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- PDB-5my6: Crystal structure of a HER2-Nb complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5my6
タイトルCrystal structure of a HER2-Nb complex
要素
  • Nanobody 2Rs15d
  • Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
キーワードTRANSFERASE / Nanobody / Her2 / EGFR family / radio-labeling
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of immature T cell proliferation in thymus / ERBB3:ERBB2 complex / PLCG1 events in ERBB2 signaling / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / GRB7 events in ERBB2 signaling / immature T cell proliferation in thymus / RNA polymerase I core binding / ERBB2-EGFR signaling pathway / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / semaphorin receptor complex ...negative regulation of immature T cell proliferation in thymus / ERBB3:ERBB2 complex / PLCG1 events in ERBB2 signaling / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / GRB7 events in ERBB2 signaling / immature T cell proliferation in thymus / RNA polymerase I core binding / ERBB2-EGFR signaling pathway / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / semaphorin receptor complex / regulation of microtubule-based process / ErbB-3 class receptor binding / ERBB2 Regulates Cell Motility / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / motor neuron axon guidance / PI3K events in ERBB2 signaling / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / positive regulation of Rho protein signal transduction / neuromuscular junction development / Drug-mediated inhibition of ERBB2 signaling / Resistance of ERBB2 KD mutants to trastuzumab / Resistance of ERBB2 KD mutants to sapitinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to tesevatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to neratinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to osimertinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to afatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to AEE788 / Resistance of ERBB2 KD mutants to lapatinib / Drug resistance in ERBB2 TMD/JMD mutants / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / oligodendrocyte differentiation / semaphorin-plexin signaling pathway / cellular response to epidermal growth factor stimulus / Signaling by ERBB2 / positive regulation of cell adhesion / positive regulation of protein targeting to membrane / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / GRB2 events in ERBB2 signaling / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / regulation of angiogenesis / neurogenesis / SHC1 events in ERBB2 signaling / coreceptor activity / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Schwann cell development / basal plasma membrane / positive regulation of epithelial cell proliferation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / myelination / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / positive regulation of MAP kinase activity / Signaling by ERBB2 ECD mutants / Signaling by ERBB2 KD Mutants / positive regulation of translation / receptor protein-tyrosine kinase / Downregulation of ERBB2 signaling / ruffle membrane / wound healing / neuromuscular junction / peptidyl-tyrosine phosphorylation / neuron differentiation / transmembrane signaling receptor activity / receptor tyrosine kinase binding / cellular response to growth factor stimulus / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / PIP3 activates AKT signaling / myelin sheath / presynaptic membrane / heart development / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / positive regulation of cell growth / basolateral plasma membrane / protein tyrosine kinase activity / receptor complex / positive regulation of MAPK cascade / cell surface receptor signaling pathway / endosome membrane / early endosome / intracellular signal transduction / positive regulation of protein phosphorylation / apical plasma membrane / protein heterodimerization activity / protein phosphorylation / signaling receptor binding / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain ...: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Immunoglobulins / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.246 Å
データ登録者Sterckx, Y.G.-J. / D'Huyvetter, M. / Devoogdt, N.
資金援助 ベルギー, 5件
組織認可番号国
FWO-Vlaanderen ベルギー
Innoviris.Brussels ベルギー
Stichting Tegen Kanker ベルギー
BAEF ベルギー
Germaine Eisendrath-Dubois Foundation ベルギー
引用ジャーナル: Clin. Cancer Res. / 年: 2017
タイトル: (131)I-labeled Anti-HER2 Camelid sdAb as a Theranostic Tool in Cancer Treatment.
著者: D'Huyvetter, M. / De Vos, J. / Xavier, C. / Pruszynski, M. / Sterckx, Y.G.J. / Massa, S. / Raes, G. / Caveliers, V. / Zalutsky, M.R. / Lahoutte, T. / Devoogdt, N.
履歴
登録2017年1月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
B: Nanobody 2Rs15d
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,0376
ポリマ－81,2072
非ポリマー8304
水6,666370
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2590 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area30720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.520, 113.520, 137.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 / Metastatic lymph node gene 19 protein / MLN 19 / Proto-oncogene Neu / Proto-oncogene c-ErbB-2 / ...Metastatic lymph node gene 19 protein / MLN 19 / Proto-oncogene Neu / Proto-oncogene c-ErbB-2 / Tyrosine kinase-type cell surface receptor HER2 / p185erbB2


分子量: 68564.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERBB2, HER2, MLN19, NEU, NGL / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P04626, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 抗体 Nanobody 2Rs15d


