PDB-5n9m: Crystal structure of GatD - a glutamine amidotransferase from Sta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5n9m

タイトル

Crystal structure of GatD - a glutamine amidotransferase from Staphylococcus aureus involved in peptidoglycan amidation

要素

Cobyric acid synthase

キーワード

TRANSFERASE / Glutamine amidotransferase Peptidoglycan amidation Multidrug resistance Staphyloccocus aureus

機能・相同性

機能・相同性情報

lipid II isoglutaminyl synthase (glutamine-hydrolysing) / carbon-nitrogen ligase activity on lipid II / glutaminase / cobalamin biosynthetic process / glutaminase activity / glutamine metabolic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus COL (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Leisico, F. / Vieira, D. / Romao, M.R. / Trincao, J. / Santos-Silva, T.

資金援助

ポルトガル, 3件

組織	認可番号	国
Fundacao para a Ciencia e Tecnologia	PD/BD/105737/2014	ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e Tecnologia	UID/Multi/04378/2013	ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e Tecnologia	PTDC/QEQ-MED/1902/2014	ポルトガル

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: First insights of peptidoglycan amidation in Gram-positive bacteria - the high-resolution crystal structure of Staphylococcus aureus glutamine amidotransferase GatD.
著者: Leisico, F. / Vieira, D.V. / Figueiredo, T.A. / Silva, M. / Cabrita, E.J. / Sobral, R.G. / Ludovice, A.M. / Trincao, J. / Romao, M.J. / de Lencastre, H. / Santos-Silva, T.

履歴

登録	2017年2月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月11日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年2月20日	Group: Advisory / Data collection / Derived calculations カテゴリ: diffrn_source / pdbx_data_processing_status ...diffrn_source / pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2019年7月10日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.4	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5n9m.cif.gz	299.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5n9m.ent.gz	248.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5n9m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5n9m_validation.pdf.gz	443.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5n9m_full_validation.pdf.gz	445 KB	表示
XML形式データ	5n9m_validation.xml.gz	25.9 KB	表示
CIF形式データ	5n9m_validation.cif.gz	39.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/5n9m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/5n9m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6f4m-d 2ji3-2 3ay8-d 6zb6-5 6uav-d 6zb6-6 3wd6-1 6zb6-4 6zb6-2 3qag-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cobyric acid synthase

B: Cobyric acid synthase

ヘテロ分子

55.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cobyric acid synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cobyric acid synthase

登録者が定義した集合体
27.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.610, 93.920, 110.080
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cobyric acid synthase 分子量: 27468.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus COL (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: SACOL1950 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2WZ38
#2: 化合物	ChemComp-GLN / GLUTAMINE / グルタミンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 146.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₅H₁₀N₂O₃
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 625 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.22 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 30%(w/v) PEG 400, 100 mM sodium acetate/ acetic acid pH 4.5, 200 mM calcium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→36.44 Å / Num. obs: 42987 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 21.7 % / R_pim(I) all: 0.022 / Net I/σ(I): 2.2
反射シェル	解像度: 1.85→1.893 Å / 冗長度: 20.1 % / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / R_pim(I) all: 0.149 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.85→36.435 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.59

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1863	2169	5.05 %
R_work	0.1486	-	-
obs	0.1505	42922	97.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→36.435 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3830	0	23	625	4478

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3991
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.994	5378
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.862	1521
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	579
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	710

