PDB-5nez: crystal structure of variants

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nez

タイトル

crystal structure of variants

要素

Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase

キーワード

TRANSFERASE / Methanobacterium thermoautotrophicum

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphoglycerol geranylgeranyltransferase / phosphoglycerol geranylgeranyltransferase activity / glycerophospholipid biosynthetic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.394 Å

データ登録者

Linde, M. / Rajendran, C. / Babinger, P. / Sterner, R.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: crystal structure of variants from MtGGGPS
著者: Sterner, R. / Babinger, P. / Linde, M. / Rajendran, C.

履歴

登録	2017年3月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nez.cif.gz	543 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nez.ent.gz	451.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5nez.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5nez_validation.pdf.gz	480.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5nez_full_validation.pdf.gz	503.7 KB	表示
XML形式データ	5nez_validation.xml.gz	55.1 KB	表示
CIF形式データ	5nez_validation.cif.gz	76.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/5nez ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/5nez	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ndyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ndy-d 5nf1-d 4ax3-4 6qq2-1 5ocf-1 2bri-1 6f1q-1 4mm1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase

B: Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase

C: Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase

D: Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase

E: Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase

F: Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase

166 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.978, 136.409, 152.503
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase / MtGGGPS / (S)-3-O-geranylgeranylglyceryl phosphate synthase / Phosphoglycerol geranylgeranyltransferase 分子量: 27637.357 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌) 遺伝子: MTH_552 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O26652, phosphoglycerol geranylgeranyltransferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase / MtGGGPS / (S)-3-O-geranylgeranylglyceryl phosphate synthase / Phosphoglycerol geranylgeranyltransferase

分子量: 27637.357 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌)
遺伝子: MTH_552 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O26652, phosphoglycerol geranylgeranyltransferase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.05 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG, Tris cl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.394→48.409 Å / Num. obs: 63701 / % possible obs: 99.48 % / 冗長度: 13.6 % / R_merge(I) obs: 0.07903 / R_pim(I) all: 0.02208 / R_rim(I) all: 0.08213 / Net I/σ(I): 26.06
反射シェル	R_merge(I) obs: 0.5179 / R_pim(I) all: 0.1466 / R_rim(I) all: 0.5393

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10pre_2119: ???)	精密化
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.394→48.409 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.76 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2303	3187	5 %
R_work	0.1759	-	-
obs	0.1786	63698	99.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.394→48.409 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10660	0	0	394	11054

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	10811
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.973	14665
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.085	6476
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	1684
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1930

