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万見
- PDB-5n5w: 14-3-3 sigma in complex with TAZ pS89 peptide and fragment NV3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n5w
タイトル14-3-3 sigma in complex with TAZ pS89 peptide and fragment NV3
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • TAZ pS89 peptide
キーワードPROTEIN BINDING / 14-3-3 / TAZ / fragment / FBDD
機能・相同性
機能・相同性情報


kidney morphogenesis / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / mesenchymal cell differentiation / Physiological factors / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / heart process / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / stem cell division / hippo signaling / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination ...kidney morphogenesis / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / mesenchymal cell differentiation / Physiological factors / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / heart process / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / stem cell division / hippo signaling / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / tissue homeostasis / SMAD protein signal transduction / glomerulus development / Signaling by Hippo / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / negative regulation of fat cell differentiation / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / regulation of cell-cell adhesion / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / negative regulation of keratinocyte proliferation / cilium assembly / Activation of BAD and translocation to mitochondria / establishment of skin barrier / negative regulation of protein localization to plasma membrane / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / positive regulation of osteoblast differentiation / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / positive regulation of protein localization / RHO GTPases activate PKNs / negative regulation of innate immune response / protein sequestering activity / protein kinase A signaling / protein export from nucleus / positive regulation of cell adhesion / release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of protein phosphorylation / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / positive regulation of protein export from nucleus / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / transcription coregulator activity / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / negative regulation of protein kinase activity / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / multicellular organism growth / positive regulation of protein localization to nucleus / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / osteoblast differentiation / transcription corepressor activity / protein localization / regulation of protein localization / positive regulation of cell growth / transcription regulator complex / transcription coactivator activity / nuclear body / regulation of cell cycle / protein ubiquitination / cadherin binding / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 protein sigma / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain ...: / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 protein sigma / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
4-[3,5-bis(chloranyl)pyridin-2-yl]oxyaniline / 14-3-3 protein sigma / WW domain-containing transcription regulator protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.37 Å
データ登録者Sijbesma, E. / Leysen, S. / Ottmann, C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Identification of Two Secondary Ligand Binding Sites in 14-3-3 Proteins Using Fragment Screening.
著者: Sijbesma, E. / Skora, L. / Leysen, S. / Brunsveld, L. / Koch, U. / Nussbaumer, P. / Jahnke, W. / Ottmann, C.
履歴
登録2017年2月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
P: TAZ pS89 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1339
ポリマ－27,6942
非ポリマー4397
水3,855214
1
A: 14-3-3 protein sigma
P: TAZ pS89 peptide
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
P: TAZ pS89 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,26618
ポリマ－55,3884
非ポリマー87814
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area6420 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area22180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.293, 112.286, 62.506
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

MG

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AP

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 26542.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド TAZ pS89 peptide


分子量: 1151.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9GZV5*PLUS

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非ポリマー , 5種, 221分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-8OE / 4-[3,5-bis(chloranyl)pyridin-2-yl]oxyaniline


分子量: 255.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H8Cl2N2O
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.24 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 0.095 M Na-HEPES pH 7.1, 28% PEG400, 0.19 M Calcium chloride, 5% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.37→65.85 Å / Num. obs: 60317 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 14.22 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 20.7 / Num. measured all: 788177 / Scaling rejects: 2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.37-1.39131.3480.7560.3871.403100
7.5-65.8512.30.03510.010.03699.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.23データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MHR

3mhr


解像度: 1.37→45.334 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.21
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1651 3044 5.05 %
Rwork0.1436 --
obs0.1447 60289 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 77.82 Å2 / Biso mean: 19.9013 Å2 / Biso min: 9.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.37→45.334 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1880 0 30 214 2124
Biso mean--26.91 27.74 -
残基数----239
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062036
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8592754
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058298
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006360
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.551808
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.37-1.39140.25971320.195825682700
1.3914-1.41420.21651250.17825852710
1.4142-1.43860.23051240.161925792703
1.4386-1.46480.18961410.151125602701
1.4648-1.49290.18381400.136925622702
1.4929-1.52340.20261410.131325862727
1.5234-1.55660.15571330.127425932726
1.5566-1.59280.16351330.116125672700
1.5928-1.63260.17431360.107725982734
1.6326-1.67670.1541480.104525592707
1.6767-1.72610.14821380.105825982736
1.7261-1.78180.16561340.11225942728
1.7818-1.84550.14781300.112925842714
1.8455-1.91940.16511470.123326002747
1.9194-2.00670.15341360.126525942730
2.0067-2.11250.1511330.126826132746
2.1125-2.24490.1591600.122925952755
2.2449-2.41820.13291390.127226012740
2.4182-2.66150.17641560.141126172773
2.6615-3.04660.16681200.162426562776
3.0466-3.83810.17021480.163826672815
3.8381-45.35850.16251500.171927692919

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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