PDB-5ndy: crystal structure of variants

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ndy

タイトル

crystal structure of variants

要素

Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase

キーワード

TRANSFERASE / Methanobacterium thermoautotrophicum

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphoglycerol geranylgeranyltransferase / phosphoglycerol geranylgeranyltransferase activity / glycerophospholipid biosynthetic process / imidazoleglycerol-phosphate synthase activity / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.949 Å

データ登録者

Linde, M. / Rajendran, C. / Babinger, P. / Sterner, R.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: crystal structure of variants from MtGGGPS
著者: Sterner, R. / Babinger, P. / Linde, M. / Rajendran, C.

履歴

登録	2017年3月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ndy.cif.gz	279.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ndy.ent.gz	228.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ndy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ndy_validation.pdf.gz	487.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ndy_full_validation.pdf.gz	525.4 KB	表示
XML形式データ	5ndy_validation.xml.gz	57.7 KB	表示
CIF形式データ	5ndy_validation.cif.gz	80.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/5ndy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/5ndy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5nezC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5nf1-d 5nez-d 6qq2-1 4ax3-4 6f1q-1 5ocf-1 2bri-1 4mm1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase

B: Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase

C: Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase

D: Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase

E: Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase

F: Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase

166 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	142.539, 147.662, 90.347
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.99, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase / MtGGGPS / (S)-3-O-geranylgeranylglyceryl phosphate synthase / Phosphoglycerol geranylgeranyltransferase 分子量: 27679.436 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌) 遺伝子: MTH_552 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O26652, phosphoglycerol geranylgeranyltransferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 549 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase / MtGGGPS / (S)-3-O-geranylgeranylglyceryl phosphate synthase / Phosphoglycerol geranylgeranyltransferase

分子量: 27679.436 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌)
遺伝子: MTH_552 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O26652, phosphoglycerol geranylgeranyltransferase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 549 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.56 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG, Tris Cl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.949→49.773 Å / Num. obs: 125165 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.06882 / R_pim(I) all: 0.0283 / R_rim(I) all: 0.07452 / Net I/σ(I): 17.16
反射シェル	R_merge(I) obs: 1.068 / R_pim(I) all: 1.16 / R_rim(I) all: 0.4461

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10pre_2119: ???)	精密化
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.949→49.773 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.18

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2623	6257	5 %
R_work	0.2182	-	-
obs	0.2204	125063	97.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.949→49.773 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10782	0	0	549	11331

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10811
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.918	14642
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.349	6494
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	1668
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1923

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9493-1.9714	0.4622	55	0.4173	1044	X-RAY DIFFRACTION	25
1.9714-1.9946	0.3467	210	0.3463	3975	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9946-2.0189	0.3639	214	0.3244	4068	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0189-2.0445	0.3564	214	0.3201	4068	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0445-2.0714	0.3349	212	0.3092	4024	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0714-2.0998	0.3301	214	0.2868	4048	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0998-2.1298	0.295	212	0.2715	4031	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1298-2.1616	0.3129	214	0.2706	4058	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1616-2.1953	0.3171	214	0.2696	4064	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1953-2.2313	0.2777	213	0.257	4045	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2313-2.2698	0.3162	214	0.262	4056	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2698-2.3111	0.3341	213	0.257	4049	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3111-2.3555	0.2771	213	0.2495	4057	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3555-2.4036	0.314	214	0.2459	4066	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4036-2.4559	0.2847	214	0.2485	4056	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4559-2.513	0.2799	214	0.253	4055	X-RAY DIFFRACTION	100
2.513-2.5758	0.3141	213	0.2469	4059	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5758-2.6455	0.3158	212	0.2456	4033	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6455-2.7233	0.2847	215	0.2532	4073	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7233-2.8112	0.2751	214	0.2347	4061	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8112-2.9117	0.2992	215	0.2523	4084	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9117-3.0282	0.292	214	0.2378	4071	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0282-3.166	0.2833	213	0.2408	4047	X-RAY DIFFRACTION	100
3.166-3.3329	0.262	215	0.2317	4079	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3329-3.5417	0.257	214	0.2108	4083	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5417-3.8151	0.2358	213	0.196	4047	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8151-4.1988	0.2239	215	0.1772	4072	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1988-4.806	0.2131	215	0.1582	4091	X-RAY DIFFRACTION	100
4.806-6.0533	0.2224	217	0.1862	4111	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0533-49.7896	0.2299	218	0.1863	4131	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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