分子量: 12642.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): WK6

-
糖 , 2種, 2分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 372分子

#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 370 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.33 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.25 / 詳細: 100 mM HEPES pH 7.25, 10% 2-propanol, 22% PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.246→47.794 Å / Num. all: 162919 / Num. obs: 49524 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 39.5 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rrim(I) all: 0.1031 / Net I/σ(I): 9.65
反射 シェル解像度: 2.246→2.326 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 4790 / Num. unique obs: 4790 / CC1/2: 0.664 / Rrim(I) all: 0.7091 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1S78

1s78


解像度: 2.246→47.794 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2201 2476 5 %RANDOM
Rwork0.1848 47045 --
obs0.1866 49521 98.14 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 176.42 Å2 / Biso mean: 49.2832 Å2 / Biso min: 18.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.246→47.794 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5109 0 54 370 5533
Biso mean--81.35 48.02 -
残基数----671
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065352
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8737298
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065810
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005957
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3823242
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2456-2.28880.29411300.2672466259693
2.2888-2.33550.28741350.25162572270799
2.3355-2.38630.31191360.24542572270898
2.3863-2.44180.2851380.243626252763100
2.4418-2.50290.28381380.233326202758100
2.5029-2.57060.26861380.221926252763100
2.5706-2.64620.25881380.21122615275399
2.6462-2.73160.27311370.20342605274299
2.7316-2.82920.23691380.20782618275699
2.8292-2.94250.24961350.20282566270197
2.9425-3.07640.22221380.18232638277699
3.0764-3.23850.27811390.18732630276999
3.2385-3.44140.21081370.17482606274398
3.4414-3.7070.2091390.17272641278099
3.707-4.07990.20521360.1542582271897
4.0799-4.66980.14821390.14252647278698
4.6698-5.88180.21581410.16082663280497
5.8818-47.80470.18161440.20262754289896
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.88780.50920.5192.07960.47431.48850.01150.1962-0.1989-0.12370.018-0.15210.08090.225-0.02570.21790.0460.01290.27110.00760.214323.4189-31.2554-24.5569
20.204-0.35850.38142.0885-0.0651.4245-0.05550.22290.0664-0.2617-0.05770.2868-0.02980.11430.09530.365-0.0074-0.02860.27950.05810.28379.6718-13.1916-41.0491
31.89680.06340.40451.72640.41571.96090.03510.3222-0.0399-0.3821-0.00050.20910.1062-0.2165-0.03970.3212-0.0112-0.0960.2833-0.02750.3276-10.8399-45.9289-40.1611
46.1062-0.784-3.0245.2999-1.03172.69790.2478-0.4830.4290.6021-0.2396-0.8577-0.68641.13920.12250.3191-0.1129-0.01180.5319-0.01960.300321.8809-16.27612.9409
52.35110.6745-1.26271.7311-1.1784.01950.3608-0.41120.0560.2226-0.34250.1597-0.51470.3562-0.00090.2322-0.02710.020.2875-0.00310.26212.5458-18.01961.7922
67.8066-1.5019-0.33417.4672-3.36679.313-0.2696-0.2265-0.6554-0.22690.0715-0.02481.55460.61520.20220.45380.09180.05810.38980.05120.333114.9762-29.1095-2.9746
75.0882.8757-1.74325.6963-0.67793.5838-0.08080.3202-0.1826-0.30510.00310.0636-0.012-0.50640.01460.25990.04590.03610.3480.01710.2817.4925-22.4411-9.7814
86.87654.45540.2279.82080.68333.9487-0.17190.17930.3603-0.1040.29320.1656-0.432-0.2957-0.14360.29470.04130.05590.3720.02190.33227.4122-15.9544-0.7155
92.22380.8574-1.42821.6878-1.41263.0623-0.0795-0.2318-0.24120.0187-0.1692-0.06850.13250.24490.20160.24230.01440.02450.2697-0.00710.233815.1561-23.5038-2.3771
107.3-1.9659-1.42377.7515-2.08262.01670.05480.0144-0.7537-0.2963-0.39720.05850.4160.11660.31170.34560.01-0.04460.3324-0.00960.30368.8506-31.54028.2937
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 24 through 233 )A24 - 233
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 234 through 318 )A234 - 318
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 319 through 575 )A319 - 575
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 7 )B1 - 7
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 8 through 33 )B8 - 33
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 34 through 45 )B34 - 45
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 46 through 63 )B46 - 63
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 64 through 82 )B64 - 82
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 83 through 108 )B83 - 108
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 109 through 115 )B109 - 115

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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