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- PDB-5n6l: Structure of the membrane integral lipoprotein N-acyltransferase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n6l
タイトルStructure of the membrane integral lipoprotein N-acyltransferase Lnt C387A mutant from E. coli
要素Apolipoprotein N-acyltransferase
キーワードTRANSFERASE / membrane protein / lipoprotein / N-acyltransferase / lipidic cubic phase
機能・相同性
機能・相同性情報


apolipoprotein N-acyltransferase / N-acyltransferase activity / lipoprotein biosynthetic process / outer membrane-bounded periplasmic space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Apolipoprotein N-acyltransferase / Apolipoprotein N-acyltransferase, N-terminal / Apolipoprotein N-acyltransferase N-terminal domain / Carbon-nitrogen hydrolase superfamily / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase domain profile. / Carbon-nitrogen hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Apolipoprotein N-acyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Huang, C.-Y. / Boland, C. / Howe, N. / Wiktor, M. / Vogeley, L. / Weichert, D. / Bailey, J. / Olieric, V. / Wang, M. / Caffrey, M.
資金援助 アイルランド, 1件
組織認可番号国
Org. Science Foundation Ireland12/IA/1255 アイルランド
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structural insights into the mechanism of the membrane integral N-acyltransferase step in bacterial lipoprotein synthesis.
著者: Wiktor, M. / Weichert, D. / Howe, N. / Huang, C.Y. / Olieric, V. / Boland, C. / Bailey, J. / Vogeley, L. / Stansfeld, P.J. / Buddelmeijer, N. / Wang, M. / Caffrey, M.
履歴
登録2017年2月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月28日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apolipoprotein N-acyltransferase
B: Apolipoprotein N-acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,22941
ポリマ－118,4972
非ポリマー10,73239
水23413
1
A: Apolipoprotein N-acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,76028
ポリマ－59,2491
非ポリマー7,51127
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Apolipoprotein N-acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,46913
ポリマ－59,2491
非ポリマー3,22112
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.220, 142.950, 197.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Apolipoprotein N-acyltransferase / ALP N-acyltransferase / Copper homeostasis protein CutE


分子量: 59248.695 Da / 分子数: 2 / 変異: C387A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: lnt, cutE, b0657, JW0654 / Cell (発現宿主): C43 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P23930, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物...
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 8 % (v/v) MPD 0.1 M MES pH 6 0.4 M ammonium citrate 0.1 M sodium malonate pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99998 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月14日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→49.79 Å / Num. obs: 34916 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 5.4 % / Net I/σ(I): 7.72

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
BUSTER精密化
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5N6H

5n6h


解像度: 2.9→49.79 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.36
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2633 1699 4.88 %
Rwork0.2271 --
obs0.2288 34807 97.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→49.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7845 0 513 13 8371
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0048543
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79811524
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4244955
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051272
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061423
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.98530.40791230.33862348X-RAY DIFFRACTION86
2.9853-3.08170.38741300.35072533X-RAY DIFFRACTION91
3.0817-3.19180.31691390.31962782X-RAY DIFFRACTION100
3.1918-3.31960.3551420.3062783X-RAY DIFFRACTION100
3.3196-3.47060.3041440.28072802X-RAY DIFFRACTION100
3.4706-3.65350.33171350.2692797X-RAY DIFFRACTION100
3.6535-3.88240.28421540.2452757X-RAY DIFFRACTION99
3.8824-4.1820.25591450.22082808X-RAY DIFFRACTION100
4.182-4.60260.27111400.22152793X-RAY DIFFRACTION98
4.6026-5.26790.23311570.19252800X-RAY DIFFRACTION99
5.2679-6.63460.2521550.21322868X-RAY DIFFRACTION100
6.6346-49.85380.20071350.18323037X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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