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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5nbg | ||||||
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タイトル | Structure of the cytoplasmic domain I of OutF in the D. dadantii type II secretion system | ||||||
![]() | General secretion pathway protein F | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / inner membrane protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / protein processing / membrane => GO:0016020 / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, H. / Gu, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the first cytoplasmic domain of OutF and assembly of the inner-membrane platform proteins of the D. dadantii type II secretion system 著者: Zhang, H. / Gu, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 52 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 38.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 433 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 433.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3c1qS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11667.410 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 65-172 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: 3937 / 遺伝子: outF, Dda3937_02417 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.86 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 100mM sodium cacodyl ate pH 6.5, 200mM Li2SO4 and 30% PEG-400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.972422 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→41.44 Å / Num. obs: 18300 / % possible obs: 99.15 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 1.35 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.024 / Num. unique obs: 1764 / CC1/2: 0.668 / Rpim(I) all: 0.016 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3C1Q 解像度: 2.15→82.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 5.98 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.982 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.15→82.15 Å
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拘束条件 |
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