PDB-5nen: Crystal structure of the soluble domain of LipC, a membrane fusio...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nen

タイトル

Crystal structure of the soluble domain of LipC, a membrane fusion protein of a type I secretion system

要素

Lipase C

キーワード

HYDROLASE / lipase

機能・相同性

機能・相同性情報

protein secretion / transmembrane transport / membrane => GO:0016020 / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Serratia marcescens (霊菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.901 Å

データ登録者

Murata, D. / Akutsu, M. / Takano, K.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for the Serratia marcescens Lipase Secretion System: Crystal Structures of the Membrane Fusion Protein and Nucleotide-Binding Domain.
著者: Murata, D. / Okano, H. / Angkawidjaja, C. / Akutsu, M. / Tanaka, S.I. / Kitahara, K. / Yoshizawa, T. / Matsumura, H. / Kado, Y. / Mizohata, E. / Inoue, T. / Sano, S. / Koga, Y. / Kanaya, S. / Takano, K.

履歴

登録	2017年3月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年12月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2019年10月16日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nen.cif.gz	200.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nen.ent.gz	158.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5nen.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5nen_validation.pdf.gz	422.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5nen_full_validation.pdf.gz	428.7 KB	表示
XML形式データ	5nen_validation.xml.gz	11.5 KB	表示
CIF形式データ	5nen_validation.cif.gz	16.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/5nen ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/5nen	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5x7kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4bsk-1 5hb2-d 3s3s-d 2vh1-d 1379 6yqf-2 3t2l-1 1zel-d 4ww3-d 3aym-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Lipase C

B: Lipase C

99.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.314, 126.314, 71.405
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN

Dom-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	SER	SER	chain A	A	A	41 - 306	41 - 306
2	GLY	GLY	chain B	B	B	41 - 280	41 - 280

#1: タンパク質	Lipase C 分子量: 49925.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 遺伝子: lipC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q54457

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 77.86 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 32% ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: BRUKER SMART 6500 / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 28216 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 82.48 Å² / Net I/σ(I): 28.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.901→41.346 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.42 / 位相誤差: 33.9 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3007	1381	4.9 %
R_work	0.2518	26827	-
obs	0.2542	28208	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 214.49 Å² / B_iso mean: 89.4909 Å² / B_iso min: 36.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.901→41.346 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3604	0	0	0	3604
残基数	-	-	-	-	479

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	3633
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.489	4908
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	572
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	663
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.917	1348

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	1778	X-RAY DIFFRACTION	11.8	TORSIONAL
1	2	B	1778	X-RAY DIFFRACTION	11.8	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.9005-3.0041	0.355	132	0.304	2696	2828
3.0041-3.1244	0.3332	94	0.323	2724	2818
3.1244-3.2665	0.4051	122	0.2923	2673	2795
3.2665-3.4387	0.35	148	0.2742	2684	2832
3.4387-3.654	0.2956	162	0.2599	2647	2809
3.654-3.9359	0.3045	178	0.2464	2659	2837
3.9359-4.3316	0.2848	114	0.227	2706	2820
4.3316-4.9575	0.261	125	0.2254	2701	2826
4.9575-6.2425	0.3151	170	0.2893	2657	2827
6.2425-41.3501	0.2808	136	0.2335	2680	2816

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 33.4012 Å / Origin y: 41.8423 Å / Origin z: 50.7918 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.4792 Å²	-0.1009 Å²	0.0524 Å²	-	0.3923 Å²	-0.0444 Å²	-	-	0.4305 Å²
L	1.6333 °²	-0.7426 °²	0.7757 °²	-	0.7326 °²	-0.6273 °²	-	-	1.2586 °²
S	-0.1177 Å °	-0.1068 Å °	0.1641 Å °	0.114 Å °	-0.0359 Å °	-0.0924 Å °	-0.0181 Å °	0.0614 Å °	0.1335 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	41 - 306
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	41 - 280

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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