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- PDB-5nj5: E. coli Microcin-processing metalloprotease TldD/E with phosphate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nj5
タイトルE. coli Microcin-processing metalloprotease TldD/E with phosphate bound
要素(Metalloprotease ...) x 2
キーワードHYDROLASE / metalloprotease / microcin / CcdA / DNA gyrase
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase complex / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / protein processing / metallopeptidase activity / iron ion binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
TldD / Metalloprotease TldD/E, C-terminal domain / Metalloprotease TldD/E, central domain / : / PmbA/TldD fold / PmbA/TldD superfamily / PmbA/TldA metallopeptidase C-terminal domain / Metalloprotease TldD/E, N-terminal domain / Metalloprotease TldD/PmbA, N-terminal / Metalloprotease TldD/PmbA superfamily ...TldD / Metalloprotease TldD/E, C-terminal domain / Metalloprotease TldD/E, central domain / : / PmbA/TldD fold / PmbA/TldD superfamily / PmbA/TldA metallopeptidase C-terminal domain / Metalloprotease TldD/E, N-terminal domain / Metalloprotease TldD/PmbA, N-terminal / Metalloprotease TldD/PmbA superfamily / PmbA/TldA metallopeptidase domain 1 / PmbA/TldA metallopeptidase central domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Metalloprotease PmbA / Metalloprotease TldD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ghilarov, D. / Serebryakova, M. / Stevenson, C.E.M. / Hearnshaw, S.J. / Volkov, D. / Maxwell, A. / Lawson, D.M. / Severinov, K.
資金援助 ロシア, ポーランド, 英国, 6件
組織認可番号国
Dynasty foundationPersonal fellowship ロシア
Russian Ministry of ScienceResearch and Scientific-Pedagogical Personnel of Innovative Russia in 2009-2013 grant 8591 ロシア
European UnionMarie Sklodowska-Curie grant agreement No. 665778 ポーランド
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/J016853/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/J004561/1 (MET) 英国
John Innes Foundation 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: The Origins of Specificity in the Microcin-Processing Protease TldD/E.
著者: Ghilarov, D. / Serebryakova, M. / Stevenson, C.E.M. / Hearnshaw, S.J. / Volkov, D.S. / Maxwell, A. / Lawson, D.M. / Severinov, K.
履歴
登録2017年3月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Metalloprotease TldD
B: Metalloprotease PmbA
C: Metalloprotease TldD
D: Metalloprotease PmbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,09220
ポリマ－203,0264
非ポリマー1,06616
水32,3731797
1
A: Metalloprotease TldD
B: Metalloprotease PmbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,04610
ポリマ－101,5132
非ポリマー5338
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7020 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area33520 Å2
手法PISA
2
C: Metalloprotease TldD
D: Metalloprotease PmbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,04610
ポリマ－101,5132
非ポリマー5338
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6940 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area33510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.770, 173.990, 83.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUTHRTHRAA3 - 48017 - 494
21LEULEUTHRTHRCC3 - 48017 - 494
12VALVALGLNGLNBB7 - 4507 - 450
22VALVALGLNGLNDD7 - 4507 - 450

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
Metalloprotease ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Metalloprotease TldD


分子量: 53091.551 Da / 分子数: 2 / 変異: G401D / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The TldD protein was expressed with a fourteen residue nickel affinity tag with sequence MGSSHHHHHHSQDP appended to the N-terminus of the full-length amino acid sequence
由来: (組換発現) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
遺伝子: tldD, yhdO, b3244, JW3213 / プラスミド: pCOLADuet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star
参照: UniProt: P0AGG8, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#2: タンパク質 Metalloprotease PmbA / Protein TldE


分子量: 48421.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
遺伝子: pmbA, tldE, b4235, JW4194 / プラスミド: pCOLADuet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star
参照: UniProt: P0AFK0, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素

-
非ポリマー , 4種, 1813分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1797 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: NULL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.383
11h,-k,-l20.617
反射解像度: 1.9→75.29 Å / Num. obs: 136171 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 18.2 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.9-1.9530.5510.5650.3920.68369.1
8.5-75.294.60.0270.9990.0140.03199.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.12データスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TV9