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.8931	0.3332	133	0.259	2318	X-RAY DIFFRACTION	85
1.8931-1.9404	0.2786	147	0.2215	2466	X-RAY DIFFRACTION	90
1.9404-1.9929	0.228	139	0.1903	2558	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9929-2.0515	0.2036	130	0.1742	2712	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0515-2.1177	0.215	158	0.1625	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1177-2.1934	0.1887	120	0.1516	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1934-2.2812	0.2095	144	0.1487	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2812-2.385	0.188	136	0.145	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
2.385-2.5107	0.1956	158	0.1462	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5107-2.668	0.1886	157	0.1551	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
2.668-2.8739	0.2004	149	0.1573	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8739-3.1629	0.1816	139	0.1529	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1629-3.6203	0.1727	139	0.1352	2824	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6203-4.5598	0.1519	156	0.1164	2828	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5598-36.4418	0.1571	164	0.1379	2976	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9458	0.8812	1.0182	6.2796	4.2193	5.4503	0.0486	-0.1976	-0.1837	0.3242	0.122	-0.2844	0.3531	0.3189	-0.1769	0.1882	0.0584	-0.0246	0.3114	0.0172	0.1687	21.6695	79.3922	86.5353
2	0.7779	1.2385	-0.7616	2.7836	-0.7583	0.9931	0.0757	-0.2514	-0.0813	0.0351	0.0325	-0.2689	0.1763	0.3239	-0.0703	0.1887	0.0388	-0.0678	0.296	-0.0258	0.1361	30.0232	84.5644	87.4109
3	1.749	-0.2875	-0.6791	2.7042	1.8011	2.6386	0.0034	-0.1775	-0.0949	0.214	-0.0496	0.1086	0.1928	-0.128	0.0466	0.1508	-0	-0.0114	0.1914	0.0111	0.1297	12.5721	80.5065	82.1255
4	3.0238	1.018	0.5026	5.9903	3.2933	6.4306	-0.0413	-0.0027	-0.509	0.0618	-0.2753	0.4057	0.5946	-0.6114	0.2196	0.1898	-0.0455	0.0437	0.1707	-0.0034	0.2504	5.5848	69.4517	70.0624
5	1.5984	-0.1586	-0.1456	1.4011	0.1648	0.6763	-0.0053	0.0002	-0.1088	0.0105	-0.0144	-0.0213	0.044	0.0398	0.0105	0.1579	0.0154	-0.0077	0.1654	0.0029	0.1453	21.0118	77.5826	65.8998
6	3.9239	-1.2533	0.9627	3.1752	0.8232	1.3936	0.026	-0.1071	0.4402	0.0582	0.0666	-0.2036	-0.2377	0.2756	-0.0717	0.1857	-0.0414	0.0059	0.2176	-0.0523	0.2072	30.6904	93.1136	79.4904
7	3.4234	1.148	-1.3303	7.5203	2.0204	2.7651	-0.3173	0.1543	-0.3593	-0.178	0.3052	-0.139	0.038	-0.0792	-0.0358	0.1625	0.0218	0.009	0.3251	-0.051	0.285	38.374	75.1022	63.2884
8	0.7814	0.3555	-0.6701	3.7793	-0.9688	0.704	0.0004	-0.0237	-0.3149	-0.1429	0.031	-0.1123	0.9464	0.2838	-0.5095	0.3443	0.0947	0.0755	0.2355	-0.0094	0.2518	18.254	77.7238	109.4336
9	0.9361	1.5415	0.7788	4.9668	0.7418	2.3112	-0.0973	-0.1831	-0.277	0.1844	0.0542	-0.4159	0.3251	0.5267	0.0328	0.2743	0.133	0.0343	0.2949	0.021	0.3139	27.9242	80.773	112.2489
10	1.3739	0.2277	-0.0128	2.538	-1.9333	2.731	-0.0125	-0.1235	-0.5533	0.1509	0.0904	-0.0219	0.7212	-0.0666	-0.1002	0.4115	0.0479	0.0368	0.1885	0.0348	0.2934	13.65	75.8347	115.55
11	3.731	1.8448	1.6466	2.9943	-0.5303	3.1379	-0.0624	-0.0278	-0.2542	0.1039	-0.0663	0.0475	0.5949	-0.4263	0.0306	0.2255	-0.025	0.0898	0.1464	-0.0007	0.2263	5.4189	78.3476	114.101
12	3.1206	0.144	0.7105	2.1928	0.4111	2.0092	-0.2236	0.152	-0.1482	-0.1666	0.0742	0.1985	0.5703	-0.3657	-0.1183	0.2539	-0.0907	0.0273	0.2252	-0.0129	0.1733	3.1653	86.4939	107.9662
13	1.7584	0.164	-0.5648	1.0539	0.0521	2.015	-0.0453	0.0816	-0.0164	-0.0445	0.0239	0.0218	0.0374	-0.0484	0.0263	0.1577	0.0095	0.0062	0.1403	-0.0019	0.1471	10.3598	96.4765	106.9561
14	1.7995	-0.543	0.5313	2.0832	0.6067	0.4695	-0.0843	-0.3207	0.0546	0.227	-0.03	-0.3795	0.1951	0.7895	0.1172	0.2	0.0626	-0.027	0.4011	0.0361	0.2499	28.0515	90.1195	119.4162
15	5.4518	-3.7576	3.7139	6.48	-5.0891	7.7838	-0.1069	0.2607	-0.1173	-0.5152	-0.1974	-0.3181	0.5845	0.4287	0.3424	0.2596	-0.0357	0.0679	0.2168	-0.0165	0.2428	26.8945	102.3549	98.9712

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 19 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 20 through 42 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 43 through 100 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 101 through 113 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 114 through 196 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 197 through 222 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 223 through 243 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1 through 19 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 20 through 42 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 43 through 62 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 63 through 86 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 87 through 113 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 114 through 196 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 197 through 222 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 223 through 239 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)