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3937-2.4294	0.2687	120	0.2158	2289	X-RAY DIFFRACTION	88
2.4294-2.4674	0.259	138	0.1892	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4674-2.5078	0.2783	138	0.1916	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5078-2.5511	0.2552	137	0.184	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5511-2.5974	0.2707	136	0.1859	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5974-2.6474	0.2588	138	0.1859	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6474-2.7014	0.2253	139	0.1862	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7014-2.7602	0.2724	138	0.1952	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7602-2.8244	0.2718	137	0.1903	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8244-2.895	0.2573	138	0.1888	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.895-2.9733	0.2487	139	0.1848	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9733-3.0607	0.2696	138	0.1935	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0607-3.1595	0.2806	138	0.1938	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1595-3.2724	0.2583	139	0.1907	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2724-3.4034	0.247	139	0.1887	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4034-3.5583	0.2302	140	0.1868	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5583-3.7458	0.1969	138	0.1724	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7458-3.9804	0.2293	140	0.1566	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9804-4.2875	0.2223	141	0.1536	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2875-4.7187	0.1781	140	0.1404	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7187-5.4007	0.1824	143	0.1481	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4007-6.8013	0.2181	144	0.2072	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8013-48.4189	0.2274	149	0.1766	2838	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1365	-0.1886	-0.0836	4.5612	0.6957	2.6385	0.0149	0.3645	-0.8912	-0.1777	-0.1253	-1.0125	0.2509	0.5333	-0.0193	0.3027	0.0301	0.1793	0.4333	-0.0227	0.4655	-12.8383	-11.1786	10.2937
2	2.1793	0.0963	0.477	2.1303	0.0112	2.1095	0.2555	0.1395	0.1321	-0.5048	-0.1477	0.0375	0.0621	-0.0968	-0.1944	0.3734	0.0162	0.0832	0.4072	0.033	0.2523	-26.5177	-3.4727	0.9988
3	0.1612	-0.5703	0.2655	3.1662	0.6072	3.204	0.4688	-0.1237	-0.3817	0.0276	-0.076	0.5483	-0.0835	-0.4263	0.0712	0.2817	0.0776	0.0478	0.4352	0.1428	0.3947	-30.8294	-8.4493	5.8534
4	2.0402	-0.1874	0.6012	3.293	-0.2003	3.5884	0.3969	0.0126	0.0419	-0.6574	0.1635	0.1408	0.6875	-0.826	-0.3479	0.5023	-0.0557	0.0431	0.4965	0.06	0.313	-29.5567	-14.6505	2.7364
5	1.5601	0.579	0.1019	1.7857	-0.2658	1.0322	0.0166	0.021	-0.0651	-0.1944	0.139	0.1423	-0.0444	-0.1018	-0.1234	0.2063	0.0057	-0.0016	0.2541	0.0238	0.2304	-30.3846	-7.9892	22.3011
6	1.1076	-0.0838	-0.5644	2.0349	0.329	3.2919	0.2681	-0.1046	0.2454	-0.1786	-0.1339	-0.4343	-0.5928	0.1692	-0.1651	0.3163	-0.0365	0.089	0.2398	0.007	0.3631	-20.749	3.8788	15.7305
7	3.2567	-0.7021	0.7793	1.9829	-0.6961	1.3959	-0.1018	0.0021	-0.0222	0.0993	0.062	-0.1746	0.2488	-0.0537	0.0776	0.381	-0.0129	-0.0879	0.3198	-0.0749	0.2621	-25.5096	3.6042	58.4012
8	1.5221	0.0759	0.8087	1.2993	0.1613	0.9684	-0.1262	-0.0206	0.1734	0.0197	0.002	0.0148	0.03	-0.1692	0.103	0.2908	-0.0023	-0.0277	0.3039	-0.0156	0.2035	-39.4033	6.423	49.2816
9	2.1497	0.4201	1.0688	2.9676	-0.2338	3.2024	-0.0125	-0.3887	0.1543	0.6039	-0.2746	-0.3407	-0.4885	-0.2196	0.2041	0.4658	-0.0027	-0.1854	0.3406	-0.0113	0.4377	-15.6045	-26.8021	46.3327
10	1.488	-0.6613	0.5846	1.2814	-0.724	0.6261	0.1159	-0.0536	-0.1707	0.153	-0.002	-0.0881	0.0993	-0.0488	-0.1099	0.2968	-0.0312	-0.0424	0.2609	0.004	0.2902	-27.9952	-28.8391	35.0398
11	2.9871	-0.8501	-0.6524	3.2863	0.3625	2.7216	0.3769	0.0728	0.0547	-0.8527	-0.1879	-0.0979	-0.0641	0.003	-0.1017	0.5065	0.0551	-0.1056	0.3009	-0.0544	0.3653	-56.0975	-28.7106	4.5731
12	1.233	-0.182	0.0432	2.6011	0.4853	0.9875	0.1454	-0.1801	-0.0534	-0.0357	-0.1376	0.0776	0.1423	-0.1108	-0.0119	0.2688	-0.0543	-0.1031	0.2712	0.0177	0.3396	-59.161	-26.5171	20.8726
13	2.2341	0.1719	-0.2685	2.0593	0.7301	0.8048	0.0284	-0.407	0.0575	0.1605	-0.3532	0.6805	-0.0272	-0.3425	0.2189	0.3236	0.016	-0.0622	0.4957	-0.18	0.4719	-72.7675	3.1247	30.0652
14	1.2512	-0.4398	0.0557	2.2997	0.4959	1.4205	-0.0043	-0.0557	0.1907	-0.2653	-0.2419	0.1094	-0.198	-0.124	0.1915	0.2938	0.0101	-0.1186	0.2998	-0.0499	0.3266	-60.9958	4.852	21.8743
15	1.8191	0.451	0.8224	1.6053	0.2914	0.3963	0.1012	-0.5961	-0.0033	0.0596	0.1201	0.8047	0.1523	-0.4917	-0.2507	0.5215	-0.1823	0.0405	0.8092	0.1673	0.5963	-66.8338	-11.7099	57.2987
16	1.8162	0.2217	-0.2809	1.3325	-0.1982	1.3109	-0.0624	-0.32	-0.3843	0.0683	0.1704	0.3374	0.4843	-0.396	-0.074	0.5975	-0.1904	-0.0406	0.5163	0.1319	0.3987	-54.2736	-19.4583	55.8097

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 15 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 16 through 44 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 45 through 58 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 59 through 91 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 92 through 184 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 185 through 246 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1 through 91 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 92 through 246 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 2 through 91 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 92 through 246 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 2 through 91 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 92 through 246 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resid 1 through 108 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resid 109 through 246 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'F' and (resid 2 through 108 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'F' and (resid 109 through 246 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見 (Yorodumi)