3tv9


解像度: 1.9→75.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 3.966 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.029 / ESU R Free: 0.026
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1781 6723 4.9 %RANDOM
Rwork0.1386 ---
obs0.1406 129447 93.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 92.65 Å2 / Biso mean: 22.126 Å2 / Biso min: 4.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.95 Å20 Å2-0.27 Å2
2--6.61 Å20 Å2
3---3.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→75.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13827 0 64 1862 15753
Biso mean--30.9 30.78 -
残基数----1847
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01914556
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0213493
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3761.96719772
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.927331293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.42251949
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.81224.392617
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.759152435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.13315100
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.22234
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216793
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022887
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.05 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A30820
12C30820
21B28470
22D28470
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 361 -
Rwork0.194 6996 -
all-7357 -
obs--68.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4810.15390.38281.44020.09891.4401-0.0664-0.06750.3006-0.03890.0172-0.0301-0.17210.08880.04920.07510.0117-0.01740.04250.02240.069524.385790.739429.1382
24.0009-2.05381.46061.1948-0.70490.5489-0.0294-0.0448-0.01440.00080.0551-0.0399-0.0092-0.0009-0.02570.02670.0129-0.01910.07770.00490.054641.615375.010639.735
30.8743-0.19640.60470.4625-0.27340.8596-0.05340.07260.2020.0255-0.02-0.0353-0.0830.0820.07340.014-0.0025-0.01060.01310.00730.061434.71578.681340.3874
40.751-0.78060.53351.0155-0.68210.5574-0.0333-0.04580.08460.0782-0.0089-0.0436-0.030.03560.04230.03320.0006-0.0160.0301-0.01910.050743.402472.611654.3819
50.3955-0.03910.02030.6829-0.30570.5253-0.0223-0.09560.04220.08960.04310.0378-0.0277-0.0677-0.02080.02280.0175-0.00780.0395-0.01770.018824.290868.276260.4856
65.07741.20091.18831.66510.39691.9336-0.20660.40270.2362-0.22820.11530.1575-0.12180.0760.09140.0368-0.0145-0.01790.0420.01590.057445.584967.586219.987
70.87310.1031-0.0040.1698-0.0370.1902-0.03520.04990.0693-0.01810.01970.0054-0.01090.02530.01550.02060.0061-0.02120.0166-0.00590.024833.26663.972929.7697
83.04690.4511-0.99230.4373-0.18920.3347-0.0012-0.10240.08810.04760.03110.0473-0.00960.0455-0.02990.02040-0.01190.0585-0.00140.026227.147458.519430.3156
91.52930.4619-2.27570.4263-0.77043.4584-0.0483-0.152-0.01380.03620.0769-0.05050.0770.1835-0.02860.01920.0235-0.03420.0691-0.00950.087914.514850.993336.4806
100.80190.1402-0.57770.3219-0.17691.0032-0.0295-0.0373-0.05040.03810.0254-0.01620.0570.04590.00420.02420.013-0.01620.0082-0.00530.02133.861442.54845.5689
114.13620.5163-0.23620.96561.17671.6732-0.08510.1045-0.6010.0357-0.0029-0.01930.1339-0.02710.0880.1058-0.0079-0.03010.02030.01720.16815.9531-3.1818-11.4001
121.5214-0.3238-0.80950.4430.30090.83860.00710.1505-0.2305-0.0353-0.0410.0234-0.0025-0.08320.03390.032-0.0046-0.02930.0164-0.01630.0809-0.74698.7791-9.1981
132.0037-1.729-1.22812.09260.37471.7987-0.1413-0.0456-0.43010.00270.02890.31570.22370.06660.11250.1072-0.0298-0.01630.02140.00670.2932-2.1406-5.29672.3238
141.3374-0.137-0.41714.68153.3563.53020.0980.0207-0.09580.1021-0.16330.15450.1282-0.25830.06530.0208-0.0106-0.01480.04980.02450.048-26.496416.04412.797
150.4409-0.0821-0.0510.47220.24580.3951-0.0179-0.1326-0.09290.09140.0209-0.01990.03320.0515-0.0030.03140.0004-0.02120.04570.0320.04630.607416.061117.0799
169.1863.2485-2.22122.5918-1.0292.1437-0.1590.2095-0.0463-0.20420.1058-0.0653-0.01650.04970.05320.05060.0073-0.02670.0384-0.03310.0478-15.223417.4651-24.0398
170.67270.1277-0.13430.09870.02620.1317-0.0230.0736-0.1066-0.0160.01180.01140.0251-0.02990.01120.0174-0.0055-0.01880.0126-0.00950.0512-12.964419.5512-13.4112
182.22311.09142.15151.60751.27255.3613-0.03630.0405-0.0031-0.03710.0528-0.0405-0.07850.0585-0.01650.01160.0094-0.0010.01380.00110.033321.851526.9714-8.6926
192.15650.36250.68210.2190.19360.2706-0.0338-0.08430.03410.01920.0295-0.0093-0.008-0.01790.00430.02280.0147-0.02190.026-0.00370.037.845130.548-9.4841
200.86660.08390.58380.23830.12720.8547-0.0159-0.07680.04330.04130.015-0.0053-0.0409-0.02050.00090.01690.0041-0.00670.0105-0.00750.0142-3.881442.89463.8733
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 32
2X-RAY DIFFRACTION2A33 - 63
3X-RAY DIFFRACTION3A64 - 158
4X-RAY DIFFRACTION4A159 - 239
5X-RAY DIFFRACTION5A240 - 481
6X-RAY DIFFRACTION6B9 - 42
7X-RAY DIFFRACTION7B43 - 158
8X-RAY DIFFRACTION8B159 - 200
9X-RAY DIFFRACTION9B201 - 233
10X-RAY DIFFRACTION10B234 - 450
11X-RAY DIFFRACTION11C3 - 42
12X-RAY DIFFRACTION12C43 - 107
13X-RAY DIFFRACTION13C108 - 128
14X-RAY DIFFRACTION14C129 - 159
15X-RAY DIFFRACTION15C160 - 481
16X-RAY DIFFRACTION16D9 - 32
17X-RAY DIFFRACTION17D33 - 129
18X-RAY DIFFRACTION18D130 - 161
19X-RAY DIFFRACTION19D162 - 231
20X-RAY DIFFRACTION20D232 - 450

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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