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万見
- PDB-5nca: Solution structure of ComGC from Streptococcus pneumoniae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nca
タイトルSolution structure of ComGC from Streptococcus pneumoniae
要素Competence protein ComGC
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / ComGC / Pilin / Type IV pilin / Streptococcus pneumoniae Type IV competence pilin
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of competence for transformation / protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / pilus / cell surface / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ComG operon protein C / Bacterial general secretion pathway protein G-type pilin / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site / Pilin-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Competence protein ComGC / :
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Erlendsson, S. / Schmeider, P. / Lichtenberg, C. / Teilum, K. / Akbey, U.
資金援助 スウェーデン, デンマーク, 3件
組織認可番号国
Swedish Foundation for Strategic research スウェーデン
The Carlsberg Foundation デンマーク
The Lundbeck Foundation デンマーク
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structure of the competence pilus major pilin ComGC in Streptococcus pneumoniae.
著者: Muschiol, S. / Erlendsson, S. / Aschtgen, M.S. / Oliveira, V. / Schmieder, P. / de Lichtenberg, C. / Teilum, K. / Boesen, T. / Akbey, U. / Henriques-Normark, B.
履歴
登録2017年3月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年9月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Competence protein ComGC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6971
ポリマ－7,6971
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7530 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20020 structures for lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Competence protein ComGC


分子量: 7697.498 Da / 分子数: 1 / 断片: ComGC, UNP residu7es 40-108 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: ERS325003_01925, ERS409372_01422, ERS515225_01852
プラスミド: pet28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: A0A0Z7FCS2, UniProt: A0A0H2URU9*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC
1111isotropic13D HNCO
1101isotropic13D HN(CA)CO
191isotropic13D HNCA
181isotropic13D HN(CO)CA
171isotropic13D HN(CA)CB
161isotropic13D CBCA(CO)NH
151isotropic1HCC CO NH
141isotropic1CC CO NH
1151isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1141isotropic113C-TOCSY-HSQC
1131isotropic115N-TOCSY-HSQC
1121isotropic13D 1H-15N NOESY
1171isotropic13D 1H-13C NOESY
232anisotropic2HSQC IPAP

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系詳細
solution1900 uM [U-13C; U-15N] ComGC, 50 mM Tris, 50 mM NaCl, 0.25 mM DSS, 90% H2O, 10%D20Assignment and structure90% H2O, 10%D20
gel solution2500 uM [U-13C; U-15N] ComGC, 50 mM Tris, 50 mM NaCl, 0.25 mM DSS, 4 % Hexanol/PEG, 80% H2O, 20%D20RDC measurements80% H2O, 20%D20For measuring RDCs
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
900 uMComGC[U-13C; U-15N]1
50 mMTris1
50 mMNaCl1
0.25 mMDSS1
500 uMComGC[U-13C; U-15N]2
50 mMTris2
50 mMNaCl2
0.25 mMDSS2
4 %Hexanol/PEG2
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
150 mMAssignement and Structure7.5ambient Pa283 K
250 mMRDCs7.5ambient Pa298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVIIIBrukerAVIII6001
Varian DD2VarianDD28002

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解析

NMR software名称: CNS / 開発者: Brunger A. T. et.al. / 分類: 精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: 20 structures for lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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