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万見
- PDB-5nil: Structure of the MacAB-TolC ABC-type tripartite multidrug efflux ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nil
タイトルStructure of the MacAB-TolC ABC-type tripartite multidrug efflux pump-MacB section
要素
  • Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB
  • Macrolide export protein MacA
  • Outer membrane protein TolC
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / drug efflux pump / multi-drug resistance / macrolide transporter / toxin transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


polymyxin transport / polymyxin transmembrane transporter activity / MacAB-TolC complex / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / bile acid transmembrane transporter activity ...polymyxin transport / polymyxin transmembrane transporter activity / MacAB-TolC complex / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / bile acid transmembrane transporter activity / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / ABC-type xenobiotic transporter activity / extrinsic component of membrane / bile acid and bile salt transport / porin activity / monoatomic ion channel activity / efflux transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / cell outer membrane / : / response to toxic substance / outer membrane-bounded periplasmic space / monoatomic ion transmembrane transport / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Macrolide export protein MacA / Macrolide export ATP-binding/permease protein macB family profile. / : / Type I secretion outer membrane protein, TolC / : / RND efflux pump, membrane fusion protein / RND efflux pump, membrane fusion protein, barrel-sandwich domain / MacB-like periplasmic core domain / MacB-like periplasmic core domain / Barrel-sandwich domain of CusB or HlyD membrane-fusion ...Macrolide export protein MacA / Macrolide export ATP-binding/permease protein macB family profile. / : / Type I secretion outer membrane protein, TolC / : / RND efflux pump, membrane fusion protein / RND efflux pump, membrane fusion protein, barrel-sandwich domain / MacB-like periplasmic core domain / MacB-like periplasmic core domain / Barrel-sandwich domain of CusB or HlyD membrane-fusion / Outer membrane efflux protein / Outer membrane efflux protein / MacB, ATP-binding domain / ABC3 transporter permease protein domain / FtsX-like permease C-terminal / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane protein TolC / Macrolide export protein MacA / Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.3 Å
データ登録者Fitzpatrick, A.W.P. / Llabres, S. / Neuberger, A. / Blaza, J.N. / Bai, X.-C. / Okada, U. / Murakami, S. / van Veen, H.W. / Zachariae, U. / Scheres, S.H.W. ...Fitzpatrick, A.W.P. / Llabres, S. / Neuberger, A. / Blaza, J.N. / Bai, X.-C. / Okada, U. / Murakami, S. / van Veen, H.W. / Zachariae, U. / Scheres, S.H.W. / Luisi, B.F. / Du, D.
資金援助 英国, 日本, 2件
組織認可番号国
Wellcome TrustRG61065 英国
Human Frontier Science ProgramRG68784 日本
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2017
タイトル: Structure of the MacAB-TolC ABC-type tripartite multidrug efflux pump.
著者: Anthony W P Fitzpatrick / Salomé Llabrés / Arthur Neuberger / James N Blaza / Xiao-Chen Bai / Ui Okada / Satoshi Murakami / Hendrik W van Veen / Ulrich Zachariae / Sjors H W Scheres / Ben F Luisi / Dijun Du /
要旨: The MacA-MacB-TolC assembly of Escherichia coli is a transmembrane machine that spans the cell envelope and actively extrudes substrates, including macrolide antibiotics and polypeptide virulence ...The MacA-MacB-TolC assembly of Escherichia coli is a transmembrane machine that spans the cell envelope and actively extrudes substrates, including macrolide antibiotics and polypeptide virulence factors. These transport processes are energized by the ATPase MacB, a member of the ATP-binding cassette (ABC) superfamily. We present an electron cryo-microscopy structure of the ABC-type tripartite assembly at near-atomic resolution. A hexamer of the periplasmic protein MacA bridges between a TolC trimer in the outer membrane and a MacB dimer in the inner membrane, generating a quaternary structure with a central channel for substrate translocation. A gating ring found in MacA is proposed to act as a one-way valve in substrate transport. The MacB structure features an atypical transmembrane domain with a closely packed dimer interface and a periplasmic opening that is the likely portal for substrate entry from the periplasm, with subsequent displacement through an allosteric transport mechanism.
履歴
登録2017年3月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Data collection / Other / カテゴリ: atom_sites / cell / em_image_scans
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3653
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein TolC
B: Outer membrane protein TolC
C: Outer membrane protein TolC
D: Macrolide export protein MacA
E: Macrolide export protein MacA
F: Macrolide export protein MacA
G: Macrolide export protein MacA
H: Macrolide export protein MacA
I: Macrolide export protein MacA
J: Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB
K: Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)545,01411
ポリマ－545,01411
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area50040 Å2
ΔGint-200 kcal/mol
Surface area220920 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane protein TolC / Multidrug efflux pump subunit TolC / Outer membrane factor TolC


分子量: 52506.547 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
遺伝子: tolC, colE1-i, mtcB, mukA, refI, toc, weeA, b3035, JW5503
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02930
#2: タンパク質
Macrolide export protein MacA


分子量: 40715.746 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
遺伝子: macA, ybjY, b0878, JW0862 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P75830
#3: タンパク質 Macrolide export ATP-binding/permease protein MacB


分子量: 71600.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
遺伝子: macB, ybjZ, b0879, JW0863 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P75831, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: MacAB-TolC / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 2 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 5.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 17154 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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