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- PDB-5nbc: Structure of Prokaryotic Transcription Factors -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nbc
タイトルStructure of Prokaryotic Transcription Factors
要素Ferric uptake regulation protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Virulence factor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of siderophore biosynthetic process / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferric-uptake regulator, C-terminal dimerisarion domain / Ferric-uptake regulator, C-terminal domain / Ferric-uptake regulator / Ferric uptake regulator family / Dna Ligase; domain 1 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich ...Ferric-uptake regulator, C-terminal dimerisarion domain / Ferric-uptake regulator, C-terminal domain / Ferric-uptake regulator / Ferric uptake regulator family / Dna Ligase; domain 1 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ferric uptake regulation protein / Ferric uptake regulation protein
類似検索 - 構成要素
生物種Francisella tularensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.699 Å
データ登録者Perard, J. / Carpentier, P. / Michaud-Soret, I. / Cavazza, C.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-11-BS07-0007 PepSiFUR フランス
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2018
タイトル: Structural and functional studies of the metalloregulator Fur identify a promoter-binding mechanism and its role inFrancisella tularensisvirulence.
著者: Perard, J. / Nader, S. / Levert, M. / Arnaud, L. / Carpentier, P. / Siebert, C. / Blanquet, F. / Cavazza, C. / Renesto, P. / Schneider, D. / Maurin, M. / Coves, J. / Crouzy, S. / Michaud-Soret, I.
履歴
登録2017年3月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / entity
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _entity.formula_weight
改定 1.22019年6月12日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: audit_author / database_PDB_rev ...audit_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / entity
Item: _audit_author.name / _entity.formula_weight
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.42024年5月8日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferric uptake regulation protein
B: Ferric uptake regulation protein
C: Ferric uptake regulation protein
D: Ferric uptake regulation protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,16012
ポリマ－64,6794
非ポリマー4818
水7,242402
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, gel filtration, SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9000 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area25020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.150, 90.000, 63.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.48, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Ferric uptake regulation protein


分子量: 16169.630 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Francisella tularensis (バクテリア)
遺伝子: fur, AV531_00680, DR86_1441 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E2ZLC3, UniProt: Q5NIN6*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.05M MES pH 5.8, 20% W/V PEG 3350 0.2 M Magnesium chlorides hexahydrate 0,01mM of MnCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.97, 1.77
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月15日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.971
21.771
反射解像度: 1.69→42.08 Å / Num. obs: 64620 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 11.66

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XSCALEVERSION November 3, 2014 BUILT=20141118データスケーリング
SHELXCDVERSION 2014/2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.699→42.076 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2439 3194 4.95 %
Rwork0.2153 --
obs0.2167 64585 97.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.699→42.076 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4087 0 8 402 4497
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074211
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8745663
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9651603
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053629
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005730
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6993-1.72470.3441360.31882150X-RAY DIFFRACTION80
1.7247-1.75160.32771070.29432426X-RAY DIFFRACTION89
1.7516-1.78030.31571300.29092508X-RAY DIFFRACTION93
1.7803-1.8110.32381240.2722633X-RAY DIFFRACTION97
1.811-1.8440.3111510.26412701X-RAY DIFFRACTION100
1.844-1.87940.29041400.25222742X-RAY DIFFRACTION100
1.8794-1.91780.29131280.24282702X-RAY DIFFRACTION100
1.9178-1.95950.27741570.23232698X-RAY DIFFRACTION100
1.9595-2.00510.2791410.22312723X-RAY DIFFRACTION100
2.0051-2.05520.24191300.21482766X-RAY DIFFRACTION100
2.0552-2.11080.24011350.20612691X-RAY DIFFRACTION100
2.1108-2.17290.25841410.20912713X-RAY DIFFRACTION100
2.1729-2.2430.22611460.2042718X-RAY DIFFRACTION100
2.243-2.32320.23781420.21282741X-RAY DIFFRACTION100
2.3232-2.41620.28021410.21232703X-RAY DIFFRACTION100
2.4162-2.52610.2591440.2172724X-RAY DIFFRACTION100
2.5261-2.65930.25371440.21432731X-RAY DIFFRACTION100
2.6593-2.82590.2451410.21882720X-RAY DIFFRACTION100
2.8259-3.0440.25671430.2112698X-RAY DIFFRACTION99
3.044-3.35020.20461450.20472764X-RAY DIFFRACTION100
3.3502-3.83470.2351430.20552695X-RAY DIFFRACTION99
3.8347-4.83020.19811440.18162729X-RAY DIFFRACTION99
4.8302-42.08840.22561410.2222715X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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