072 °20.0719 °2--0.0558 °2
S0.0117 Å °-0.005 Å °-0.0001 Å °0.0005 Å °-0.0144 Å °0.0124 Å °0.0026 Å °-0.0203 Å °0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 213
2X-RAY DIFFRACTION1allA301
3X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 213
4X-RAY DIFFRACTION1allB301
5X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 213
6X-RAY DIFFRACTION1allC301
7X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 213
8X-RAY DIFFRACTION1allD301 - 302
9X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 806

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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