PDB-5n0j: Structure of a novel oxidoreductase from Gloeobacter violaceus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5n0j

タイトル

Structure of a novel oxidoreductase from Gloeobacter violaceus

要素

Gll2934 protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / flavoprotein

機能・相同性

: / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / cell redox homeostasis / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Gll2934 protein

機能・相同性情報

生物種

Gloeobacter violaceus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.949 Å

データ登録者

Buey, R.M. / Galindo-Trigo, S. / de Pereda, J.M. / Balsera, M.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Unprecedented pathway of reducing equivalents in a diflavin-linked disulfide oxidoreductase.
著者: Buey, R.M. / Arellano, J.B. / Lopez-Maury, L. / Galindo-Trigo, S. / Velazquez-Campoy, A. / Revuelta, J.L. / de Pereda, J.M. / Florencio, F.J. / Schurmann, P. / Buchanan, B.B. / Balsera, M.

履歴

登録	2017年2月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2017年12月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5n0j.cif.gz	365.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5n0j.ent.gz	306.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5n0j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5n0j_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5n0j_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	5n0j_validation.xml.gz	31.4 KB	表示
CIF形式データ	5n0j_validation.cif.gz	43.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/5n0j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/5n0j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5jriSC 5k0aC 5odeC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4jn9-d 2wv0-4 4nte-d 5jri-d 4ntc-d 2wv0-3 5mit-1 2wv0-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (2) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Gll2934 protein

B: Gll2934 protein

ヘテロ分子

82.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.842, 143.325, 265.111
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Gll2934 protein 分子量: 38833.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus (バクテリア) 株: PCC 7421 / 遺伝子: gll2934 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7NCP4
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.23 % 解説: Crystals were yellow but turned transparent after soaking them in a solution with 0.1 M reduced glutathione for a few minutes (up to 5 minutes)
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.5 M Li2SO4 0.1 M HEPES, pH 7.5 Crystals were soaked for 5 min in a solution of mother liquor plus 0.1 M reduced Glutathione, immersed in a solution of mother liquor containing 25% Ethylene ...詳細: 1.5 M Li2SO4 0.1 M HEPES, pH 7.5 Crystals were soaked for 5 min in a solution of mother liquor plus 0.1 M reduced Glutathione, immersed in a solution of mother liquor containing 25% Ethylene glycol and immediately flash-frozen in liquid nitrogen

結晶

マシュー密度: 3.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.23 %
解説: Crystals were yellow but turned transparent after soaking them in a solution with 0.1 M reduced glutathione for a few minutes (up to 5 minutes)

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.5 M Li2SO4 0.1 M HEPES, pH 7.5 Crystals were soaked for 5 min in a solution of mother liquor plus 0.1 M reduced Glutathione, immersed in a solution of mother liquor containing 25% Ethylene ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.99989 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99989 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.949→49.73 Å / Num. obs: 80406 / % possible obs: 99.03 % / 冗長度: 10 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 9.19
反射シェル	解像度: 1.949→2.019 Å / 冗長度: 10 % / R_merge(I) obs: 2.84 / Mean I/σ(I) obs: 0.88 / CC_1/2: 0.472 / % possible all: 95.71

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11_2567: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5JRI

5jri

解像度: 1.949→49.728 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.37 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2336	3961	4.94 %
R_work	0.2017	-	-
obs	0.2033	80159	98.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.949→49.728 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4679	0	287	341	5307

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	5135
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.105	7036
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.971	2824
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	777
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	849

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9487-1.9725	0.4731	145	0.462	2433	X-RAY DIFFRACTION	90
1.9725-1.9974	0.46	149	0.4353	2669	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9974-2.0237	0.4324	127	0.3972	2675	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0237-2.0515	0.3936	143	0.3672	2686	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0515-2.0808	0.3739	153	0.3543	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0808-2.1118	0.3201	150	0.3241	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1118-2.1448	0.3523	130	0.3146	2739	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1448-2.18	0.3472	132	0.3046	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.2176	0.3374	159	0.2837	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2176-2.2579	0.3112	150	0.275	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2579-2.3013	0.2895	129	0.2657	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3013-2.3483	0.2975	144	0.2521	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3483-2.3994	0.2566	147	0.2393	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3994-2.4552	0.2856	137	0.2216	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4552-2.5166	0.2667	148	0.212	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5166-2.5846	0.2214	143	0.207	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5846-2.6607	0.2542	143	0.206	2718	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6607-2.7465	0.2502	134	0.1943	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7465-2.8447	0.2299	143	0.1873	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8447-2.9586	0.2044	133	0.1929	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9586-3.0932	0.2405	133	0.1889	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0932-3.2562	0.2156	137	0.1806	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2562-3.4602	0.1946	121	0.1727	2760	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4602-3.7273	0.2116	160	0.1575	2726	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7273-4.1022	0.1708	157	0.1446	2752	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1022-4.6954	0.1723	151	0.1325	2772	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6954-5.9142	0.1822	138	0.1638	2788	X-RAY DIFFRACTION	98
5.9142-49.7446	0.2386	125	0.2254	2911	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3936	-0.1512	-0.7373	0.8586	0.6525	0.9804	-0.0605	-0.5387	0.1265	0.1871	0.1081	-0.1646	0.2525	0.4027	0.0012	0.4465	0.0444	-0.0402	0.6671	-0.1218	0.4117	78.5836	161.6015	307.4263
2	1.3922	0.1642	0.2199	0.8943	0.6127	1.2696	0.0106	-0.0561	0.0888	0.0627	-0.0002	-0.0304	0.0674	0.1194	0.0004	0.3845	-0.0107	-0.0007	0.2864	-0.0703	0.3614	74.686	154.9276	276.6846
3	0.7479	-0.2763	-0.1654	0.5462	0.7004	1.2704	-0.0968	-0.371	-0.0263	0.1613	0.0144	0.0365	0.3172	0.1793	0.0149	0.4483	0.0157	-0.0034	0.5018	-0.0342	0.4506	75.8295	154.111	292.8153
4	0.3906	-0.291	-0.0951	0.3956	0.136	0.1378	-0.1078	-0.6824	0.0363	0.0143	0.093	0.0827	0.5699	-0.2635	0.0745	0.455	-0.0208	0.0186	0.6276	-0.0982	0.3834	63.7314	161.8791	312.433
5	2.1717	0.8669	-0.3181	2.1948	0.4962	0.257	0.121	0.6372	0.3678	-0.6493	-0.1478	0.1195	-0.7913	-0.5331	0.2354	0.5455	0.2037	-0.0361	0.7204	-0.1291	0.4172	49.6631	175.1336	282.2275
6	1.2295	-0.0671	-0.233	0.4109	0.8343	2.8212	0.0232	-0.3896	0.2973	-0.0177	-0.1542	0.0907	-0.1821	-0.4234	-0.0242	0.3976	0.0317	-0.0016	0.6532	-0.2316	0.5213	52.1946	177.9261	307.8576
7	1.4569	0.3743	0.63	1.148	0.0498	0.3718	-0.0381	0.1564	-0.003	-0.0523	-0.1822	0.1051	0.1323	-0.1052	-0.018	0.3709	0.0121	-0.0039	0.531	-0.0833	0.4329	58.4933	161.6403	284.9664

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 15 through 140 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 141 through 219 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 220 through 296 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 297 through 318 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 12 through 27 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 28 through 282 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 283 through 334 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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