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- PDB-5ngb: X-Ray Diffraction Crystal Structure of the murine PI3K p110delta ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ngb
タイトルX-Ray Diffraction Crystal Structure of the murine PI3K p110delta in complex with a pan inhibitor
要素Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform
キーワードTRANSFERASE / PI3K p110
機能・相同性
機能・相同性情報


Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / Interleukin receptor SHC signaling / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / PIP3 activates AKT signaling / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of signaling by CBL / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / RET signaling / phosphatidylinositol 3-kinase complex ...Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / Interleukin receptor SHC signaling / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / PIP3 activates AKT signaling / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of signaling by CBL / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / RET signaling / phosphatidylinositol 3-kinase complex / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / phosphatidylinositol 3-kinase / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / B cell homeostasis / B cell activation / phosphatidylinositol-mediated signaling / homeostasis of number of cells / defense response to fungus / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of angiogenesis / chemotaxis / kinase activity / adaptive immune response / cell differentiation / cell surface receptor signaling pathway / inflammatory response / negative regulation of gene expression / innate immune response / positive regulation of gene expression / ATP binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PI3Kdelta, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / C2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain ...PI3Kdelta, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / C2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / C2 domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Ubiquitin-like (UB roll) / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8WH / Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Berndt, A. / Williams, R.L.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_U105184308 英国
引用ジャーナル: ChemMedChem / 年: 2017
タイトル: Identification of a Potent Phosphoinositide 3-Kinase Pan Inhibitor Displaying a Strategic Carboxylic Acid Group and Development of Its Prodrugs.
著者: Pirali, T. / Ciraolo, E. / Aprile, S. / Massarotti, A. / Berndt, A. / Griglio, A. / Serafini, M. / Mercalli, V. / Landoni, C. / Campa, C.C. / Margaria, J.P. / Silva, R.L. / Grosa, G. / Sorba, ...著者: Pirali, T. / Ciraolo, E. / Aprile, S. / Massarotti, A. / Berndt, A. / Griglio, A. / Serafini, M. / Mercalli, V. / Landoni, C. / Campa, C.C. / Margaria, J.P. / Silva, R.L. / Grosa, G. / Sorba, G. / Williams, R. / Hirsch, E. / Tron, G.C.
履歴
登録2017年3月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年2月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,7452
ポリマ－124,3131
非ポリマー4311
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area36430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.437, 143.586, 220.193
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform / Putative uncharacterized protein


分子量: 124313.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RESIDUES 106-1044 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pik3cd / プラスミド: PFASTBAC HTA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
Variant (発現宿主): Sf21 / 参照: UniProt: Q3UDT3, UniProt: O35904*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-8WH / 3-[[4-(2-morpholin-4-yl-4-oxidanylidene-3~{H}-quinolin-8-yl)-1,2,3-triazol-1-yl]methyl]benzoic acid


分子量: 431.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H21N5O4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 26% (V/V) GLYCEROL, 13% (W/V) PEG 4K, 3 MM NANO3, 3 MM NA2HPO4, 3 MM (NH4)2SO4, 100 MM IMIDAZOLE PH 6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月16日
放射モノクロメーター: SILICON CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→45.63 Å / Num. obs: 22926 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 40 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.251 / Rpim(I) all: 0.085 / Rrim(I) all: 0.266 / Rsym value: 0.252 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 1.104 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 3242 / Rpim(I) all: 0.377 / Rrim(I) all: 1.168 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSMarch 15 2012データ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WXH

2wxh


解像度: 2.9→45.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.888 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.831 / SU B: 21.734 / SU ML: 0.402 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.472 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29011 1170 5.1 %RANDOM
Rwork0.24213 ---
obs0.24456 21718 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 50.567 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.67 Å20 Å2-0 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----2.69 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.9→45.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6593 0 32 0 6625
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0196770
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.026323
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4921.979135
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0933.00114660
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6625804
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.67723.905315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.737151224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7271542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21005
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.027362
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021398
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2735.0213252
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.2735.023251
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.4277.5094044
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.4277.5114045
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8725.2933517
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8715.2923518
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.9187.8385092
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.83493.46428219
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.83493.46228220
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.893→2.968 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.446 68 -
Rwork0.326 1524 -
obs--97.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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