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万見
- PDB-5nnm: The crystal structure of dimeric LL-37 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nnm
タイトルThe crystal structure of dimeric LL-37
要素Cathelicidin antimicrobial peptide
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / AMP / LL-37 / LDAO / peptide-detergent complex / antimicrobial peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


cytolysis / killing by host of symbiont cells / specific granule / cellular response to peptidoglycan / neutrophil activation / cellular response to interleukin-6 / Antimicrobial peptides / cellular response to interleukin-1 / innate immune response in mucosa / cell projection ...cytolysis / killing by host of symbiont cells / specific granule / cellular response to peptidoglycan / neutrophil activation / cellular response to interleukin-6 / Antimicrobial peptides / cellular response to interleukin-1 / innate immune response in mucosa / cell projection / lipopolysaccharide binding / specific granule lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / positive regulation of angiogenesis / antibacterial humoral response / tertiary granule lumen / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / amyloid fibril formation / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / innate immune response / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cathelicidin, antimicrobial peptide, C-terminal / LPS binding domain of CAP18 (C terminal) / Cathelicidins signature 1. / Cathelicidin, conserved site / Cathelicidins signature 2. / Cathelicidin-like / Cathelicidin / Cystatin superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBONATE ION / Cathelicidin antimicrobial peptide
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Zeth, K. / Sancho-Vaello, E.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural remodeling and oligomerization of human cathelicidin on membranes suggest fibril-like structures as active species.
著者: Sancho-Vaello, E. / Francois, P. / Bonetti, E.J. / Lilie, H. / Finger, S. / Gil-Ortiz, F. / Gil-Carton, D. / Zeth, K.
履歴
登録2017年4月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cathelicidin antimicrobial peptide
B: Cathelicidin antimicrobial peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2496
ポリマ－9,0092
非ポリマー2404
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking, dimer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2230 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area6500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.577, 44.577, 87.847
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 31 / Label seq-ID: 1 - 31

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Cathelicidin antimicrobial peptide / 18 kDa cationic antimicrobial protein / hCAP-18 / Cathelicidin LL-37


分子量: 4504.351 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 134-170 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49913
#2: 化合物
ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 15% Peg400, 0.1 M Tris, pH 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.35
11-h,-k,l20.65
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 10991 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 7.75

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
Arcimboldo位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.9→38.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 6.802 / SU ML: 0.181 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.032 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25101 389 5.2 %RANDOM
Rwork0.2231 ---
obs0.22473 7055 88.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 50.832 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.28 Å20 Å20 Å2
2---0.28 Å20 Å2
3---0.55 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→38.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数572 0 16 23 611
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0390.019621
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.02674
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.9462.01816
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.93731543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.28571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.77520.32331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.18315144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.161511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.285
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02660
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02159
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.1984.338272
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.2034.33271
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.2916.401338
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.2846.409339
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.6385.284349
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.5825.251338
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.6167.514464
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.89139.9821851
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other12.86239.9661847
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3010 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.17 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.389 23 -
Rwork0.329 602 -
obs--98.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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