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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5nkc | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Ephrin A2 (EphA2) Receptor Protein Kinase with Compound 2h | ||||||
![]() | Ephrin type-A receptor 2 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Inhibitor / Complex / Protein Tyrosine Kinase | ||||||
機能・相同性 | ![]() notochord cell development / notochord formation / lens fiber cell morphogenesis / blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of lymphangiogenesis / axial mesoderm formation / pericyte cell differentiation / cAMP metabolic process / positive regulation of bicellular tight junction assembly / regulation of blood vessel endothelial cell migration ...notochord cell development / notochord formation / lens fiber cell morphogenesis / blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of lymphangiogenesis / axial mesoderm formation / pericyte cell differentiation / cAMP metabolic process / positive regulation of bicellular tight junction assembly / regulation of blood vessel endothelial cell migration / leading edge membrane / negative regulation of chemokine production / post-anal tail morphogenesis / bone remodeling / transmembrane-ephrin receptor activity / response to growth factor / tight junction / activation of GTPase activity / regulation of lamellipodium assembly / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / EPH-Ephrin signaling / neural tube development / RND1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / mammary gland epithelial cell proliferation / RHOV GTPase cycle / EPHA-mediated growth cone collapse / growth factor binding / regulation of cell adhesion mediated by integrin / lamellipodium membrane / RHOU GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / ephrin receptor signaling pathway / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / vasculogenesis / regulation of angiogenesis / keratinocyte differentiation / RAC1 GTPase cycle / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / negative regulation of angiogenesis / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / osteoclast differentiation / cell chemotaxis / skeletal system development / molecular function activator activity / protein localization to plasma membrane / cell motility / positive regulation of protein localization to plasma membrane / axon guidance / receptor protein-tyrosine kinase / ruffle membrane / osteoblast differentiation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cell migration / lamellipodium / virus receptor activity / receptor complex / cell adhesion / defense response to Gram-positive bacterium / positive regulation of cell migration / inflammatory response / cadherin binding / phosphorylation / focal adhesion / dendrite / cell surface / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kudlinzki, D. / Linhard, V.L. / Witt, K. / Gande, S.L. / Saxena, K. / Heinzlmeir, S. / Medard, G. / Kuester, B. / Schwalbe, H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Chemoproteomics-Aided Medicinal Chemistry for the Discovery of EPHA2 Inhibitors. 著者: Heinzlmeir, S. / Lohse, J. / Treiber, T. / Kudlinzki, D. / Linhard, V. / Gande, S.L. / Sreeramulu, S. / Saxena, K. / Liu, X. / Wilhelm, M. / Schwalbe, H. / Kuster, B. / Medard, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 82 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 59.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 979.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 984.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5njzC ![]() 5nk0C ![]() 5nk1C ![]() 5nk2C ![]() 5nk3C ![]() 5nk4C ![]() 5nk5C ![]() 5nk6C ![]() 5nk7C ![]() 5nk8C ![]() 5nk9C ![]() 5nkaC ![]() 5nkbC ![]() 5nkdC ![]() 5nkeC ![]() 5nkfC ![]() 5nkgC ![]() 5nkhC ![]() 5nkiC ![]() 5i9uS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34462.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P29317, receptor protein-tyrosine kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-90T / ( |
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.49 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 37.5% MPD/PEG1000/PEG3350 (MD), 0.1 M Amino Acids Mix (MD), 0.1 M MES pH6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→38.382 Å / Num. obs: 46248 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 6.82 % / Biso Wilson estimate: 19.64 Å2 / Rrim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 15.31 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.54 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.47 / Rrim(I) all: 0.78 / % possible all: 95.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5I9U 解像度: 1.448→38.382 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 18.23
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.448→38.382 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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